紫貂微衛(wèi)星位點的開發(fā)及群體遺傳分析
發(fā)布時間:2022-01-01 10:48
紫貂是典型的寒帶、亞寒帶哺乳動物,曾是一種分布廣泛的物種。在我國,共有4種紫貂亞種,主要分布于東北和西北地區(qū)人口稀少、氣候寒冷的針葉林地帶。由于紫貂皮毛異常珍貴,所以該物種經(jīng)常受到盜獵者的捕殺。再加上人類活動導(dǎo)致的棲息地破碎化,使得紫貂生存面臨嚴(yán)峻的挑戰(zhàn)。本研究通過傳統(tǒng)方法(磁珠富集),開發(fā)出紫貂基因組多態(tài)性微衛(wèi)星位點22個。同時利用紫貂基因組高通量測序數(shù)據(jù),開發(fā)了16個四堿基多態(tài)性微衛(wèi)星位點。并且利用這16個四堿基位點,對來自中國東北地區(qū)的三個紫貂種群(牡丹江-尚志種群、漠河種群、根河種群)49個個體進行了遺傳多樣性和種群結(jié)構(gòu)分析。主要研究結(jié)果如下:1.通過構(gòu)建基因組文庫,共挑取了2252個克隆,經(jīng)過陽性克隆篩選(獲343個)、測序(測序200個陽性克隆)及引物檢測(共設(shè)計100對),獲得26對可以擴增出清晰、單一,且與預(yù)期大小相符條帶的引物。利用22個紫貂樣品對以上引物進行毛細管電泳檢測,最終獲得22個多態(tài)性微衛(wèi)星位點。其等位基因數(shù)范圍是311個,除了位點Mz24和Mz26的多態(tài)信息含量較低(0.25<PIC<0.5),其余所有位點的多態(tài)性都呈較高...
【文章來源】:曲阜師范大學(xué)山東省
【文章頁數(shù)】:67 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【部分圖文】:
紫貂的形態(tài)特征
.2 紫貂在中國的地理分布區(qū)(① 阿爾泰山,② 大興安嶺,③ 小興安嶺,④ 長白Fig. 1.2 The geographical distribution of sable in China群現(xiàn)狀的亞種劃分問題較為復(fù)雜,目前多為大家所接受的是 Wozencraft 等[7]將亞種。在中國,紫貂被劃分為四個亞種,分別是阿爾泰亞種(M. zibellina亞種(M. zibellina princeps),小興安嶺亞種(M. zibellina linkouensis)M. zibellina hamgyenensis)[5]。皮綿軟靈活, 底絨豐厚細密,毛色墨潤有光澤,皮板輕薄且堅韌,在中國。正是由于其質(zhì)優(yōu)物美,價值高昂,使得該物種面臨嚴(yán)峻的生存挑戰(zhàn)。盲目地追求高經(jīng)濟價值,過度地捕捉紫貂個體,導(dǎo)致其種群數(shù)量急劇下類活動范圍的增大,人類干擾不斷擴大,紫貂的棲息地范圍不斷縮小,其種群數(shù)量減少的重要原因。1989年,紫貂被中國政府列為國家一級保護泰地區(qū)紫貂種群數(shù)量尚不清晰,東北地區(qū)紫貂估計有6000只左右[9]。19
第二章 傳統(tǒng)方法(磁珠富集)開發(fā)紫貂微衛(wèi)星標(biāo)記13圖2.1 部分紫貂樣品總DNA電泳圖(Marker 5000)Fig. 2.1 DNA electrophoretogram of partial sable samples2.2.2 酶切挑取6份優(yōu)質(zhì)DNA樣品,各取15μl混合。取85ul混合DNA與其他液體充分混合,置于37℃酶切1.5-2h。酶切體系為:混合DNA 85μl10×H buffer 10μlSau3AI 5μl總計 100μl酶切結(jié)束后65℃變性15min,以使限制酶失活;取5μl酶切液,使用1%瓊脂糖凝膠電泳檢驗酶切結(jié)果。電泳圖見圖2.2。圖2.2 紫貂基因組經(jīng)酶切后凝膠電泳圖(兩側(cè)與中間均為Marker 2000)Fig. 2
【參考文獻】:
期刊論文
[1]DNA分子標(biāo)記研究進展[J]. 黃映萍. 中山大學(xué)研究生學(xué)刊(自然科學(xué).醫(yī)學(xué)版). 2010 (02)
[2]黑龍江省完達山東部林區(qū)馬鹿種群遺傳多樣性的微衛(wèi)星分析[J]. 田新民,張明海,張輝,楊春文,金志民. 生態(tài)學(xué)雜志. 2010(03)
[3]綿羊mtDNAD-環(huán)序列與微衛(wèi)星DNA遺傳多樣性和系統(tǒng)發(fā)育分析[J]. 成述儒,羅玉柱,韓建林,Olivier Hanotte,胡江. 農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報. 2009(06)
[4]利用微衛(wèi)星標(biāo)記分析迪慶黃牛的遺傳多樣性[J]. 田應(yīng)華,錢林東,凌軍,霍金龍,祁宏,劉麗仙,苗永旺. 云南農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報. 2009(06)
[5]微衛(wèi)星位點獲取方法的研究進展[J]. 孫波,鮑毅新,趙慶洋,張龍龍,胡知淵. 生態(tài)學(xué)雜志. 2009(10)
[6]微衛(wèi)星在種公牛個體識別與親緣鑒定方面的應(yīng)用[J]. 王靜,劉丑生,張利平,王志剛,于福清,張桂香,孫秀柱,韓旭,魏玉春. 遺傳. 2009(03)
[7]東方粘蟲(Pseudaletia separata(Walker))微衛(wèi)星富集文庫的構(gòu)建與分析[J]. 張國彥,翟保平. 生態(tài)學(xué)報. 2008(08)
[8]應(yīng)用微衛(wèi)星對大足黑山羊進行親緣關(guān)系鑒定[J]. 宋艷畫,宋善道,孫燕,王鮮忠,張家驊. 西南大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)版). 2007(07)
[9]大、小興安嶺植物區(qū)及交錯區(qū)物種多樣性比較研究[J]. 張玲,袁曉穎,張東來. 植物研究. 2007(03)
[10]STR在野生東北馬鹿個體識別中的應(yīng)用[J]. 尹君,張明海,謝緒昌. 野生動物. 2007(03)
博士論文
[1]秦嶺川金絲猴種群遺傳結(jié)構(gòu)與分子系統(tǒng)地理研究[D]. 黃康.西北大學(xué) 2014
[2]朱鹮多態(tài)性微衛(wèi)星位點的篩選及物種的遺傳多樣性研究[D]. 何陸平.浙江大學(xué) 2007
碩士論文
[1]基于微衛(wèi)星和線粒體基因的中國西北地區(qū)狼的分子生態(tài)學(xué)研究[D]. 李浩恬.曲阜師范大學(xué) 2016
[2]紫貂的微衛(wèi)星篩選及種群遺傳學(xué)研究[D]. 吳丹.東北林業(yè)大學(xué) 2014
[3]利用微衛(wèi)星標(biāo)記分析斑背大尾鶯種群遺傳結(jié)構(gòu)[D]. 趙雪瓊.東北林業(yè)大學(xué) 2012
[4]紫貂飼養(yǎng)繁殖及其產(chǎn)品貿(mào)易現(xiàn)狀研究[D]. 朱妍.東北林業(yè)大學(xué) 2012
[5]基于微衛(wèi)星標(biāo)記及線粒體基因序列的云南省6個東方蜜蜂(Apis cerena)群體遺傳多樣性及遺傳分化研究[D]. 殷玲.揚州大學(xué) 2009
[6]揚子鱷微衛(wèi)星位點的篩選及其多態(tài)性分析[D]. 荊偉.浙江大學(xué) 2008
[7]基于微衛(wèi)星分子標(biāo)記的二斑葉螨和朱砂葉螨種群遺傳結(jié)構(gòu)研究[D]. 李婷.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2008
本文編號:3562217
【文章來源】:曲阜師范大學(xué)山東省
【文章頁數(shù)】:67 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【部分圖文】:
紫貂的形態(tài)特征
.2 紫貂在中國的地理分布區(qū)(① 阿爾泰山,② 大興安嶺,③ 小興安嶺,④ 長白Fig. 1.2 The geographical distribution of sable in China群現(xiàn)狀的亞種劃分問題較為復(fù)雜,目前多為大家所接受的是 Wozencraft 等[7]將亞種。在中國,紫貂被劃分為四個亞種,分別是阿爾泰亞種(M. zibellina亞種(M. zibellina princeps),小興安嶺亞種(M. zibellina linkouensis)M. zibellina hamgyenensis)[5]。皮綿軟靈活, 底絨豐厚細密,毛色墨潤有光澤,皮板輕薄且堅韌,在中國。正是由于其質(zhì)優(yōu)物美,價值高昂,使得該物種面臨嚴(yán)峻的生存挑戰(zhàn)。盲目地追求高經(jīng)濟價值,過度地捕捉紫貂個體,導(dǎo)致其種群數(shù)量急劇下類活動范圍的增大,人類干擾不斷擴大,紫貂的棲息地范圍不斷縮小,其種群數(shù)量減少的重要原因。1989年,紫貂被中國政府列為國家一級保護泰地區(qū)紫貂種群數(shù)量尚不清晰,東北地區(qū)紫貂估計有6000只左右[9]。19
第二章 傳統(tǒng)方法(磁珠富集)開發(fā)紫貂微衛(wèi)星標(biāo)記13圖2.1 部分紫貂樣品總DNA電泳圖(Marker 5000)Fig. 2.1 DNA electrophoretogram of partial sable samples2.2.2 酶切挑取6份優(yōu)質(zhì)DNA樣品,各取15μl混合。取85ul混合DNA與其他液體充分混合,置于37℃酶切1.5-2h。酶切體系為:混合DNA 85μl10×H buffer 10μlSau3AI 5μl總計 100μl酶切結(jié)束后65℃變性15min,以使限制酶失活;取5μl酶切液,使用1%瓊脂糖凝膠電泳檢驗酶切結(jié)果。電泳圖見圖2.2。圖2.2 紫貂基因組經(jīng)酶切后凝膠電泳圖(兩側(cè)與中間均為Marker 2000)Fig. 2
【參考文獻】:
期刊論文
[1]DNA分子標(biāo)記研究進展[J]. 黃映萍. 中山大學(xué)研究生學(xué)刊(自然科學(xué).醫(yī)學(xué)版). 2010 (02)
[2]黑龍江省完達山東部林區(qū)馬鹿種群遺傳多樣性的微衛(wèi)星分析[J]. 田新民,張明海,張輝,楊春文,金志民. 生態(tài)學(xué)雜志. 2010(03)
[3]綿羊mtDNAD-環(huán)序列與微衛(wèi)星DNA遺傳多樣性和系統(tǒng)發(fā)育分析[J]. 成述儒,羅玉柱,韓建林,Olivier Hanotte,胡江. 農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報. 2009(06)
[4]利用微衛(wèi)星標(biāo)記分析迪慶黃牛的遺傳多樣性[J]. 田應(yīng)華,錢林東,凌軍,霍金龍,祁宏,劉麗仙,苗永旺. 云南農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報. 2009(06)
[5]微衛(wèi)星位點獲取方法的研究進展[J]. 孫波,鮑毅新,趙慶洋,張龍龍,胡知淵. 生態(tài)學(xué)雜志. 2009(10)
[6]微衛(wèi)星在種公牛個體識別與親緣鑒定方面的應(yīng)用[J]. 王靜,劉丑生,張利平,王志剛,于福清,張桂香,孫秀柱,韓旭,魏玉春. 遺傳. 2009(03)
[7]東方粘蟲(Pseudaletia separata(Walker))微衛(wèi)星富集文庫的構(gòu)建與分析[J]. 張國彥,翟保平. 生態(tài)學(xué)報. 2008(08)
[8]應(yīng)用微衛(wèi)星對大足黑山羊進行親緣關(guān)系鑒定[J]. 宋艷畫,宋善道,孫燕,王鮮忠,張家驊. 西南大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)版). 2007(07)
[9]大、小興安嶺植物區(qū)及交錯區(qū)物種多樣性比較研究[J]. 張玲,袁曉穎,張東來. 植物研究. 2007(03)
[10]STR在野生東北馬鹿個體識別中的應(yīng)用[J]. 尹君,張明海,謝緒昌. 野生動物. 2007(03)
博士論文
[1]秦嶺川金絲猴種群遺傳結(jié)構(gòu)與分子系統(tǒng)地理研究[D]. 黃康.西北大學(xué) 2014
[2]朱鹮多態(tài)性微衛(wèi)星位點的篩選及物種的遺傳多樣性研究[D]. 何陸平.浙江大學(xué) 2007
碩士論文
[1]基于微衛(wèi)星和線粒體基因的中國西北地區(qū)狼的分子生態(tài)學(xué)研究[D]. 李浩恬.曲阜師范大學(xué) 2016
[2]紫貂的微衛(wèi)星篩選及種群遺傳學(xué)研究[D]. 吳丹.東北林業(yè)大學(xué) 2014
[3]利用微衛(wèi)星標(biāo)記分析斑背大尾鶯種群遺傳結(jié)構(gòu)[D]. 趙雪瓊.東北林業(yè)大學(xué) 2012
[4]紫貂飼養(yǎng)繁殖及其產(chǎn)品貿(mào)易現(xiàn)狀研究[D]. 朱妍.東北林業(yè)大學(xué) 2012
[5]基于微衛(wèi)星標(biāo)記及線粒體基因序列的云南省6個東方蜜蜂(Apis cerena)群體遺傳多樣性及遺傳分化研究[D]. 殷玲.揚州大學(xué) 2009
[6]揚子鱷微衛(wèi)星位點的篩選及其多態(tài)性分析[D]. 荊偉.浙江大學(xué) 2008
[7]基于微衛(wèi)星分子標(biāo)記的二斑葉螨和朱砂葉螨種群遺傳結(jié)構(gòu)研究[D]. 李婷.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2008
本文編號:3562217
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