林麝（Moschus berezovskii）隸屬偶蹄目（Artiodactyla）、反芻亞目（Ruminantia）、麝屬（Moschus,）、麝種（Moschus berezovskii.）,是麝屬中體型最小的動物,因成年雄性林麝分泌麝香而聞名。由于麝香有巨大的經(jīng)濟(jì)價(jià)值,導(dǎo)致林麝被大規(guī)模偷盜捕殺,林麝種群數(shù)量銳減,2002年,林麝被列為國家一級重點(diǎn)保護(hù)動物;在2008年的世界自然保護(hù)聯(lián)盟（IUCN）瀕危物種紅色名錄中,林麝被評為瀕危物種。目前,人工養(yǎng)殖林麝是保護(hù)林麝種質(zhì)資源和麝香獲取的主要手段。但是由于單一追求林麝數(shù)量,盲目繁殖,導(dǎo)致林麝種群遺傳多樣減少,林麝個(gè)體體質(zhì)下降。為充實(shí)林麝在遺傳學(xué)方面的研究數(shù)據(jù),對林麝養(yǎng)殖提供指導(dǎo),豐富林麝的多態(tài)性位點(diǎn),本文進(jìn)行了以下研究:提取死亡林麝的骨髓細(xì)胞進(jìn)行培養(yǎng),并從中獲取林麝的c DNA文庫,進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序,獲取林麝的微衛(wèi)星位點(diǎn);從中選取100個(gè)林麝微衛(wèi)星位點(diǎn)進(jìn)行驗(yàn)證,通過篩選最終獲得林麝9個(gè)多態(tài)性微衛(wèi)星位點(diǎn),最后,我們利用這9個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)對鳳縣逢春林麝養(yǎng)殖場的15只林麝樣本進(jìn)行了遺傳多樣性分析和聚類分析。所得主要結(jié)果如下:1.從死亡林麝的股骨... 

【文章來源】：西北大學(xué)陜西省 211工程院校

【文章頁數(shù)】：64 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

林麝骨髓細(xì)胞（標(biāo)尺：100μm）

西北大學(xué)碩士學(xué)位論文16圖2-2Cleanreads組裝后的序列長度分布Figure2-2ThesequencelengthdistributionafterCleanreadsassembly注：x軸表示序列大小，y軸表示在組裝序列在該區(qū)域的數(shù)量Note:TheX-axisrepresentsthesequencesize,andtheY-axisrepresentsthenumberofassembledsequencesintheregion2.2.3林麝轉(zhuǎn)錄組微衛(wèi)星位點(diǎn)的分布及頻率將Transcripts序列根據(jù)序列相似性以及長度進(jìn)行篩選，最終獲得81553條Unigene（N50長度為1360bp），使用MISA軟件對大于1kb以上的Unigene進(jìn)行微衛(wèi)星位點(diǎn)分析，結(jié)果如表2-1所示：共檢測了12615個(gè)基因序列，其中檢測到的微衛(wèi)星位點(diǎn)總數(shù)為5777個(gè)，包含序列的微衛(wèi)星位點(diǎn)數(shù)量為4,010，包含超過一個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)的序列數(shù)為1198個(gè)，以復(fù)合形式存在的微衛(wèi)星位點(diǎn)數(shù)量333個(gè)；在這些微衛(wèi)星位點(diǎn)中，單堿基重復(fù)的序列總數(shù)為3,228條，占比最大，為55.88%，二堿基重復(fù)序列總數(shù)為1,031條，占比17.85%，三堿基重復(fù)序列總數(shù)為1479，占比25.60%，四堿基重復(fù)序列總數(shù)為34，占比0.59%，五堿基序列重復(fù)總數(shù)為四，占比0.07%，六堿基序列重復(fù)總數(shù)最少，占比僅為0.02%。

西北大學(xué)碩士學(xué)位論文243.3結(jié)果3.3.1林麝樣本DNA提取結(jié)果通過糞便提取DNA方法成功提取了43只林麝的DNA，通過林麝GAPDH擴(kuò)增并通過瓊脂糖凝膠電泳檢測，其GAPDH基因條帶明亮且清楚，部分結(jié)果如圖3-1。圖3-1：糞便提取DNA方法提取的部分林麝DNA電泳結(jié)果Figure3-1:DNAelectrophoresisresultsofsomeforestmuskdeerextractedbyfecalextractionmethod3.3.2引物設(shè)計(jì)結(jié)果根據(jù)轉(zhuǎn)錄組測得的微衛(wèi)星位點(diǎn)的序列，共設(shè)計(jì)了100對微衛(wèi)星引物。送至北京擎科生物技術(shù)有限公司進(jìn)行合成。3.3.3林麝微衛(wèi)星位點(diǎn)的特異性篩選通過將100對引物進(jìn)行PCR和瓊脂糖凝膠電泳檢測，去除無條帶及條帶不明顯的引物，結(jié)果總共篩選出49對特異性高且退火溫度相近的引物，通常認(rèn)為，退火溫度高的條件下擴(kuò)增出的產(chǎn)物條帶特異性較高。如圖3-2，引物29117在其預(yù)測Tm值附近選壤1℃；±2℃；±3℃進(jìn)行引物最適溫度的試驗(yàn)，最終選取條帶清晰且退火溫度較高的條帶，此條帶的退火溫度即為引物29117最適退火溫度。


本文編號：3534452