CCYV山東黃瓜分離物基因組結(jié)構(gòu)特征及致病相關(guān)蛋白研究
發(fā)布時間:2022-01-14 07:06
黃瓜(Cucumis sativus)是我國重要的設(shè)施蔬菜作物之一,其營養(yǎng)價值豐富,經(jīng)濟價值較高,在豐富居民菜籃子、滿足蔬菜周年供應(yīng)、農(nóng)村致富及農(nóng)民增收中起著重要作用。但是近年來隨著耕作模式的調(diào)整及環(huán)境的變化黃瓜上的病毒病呈現(xiàn)多發(fā)常發(fā)態(tài)勢,給黃瓜作物安全生產(chǎn)造成了嚴(yán)重的困擾。瓜類褪綠黃化病毒(Cucurbit chlorotic yellows virus,CCYV)是一種侵染危害多種瓜類作物的粉虱傳植物病毒,該病毒自2010年傳入我國以來,給多個省市的甜瓜、西瓜、黃瓜等作物生產(chǎn)造成了嚴(yán)重的損失。2016年,我們在對山東壽光等地黃瓜上病毒病進行調(diào)查時發(fā)現(xiàn)當(dāng)?shù)攸S瓜上出現(xiàn)一種葉片表現(xiàn)黃化植株伴有輕微矮縮的病害,為明確其中伴隨的病毒種類,我們對田間采集病樣進行了分子檢測,結(jié)果從中檢測到了瓜類褪綠黃化病毒,進一步的CP基因克隆及序列分析也證實了這一結(jié)果,這是該病毒在山東侵染黃瓜的首次報道,山東一方面是我國重要的蔬菜生產(chǎn)基地,CCYV的發(fā)生可能會給當(dāng)?shù)攸S瓜生產(chǎn)造成嚴(yán)重的威脅,另一方面山東亦是全國重要的種苗基地,全國范圍的種苗調(diào)運極有可能進一步加劇CCYV在更大范圍的擴散蔓延,因此該病害在黃瓜上的...
【文章來源】:長江大學(xué)湖北省
【文章頁數(shù)】:90 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【部分圖文】:
CCYV病毒基因組結(jié)構(gòu)
2.2 結(jié)果與分析 2.2.1 病害田間癥狀 2016 年本研究在對山東省黃瓜病毒病進行調(diào)查時在壽光地區(qū)溫室種植的黃瓜上發(fā)現(xiàn)一種葉片表現(xiàn)黃化癥狀的病害,該病害在當(dāng)?shù)匕l(fā)生已較為普遍,常規(guī)棚室的發(fā)病率多在 3%~10%,重發(fā)棚室發(fā)病率超過 30%。病株田間表現(xiàn)癥狀為葉片發(fā)黃和矮化等。葉片主要表現(xiàn)為脈間黃化,葉脈仍綠。早期癥狀主要發(fā)生在中下部葉片,與缺素癥狀非常接近,后期整株都會表現(xiàn)明顯的黃化,同時植株會伴有矮化癥狀(圖 2.2.1),對黃瓜的產(chǎn)量和品質(zhì)有較大影響。
22得基因組序列,將獲得的CCYV基因組序列與已公開的CCYV不同分離物及同屬其它病毒的基因組序列進行分析,序列多重比對、同源性分析等除新增軟件BioEdit之外,其余使用軟件同2.1.13。進化樹的可信度使用1000次自導(dǎo)復(fù)制驗證[91]。3.2結(jié)果與分析3.2.1CCYV基因組克隆策略鑒于CCYV基因組包含RNA1和RNA2兩條鏈:且每條鏈的長度都≥8kb,因此我們制定了分段克隆的策略:通過設(shè)計特異引物(8對),將兩條鏈各分成4個片段分別進行擴增和克隆,相鄰片段之間重疊部分序列(圖3.2.1),確保后續(xù)序列組裝的準(zhǔn)確,從而獲得整個基因組序列。圖3.2.1本研究中使用的CCYV片段的克隆策略Fig.3.2.1ThecloningstrategyforCCYVfragmentsusedinthisresearch3.2.2CCYV基因組分段克隆基于制定的分段法克隆基因組序列策略,CCYV編碼的兩條RNA鏈(RNA1和RNA2),每條鏈設(shè)計四對特異性引物(表3.1.4),使用8對引物分別進行PCR克隆,均能得到與目的片段大小一致的特異性條帶(圖3.2.2),經(jīng)兩次擴增以獲取濃度更高的目的片段,分別割膠回收目的條帶,將回收產(chǎn)物與PMD18-T進行過夜連接,經(jīng)轉(zhuǎn)化、菌落PCR篩癬酶切驗證等步驟,最終得到陽性克隆,經(jīng)分析公司測定序列準(zhǔn)確無誤后,通過將每條鏈的序列進行拼接組裝從而獲得CCYV山東黃瓜分離物兩條RNA鏈的全基因組序列信息。
【參考文獻】:
期刊論文
[1]甜瓜褪綠黃化病毒病綜合防控技術(shù)[J]. 馬二磊,臧全宇,丁偉紅,王毓洪,黃蕓萍,應(yīng)泉盛,張華峰. 中國瓜菜. 2019(02)
[2]黃瓜常見病害種類及其防治技術(shù)[J]. 史云國. 上海蔬菜. 2018(06)
[3]黃瓜綠斑駁花葉病毒CP基因克隆及亞細(xì)胞定位[J]. 范小燕,楊柳,季英華,任春梅,繆倩,韓玉春,章松柏,程兆榜,魯紅學(xué). 江蘇農(nóng)業(yè)學(xué)報. 2018(02)
[4]北京、山東和廣東黃瓜病毒檢測[J]. 史利雪,張圣平,苗晗,薄凱亮,謝慶,王燁,顧興芳. 中國蔬菜. 2018(04)
[5]間作芹菜和薄荷對設(shè)施辣椒煙粉虱的控制作用[J]. 陸海鋒,石英躍,胡軍明,衡森,張海波,陳學(xué)好,吳曉霞,周福才. 環(huán)境昆蟲學(xué)報. 2017(04)
[6]廣西三種甜瓜病毒分離物的分子檢測與鑒定[J]. 楊世安,李戰(zhàn)彪,秦碧霞,謝慧婷,崔麗賢,蘇琴,鄧鐵軍,蔡健和. 植物保護. 2017(03)
[7]重慶黃瓜病毒病病原分子鑒定及序列分析[J]. 熊艷,孫淼,王鶴冰,向華豐,陳新中,張洪成,青玲. 農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報. 2017(04)
[8]瓜類褪綠黃化病毒新疆分離物基因組分析[J]. 彭斌,劉莉銘,劉珊珊,張以和,吉艷玲,吳洋,張學(xué)軍,古勤生. 植物病理學(xué)報. 2017(06)
[9]瓜類褪綠黃化病毒(Cucurbit chlorotic yellows virus)在湖南省的首次報道及其流行動態(tài)研究[J]. 唐鑫,張德詠,李凡,燕飛,周序國,張友軍,史曉斌,劉勇. 植物病理學(xué)報. 2017(04)
[10]吐魯番首次發(fā)生甜瓜褪綠黃化病毒病[J]. 潘衛(wèi)萍,張以和,吉艷玲. 蔬菜. 2017(02)
碩士論文
[1]廣西西瓜甜瓜病毒種類及主要病毒遺傳多樣性研究[D]. 楊世安.廣西大學(xué) 2017
[2]黃瓜枯萎病生防菌的篩選與鑒定及其生物有機肥的作用效果[D]. 馬興.甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
[3]湖北省蔬菜病毒病田間調(diào)查及毒源種類鑒定[D]. 張艷超.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2015
[4]浙江省和江西省蔬菜病毒鑒定與變異研究[D]. 劉雪建.浙江大學(xué) 2015
[5]甜瓜褪綠黃化病病原的分子多樣性分析及發(fā)生規(guī)律研究[D]. 劉珊珊.中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2013
[6]香蕉條斑病毒編碼蛋白間的互作研究[D]. 林湛松.海南大學(xué) 2011
[7]應(yīng)用酵母雙雜交體系篩選FXR1P相互作用蛋白[D]. 孫春莉.南華大學(xué) 2006
本文編號:3588052
【文章來源】:長江大學(xué)湖北省
【文章頁數(shù)】:90 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【部分圖文】:
CCYV病毒基因組結(jié)構(gòu)
2.2 結(jié)果與分析 2.2.1 病害田間癥狀 2016 年本研究在對山東省黃瓜病毒病進行調(diào)查時在壽光地區(qū)溫室種植的黃瓜上發(fā)現(xiàn)一種葉片表現(xiàn)黃化癥狀的病害,該病害在當(dāng)?shù)匕l(fā)生已較為普遍,常規(guī)棚室的發(fā)病率多在 3%~10%,重發(fā)棚室發(fā)病率超過 30%。病株田間表現(xiàn)癥狀為葉片發(fā)黃和矮化等。葉片主要表現(xiàn)為脈間黃化,葉脈仍綠。早期癥狀主要發(fā)生在中下部葉片,與缺素癥狀非常接近,后期整株都會表現(xiàn)明顯的黃化,同時植株會伴有矮化癥狀(圖 2.2.1),對黃瓜的產(chǎn)量和品質(zhì)有較大影響。
22得基因組序列,將獲得的CCYV基因組序列與已公開的CCYV不同分離物及同屬其它病毒的基因組序列進行分析,序列多重比對、同源性分析等除新增軟件BioEdit之外,其余使用軟件同2.1.13。進化樹的可信度使用1000次自導(dǎo)復(fù)制驗證[91]。3.2結(jié)果與分析3.2.1CCYV基因組克隆策略鑒于CCYV基因組包含RNA1和RNA2兩條鏈:且每條鏈的長度都≥8kb,因此我們制定了分段克隆的策略:通過設(shè)計特異引物(8對),將兩條鏈各分成4個片段分別進行擴增和克隆,相鄰片段之間重疊部分序列(圖3.2.1),確保后續(xù)序列組裝的準(zhǔn)確,從而獲得整個基因組序列。圖3.2.1本研究中使用的CCYV片段的克隆策略Fig.3.2.1ThecloningstrategyforCCYVfragmentsusedinthisresearch3.2.2CCYV基因組分段克隆基于制定的分段法克隆基因組序列策略,CCYV編碼的兩條RNA鏈(RNA1和RNA2),每條鏈設(shè)計四對特異性引物(表3.1.4),使用8對引物分別進行PCR克隆,均能得到與目的片段大小一致的特異性條帶(圖3.2.2),經(jīng)兩次擴增以獲取濃度更高的目的片段,分別割膠回收目的條帶,將回收產(chǎn)物與PMD18-T進行過夜連接,經(jīng)轉(zhuǎn)化、菌落PCR篩癬酶切驗證等步驟,最終得到陽性克隆,經(jīng)分析公司測定序列準(zhǔn)確無誤后,通過將每條鏈的序列進行拼接組裝從而獲得CCYV山東黃瓜分離物兩條RNA鏈的全基因組序列信息。
【參考文獻】:
期刊論文
[1]甜瓜褪綠黃化病毒病綜合防控技術(shù)[J]. 馬二磊,臧全宇,丁偉紅,王毓洪,黃蕓萍,應(yīng)泉盛,張華峰. 中國瓜菜. 2019(02)
[2]黃瓜常見病害種類及其防治技術(shù)[J]. 史云國. 上海蔬菜. 2018(06)
[3]黃瓜綠斑駁花葉病毒CP基因克隆及亞細(xì)胞定位[J]. 范小燕,楊柳,季英華,任春梅,繆倩,韓玉春,章松柏,程兆榜,魯紅學(xué). 江蘇農(nóng)業(yè)學(xué)報. 2018(02)
[4]北京、山東和廣東黃瓜病毒檢測[J]. 史利雪,張圣平,苗晗,薄凱亮,謝慶,王燁,顧興芳. 中國蔬菜. 2018(04)
[5]間作芹菜和薄荷對設(shè)施辣椒煙粉虱的控制作用[J]. 陸海鋒,石英躍,胡軍明,衡森,張海波,陳學(xué)好,吳曉霞,周福才. 環(huán)境昆蟲學(xué)報. 2017(04)
[6]廣西三種甜瓜病毒分離物的分子檢測與鑒定[J]. 楊世安,李戰(zhàn)彪,秦碧霞,謝慧婷,崔麗賢,蘇琴,鄧鐵軍,蔡健和. 植物保護. 2017(03)
[7]重慶黃瓜病毒病病原分子鑒定及序列分析[J]. 熊艷,孫淼,王鶴冰,向華豐,陳新中,張洪成,青玲. 農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報. 2017(04)
[8]瓜類褪綠黃化病毒新疆分離物基因組分析[J]. 彭斌,劉莉銘,劉珊珊,張以和,吉艷玲,吳洋,張學(xué)軍,古勤生. 植物病理學(xué)報. 2017(06)
[9]瓜類褪綠黃化病毒(Cucurbit chlorotic yellows virus)在湖南省的首次報道及其流行動態(tài)研究[J]. 唐鑫,張德詠,李凡,燕飛,周序國,張友軍,史曉斌,劉勇. 植物病理學(xué)報. 2017(04)
[10]吐魯番首次發(fā)生甜瓜褪綠黃化病毒病[J]. 潘衛(wèi)萍,張以和,吉艷玲. 蔬菜. 2017(02)
碩士論文
[1]廣西西瓜甜瓜病毒種類及主要病毒遺傳多樣性研究[D]. 楊世安.廣西大學(xué) 2017
[2]黃瓜枯萎病生防菌的篩選與鑒定及其生物有機肥的作用效果[D]. 馬興.甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
[3]湖北省蔬菜病毒病田間調(diào)查及毒源種類鑒定[D]. 張艷超.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2015
[4]浙江省和江西省蔬菜病毒鑒定與變異研究[D]. 劉雪建.浙江大學(xué) 2015
[5]甜瓜褪綠黃化病病原的分子多樣性分析及發(fā)生規(guī)律研究[D]. 劉珊珊.中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2013
[6]香蕉條斑病毒編碼蛋白間的互作研究[D]. 林湛松.海南大學(xué) 2011
[7]應(yīng)用酵母雙雜交體系篩選FXR1P相互作用蛋白[D]. 孫春莉.南華大學(xué) 2006
本文編號:3588052
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