2-甲-4-氯丙酸對映體在擬南芥中的吸收運轉、亞細胞分布及相關分子對接研究
發(fā)布時間:2022-02-09 11:14
2-甲-4-氯丙酸(2-(4-chloro-2-methylphenoxy)propanoic acid,mecoprop,MCPP)是一種常用的具有手性的激素型除草劑。隨著對手性農藥及相關機制的深入認識,相關研究發(fā)現(xiàn)具有兩個互為鏡像的對映體(enantiomer)的MCPP在對靶標雙子葉植物的除草活性方面存在顯著的手性選擇性(chiral selectivity),R型的MCPP是具有顯著除草活性的有效體,而S型的除草活性則較為低下。為了探究產生這種選擇性差異的主要原因,本研究以兩種角度來構建思路和進行實驗:首先以核素示蹤技術與差速離心方法探究MCPP的兩個互為鏡像的對映體在雙子葉模式植物擬南芥(Arabidopsis thaliana)中的吸收、運轉和亞細胞水平(subcellular-level)的分布規(guī)律,再利用計算機輔助藥物設計(Computer-aided drug design,CADD)中包含的分子對接方法以及能夠構建目標蛋白模型的同源模建手段(Homology Modeling),研究和預測擬南芥中MCPP對應的靶標受體蛋白與兩個手性對映體的結合強度與結合情況,擬從配...
【文章來源】:浙江大學浙江省211工程院校985工程院校教育部直屬院校
【文章頁數】:70 頁
【學位級別】:碩士
【部分圖文】:
圖1.2天然生長素及植物激素類農藥在擬南芥細胞核中的??信號響應機制路示意圖??
?第一章文獻綜述???數情況下一級結構足以決定高級結構。2.蛋白質結構進化比對應DNA序列進化??緩慢和保守得多,相較DNA序列更穩(wěn)定,容錯率也更高[59_61]。用同源建模方法??構建模型的準確度依賴于目標蛋白與參考蛋白序列的統(tǒng)一性,當目標蛋白序列與??參考蛋白有30%相似度時,即可認為滿足同源建模的條件;有50%及以上的相??似度時被認為可以模擬出高精度的蛋白質結構模型,在主鏈上的均方根偏差??(Root?Mean?Squared?Error,?RMSD)能夠迗到小于1埃的水平。同源模建需要歷經??的過程見圖,補充說明與詳細解釋如下:??x??
圖1.5?TIR1的結構模型與結合位點(灰色小分子IAA所在位置為結合位置)??Fig.?1.5?3D?structure?of?TIR1?and?its?docking?location??圖1.6TIR1與IAA的結合口袋中及結合的關鍵氨基酸殘基??Fig.l?.6?Crucial?amino?acid?residues?in?pocket?where?TIR1?binds?with?IAA??22??
【參考文獻】:
期刊論文
[1]手性農藥毒性機制的對映體選擇性[J]. 唐夢齡,王丹,傅柳松,劉維屏. 農藥學學報. 2011(04)
[2]基于配體-受體理論的計算機輔助藥物分子設計方法及應用[J]. 李利華,趙蔡斌,閔鎖田,李星彩. 西北藥學雜志. 2007(05)
[3]20世紀80年代以來世界除草劑新品種開發(fā)進展及特點(一)[J]. 李海屏. 農藥科學與管理. 2004(04)
[4]除草劑作用靶標的分類與使用[J]. 蘇少泉. 農藥. 1998(11)
碩士論文
[1]核酸—配體分子對接方法的研究[D]. 黃藝佳.華東理工大學 2014
本文編號:3616906
【文章來源】:浙江大學浙江省211工程院校985工程院校教育部直屬院校
【文章頁數】:70 頁
【學位級別】:碩士
【部分圖文】:
圖1.2天然生長素及植物激素類農藥在擬南芥細胞核中的??信號響應機制路示意圖??
?第一章文獻綜述???數情況下一級結構足以決定高級結構。2.蛋白質結構進化比對應DNA序列進化??緩慢和保守得多,相較DNA序列更穩(wěn)定,容錯率也更高[59_61]。用同源建模方法??構建模型的準確度依賴于目標蛋白與參考蛋白序列的統(tǒng)一性,當目標蛋白序列與??參考蛋白有30%相似度時,即可認為滿足同源建模的條件;有50%及以上的相??似度時被認為可以模擬出高精度的蛋白質結構模型,在主鏈上的均方根偏差??(Root?Mean?Squared?Error,?RMSD)能夠迗到小于1埃的水平。同源模建需要歷經??的過程見圖,補充說明與詳細解釋如下:??x??
圖1.5?TIR1的結構模型與結合位點(灰色小分子IAA所在位置為結合位置)??Fig.?1.5?3D?structure?of?TIR1?and?its?docking?location??圖1.6TIR1與IAA的結合口袋中及結合的關鍵氨基酸殘基??Fig.l?.6?Crucial?amino?acid?residues?in?pocket?where?TIR1?binds?with?IAA??22??
【參考文獻】:
期刊論文
[1]手性農藥毒性機制的對映體選擇性[J]. 唐夢齡,王丹,傅柳松,劉維屏. 農藥學學報. 2011(04)
[2]基于配體-受體理論的計算機輔助藥物分子設計方法及應用[J]. 李利華,趙蔡斌,閔鎖田,李星彩. 西北藥學雜志. 2007(05)
[3]20世紀80年代以來世界除草劑新品種開發(fā)進展及特點(一)[J]. 李海屏. 農藥科學與管理. 2004(04)
[4]除草劑作用靶標的分類與使用[J]. 蘇少泉. 農藥. 1998(11)
碩士論文
[1]核酸—配體分子對接方法的研究[D]. 黃藝佳.華東理工大學 2014
本文編號:3616906
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