【目的】本研究旨在全基因組水平上分析草地貪夜蛾Spodopterafrugiperda完美微衛(wèi)星的分布規(guī)律并對微衛(wèi)星位于外顯子的基因進行GO功能分析,為開發(fā)微衛(wèi)星標記并進一步開展功能研究提供數(shù)據基礎�！痉椒ā坷密浖﨣rait v0.10.2鑒定草地貪夜蛾基因組的完美微衛(wèi)星并分析其多樣性;利用Python腳本對完美微衛(wèi)星進行定位,分析其在全基因組不同位置的分布規(guī)律;進一步利用BLAST軟件、Swiss-Prot蛋白質數(shù)據庫和R包的clusterProfiler v3.14.3工具包對微衛(wèi)星位于外顯子的基因進行GO功能分析�！窘Y果】共搜索到完美微衛(wèi)星64025個,其中以單堿基微衛(wèi)星為主,有28782個,其余依次是四堿基（19 278個）、三堿基（7 685個）、二堿基（5 734個）、五堿基（1 639個）和六堿基微衛(wèi)星（907個）,進一步分析發(fā)現(xiàn)6類完美微衛(wèi)星分別以A、AC、ATC、AAAT、AAAAT和AAAGTC重復拷貝類別為主。隨著重復拷貝類別堿基數(shù)目的增加,完美微衛(wèi)星偏好的重復拷貝次數(shù)范圍逐漸變小。除23、28和30號染色體,6類完美微衛(wèi)星在其余染色體上的分布情況與其總體分布情... 

【文章來源】：應用昆蟲學報. 2020,57(06)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：12 頁

【部分圖文】：

草地貪夜蛾完美微衛(wèi)星的重復拷貝次數(shù)分布

本研究對草地貪夜蛾全基因組完美微衛(wèi)星的分布規(guī)律進行了統(tǒng)計分析，其總體相對豐度為126.60 loci/Mb，經過對比發(fā)現(xiàn)均低于德國小蠊Blattella germanica（王晨等，2015）、中華按蚊Anopheles sinensis（王小婷等，2016）、西方蜜蜂Apis mellifera（魏朝明等，2007）和赤擬谷盜Tribolium castaneum（張琳琳等，2008）完美微衛(wèi)星的總相對豐度（表7），同時研究發(fā)現(xiàn)家蠶Bombyx mori、小菜蛾Plutella xylostella、菜粉蝶Pieris rapae、煙草天蛾Manduca sexta、棉鈴蟲Helicoverpa armigera和帝王蝶Danaus plexippus6種鱗翅目昆蟲完美微衛(wèi)星的總相對豐度（甘麗萍等，2019）也低于以上4種昆蟲，這與鱗翅目昆蟲中微衛(wèi)星豐度相對偏低的研究結果一致（Nève and Meglécz,2000；吉亞杰和張德興，2004）。草地貪夜蛾各類完美微衛(wèi)星的分布情況與家蠶、小菜蛾、菜粉蝶、煙草天蛾、棉鈴蟲和帝王蝶等鱗翅目昆蟲以及雙翅目（Diptera）中華按蚊、蜚蠊目（Blattaria）德國小蠊、膜翅目（Hymenoptera）西方蜜蜂和鞘翅目（Coleoptera）赤擬谷盜等其他目昆蟲完美微衛(wèi)星的分布情況均具有一定的差異（表7），這說明完美微衛(wèi)星在各昆蟲間具有不同的分布特征，可能與物種本身、基因組大小和基因組堿基組成等方面有關。草地貪夜蛾完美微衛(wèi)星中單堿基微衛(wèi)星的數(shù)量最多，占總數(shù)的44.95%，其次是四堿基微衛(wèi)星（30.11%），而三堿基、二堿基、五堿基和六堿基微衛(wèi)星的數(shù)量依次遞減，分別占12.0%、8.96%、2.56%和1.42%。而在Arias等（2011）研究中所列出的187個微衛(wèi)星拷貝類別，其中二堿基微衛(wèi)星（109個）是富集結果中最多的微衛(wèi)星類型，占其總數(shù)的58.29%，其余類型微衛(wèi)星的數(shù)量均比較少，表8展示了該文章中所列出的微衛(wèi)星重復單元及其數(shù)量，與本研究中各類型微衛(wèi)星在全基因組中的比例有較大差異，這可能是由于富集法很難覆蓋到整個基因組。因此，相較于微衛(wèi)星富集文庫的方法，高通量測序技術和生物信息學軟件的結合，更能為篩選高質量微衛(wèi)星標記提供大量的數(shù)據基礎并且能較完整地呈現(xiàn)微衛(wèi)星在物種全基因組上的分布規(guī)律，進而為研究其分布規(guī)律與親緣遠近的關系以及從微衛(wèi)星層面上解析整個基因組的進化提供可能。

【參考文獻】：
期刊論文
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博士論文
[1]家蠶SSR分子遺傳圖的構建及基因定位的研究[D]. 李明輝.中國科學院研究生院（上海生命科學研究院） 2006

碩士論文
[1]棉鈴蟲種群的遺傳多樣性與基因流研究[D]. 石仕福.南京農業(yè)大學 2009



本文編號：3489702