大麗輪枝菌（Verticillium dahliae）是一種土壤傳播的植物病原真菌,通過(guò)根部侵染宿主維管束組織引發(fā)植物黃萎病。由于該病原菌具有寄主廣泛、變異頻繁、傳播途徑多樣、存活時(shí)間長(zhǎng)久的特點(diǎn),常規(guī)防治方法很難對(duì)其進(jìn)行有效防治,因此迫切需要對(duì)大麗輪枝菌與寄主互作的分子機(jī)制進(jìn)行深入研究。本研究利用RNA-seq測(cè)序技術(shù)對(duì)棉花大麗輪枝菌和向日葵大麗輪枝菌分別受棉花和向日葵根系誘導(dǎo)后的基因表達(dá)情況進(jìn)行分析,篩選2個(gè)大麗輪枝菌受兩種寄主誘導(dǎo)后的差異表達(dá)基因,為解析大麗輪枝菌與寄主互作的分子機(jī)制奠定基礎(chǔ)。1.將察氏液體培養(yǎng)基培養(yǎng)72h的棉花大麗輪枝菌和向日葵大麗輪枝菌,經(jīng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、比對(duì)分析,結(jié)果表明,583個(gè)基因只在棉花大麗輪枝菌特異表達(dá),724個(gè)基因只在向日葵大麗輪枝菌特異表達(dá)。在察氏液體培養(yǎng)基中添加棉花根系誘導(dǎo)培養(yǎng)72h棉花大麗輪枝菌,與不被誘導(dǎo)的棉花大麗輪枝菌相比,得到了42個(gè)差異表達(dá)基因（pvalue<0.05）,其中20個(gè)基因?yàn)樯险{(diào)表達(dá),22個(gè)基因?yàn)橄抡{(diào)表達(dá);其中6個(gè)差異表達(dá)基因表達(dá)水平差異顯著（padj<0.05）。在察氏液體培養(yǎng)基中添加向日葵根系誘導(dǎo)培養(yǎng)72h向日葵... 

【文章頁(yè)數(shù)】：63 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
縮略表
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1.1 棉花黃萎病及其病原真菌大麗輪枝菌概況
        1.1.1 棉花黃萎病概況
        1.1.2 病原真菌大麗輪枝菌生物學(xué)性狀及侵染方式
    1.2 大麗輪枝菌致病機(jī)制研究進(jìn)展
        1.2.1 機(jī)械障礙學(xué)說(shuō)
        1.2.2 毒素學(xué)說(shuō)
    1.3 大麗輪枝菌功能基因研究進(jìn)展
    1.4 轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究進(jìn)展
        1.4.1 轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)手段與應(yīng)用
        1.4.2 大麗輪枝菌轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究進(jìn)展
    1.5 本研究的目的及意義
第二章 材料方法
    2.1 供試菌株及寄主材料
    2.2 使用試劑及培養(yǎng)基的配置
    2.3 供試菌株培養(yǎng)方法
    2.4 寄主根系的培養(yǎng)方法
    2.5 獲得兩種寄主根部組織分別誘導(dǎo)后的大麗輪枝菌
    2.6 總RNA樣品的制備
    2.7 Total RNA質(zhì)量檢測(cè)與定量
    2.8 兩種大麗輪枝菌cDNA文庫(kù)的構(gòu)建及測(cè)序
    2.9 RNA-seq原始序列數(shù)據(jù)獲得
    2.10 RNA-seq測(cè)序原始數(shù)據(jù)錯(cuò)誤率檢查
    2.11 測(cè)序原始數(shù)據(jù)過(guò)濾
    2.12 Reads比對(duì)拼接
    2.13 基因表達(dá)量統(tǒng)計(jì)
    2.14 基于RNA-seq測(cè)序的整體質(zhì)量評(píng)估
    2.15 差異表達(dá)基因分析篩選
    2.16 轉(zhuǎn)錄組成對(duì)比較篩選特異表達(dá)基因
    2.17 差異表達(dá)基因GO及KEGG注釋分析
第三章 結(jié)果分析
    3.1 測(cè)序原始數(shù)據(jù)質(zhì)量控制
    3.2 參考序列比對(duì)分析
    3.3 Reads在參考基因組上的分布
    3.4 基因表達(dá)水平分析
    3.5 棉花大麗輪枝菌和向日葵大麗輪枝菌差異表達(dá)基因分析
        3.5.1 察氏液體培養(yǎng)基培養(yǎng)的棉花大麗輪枝菌和向日葵大麗輪枝菌轉(zhuǎn)錄組分析
        3.5.2 棉花根系誘導(dǎo)的棉花大麗輪枝菌差異表達(dá)基因分析
        3.5.3 向日葵根系誘導(dǎo)的向日葵大麗輪枝菌差異表達(dá)基因分析
    3.6 棉花根系分別誘導(dǎo)兩個(gè)大麗輪枝菌的轉(zhuǎn)錄組分析
    3.7 向日葵根系分別誘導(dǎo)兩個(gè)大麗輪枝菌的轉(zhuǎn)錄組分析
    3.8 兩種寄主根系分別誘導(dǎo)向日葵大麗輪枝菌的轉(zhuǎn)錄組分析
    3.9 兩種寄主根系分別誘導(dǎo)棉花大麗輪枝菌的轉(zhuǎn)錄組分析
    3.10 討論
第四章 全文小結(jié)
參考文獻(xiàn)
附錄1常用試劑及培養(yǎng)基的配置
致謝
作者簡(jiǎn)介
導(dǎo)師評(píng)閱表


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]棉花黃萎病抗性機(jī)制與抗病育種研究進(jìn)展[J]. 李亞棟,何近剛.  河北農(nóng)業(yè)科學(xué). 2011(02)
[2]棉花黃萎病研究進(jìn)展淺述[J]. 楊華,蔡立旺,潘群斌,陳建平,施慶華,張萼,王海洋,陳麗萌,楊明鳳,霍金泉.  江西棉花. 2006(06)
[3]土壤環(huán)境因素對(duì)棉花黃萎病菌微菌核存活的影響[J]. 楊家榮,商鴻生,高立強(qiáng).  植物病理學(xué)報(bào). 2004(02)
[4]棉花黃萎病防治策略[J]. 簡(jiǎn)桂良,盧美光,仇家山,王鳳行,張洪成.  中國(guó)植保導(dǎo)刊. 2004(04)
[5]棉花黃萎病生物防治研究進(jìn)展[J]. 馬平.  河北農(nóng)業(yè)科學(xué). 2003(03)
[6]棉花黃萎病菌致萎峰蛋白氨基酸組分及其有關(guān)生化特性分析[J]. 陳旭升,陳永萱,黃駿麒.  江蘇農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2000(01)
[7]苜蓿黃萎病菌與輪枝孢屬近似種的比較研究[J]. 商鴻生,楊家榮,趙小明.  草業(yè)學(xué)報(bào). 1998(04)
[8]棉花黃萎病菌株VD8外泌毒蛋白的生化特性[J]. 陳旭升,陳永萱,黃駿麒.  江蘇農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 1998(02)
[9]棉花黃萎病菌的研究及最新進(jìn)展[J]. 劉學(xué)堂,宋曉軒,郭金城.  棉花學(xué)報(bào). 1998(01)
[10]植物病原真菌毒素的研究現(xiàn)狀[J]. 章元壽.  真菌學(xué)報(bào). 1991(03)

博士論文
[1]福建桉樹(shù)焦枯病菌鑒定及其誘導(dǎo)下桉樹(shù)轉(zhuǎn)錄組和蛋白組學(xué)研究[D]. 陳全助.福建農(nóng)林大學(xué) 2013
[2]番茄與白粉菌互作的細(xì)胞學(xué)和轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析[D]. 李成偉.中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2007

碩士論文
[1]七種農(nóng)林植物黃萎病病原鑒定及其交互感染試驗(yàn)[D]. 岳永亮.石河子大學(xué) 2015



本文編號(hào)：3651166