農(nóng)業(yè)害蟲和入侵昆蟲每年對(duì)全球的農(nóng)業(yè)、經(jīng)濟(jì)和人類健康都會(huì)造成巨大損失和危害。近年來由于過量使用農(nóng)藥等原因,不少害蟲產(chǎn)生了高水平的抗藥性,使農(nóng)業(yè)生產(chǎn)和人類健康都面臨巨大威脅。同時(shí)我國由于國土面積廣闊,國際線長,國際貿(mào)易交流等原因,也飽受入侵昆蟲的威脅,因此研究昆蟲抗藥性和入侵性對(duì)于農(nóng)業(yè)可持續(xù)發(fā)展,生態(tài)環(huán)境和人類健康都有重要意義。本文圍繞昆蟲抗藥性和入侵性兩方面內(nèi)容,運(yùn)用生物信息學(xué)和機(jī)器學(xué)習(xí)的技術(shù)方法進(jìn)行了以下研究。（1）乙酰膽堿酯酶發(fā)生基因突變,導(dǎo)致殺蟲劑對(duì)其靶標(biāo)作用敏感度下降是昆蟲產(chǎn)生抗藥性的重要原因。本文提出直接使用轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),檢測(cè)乙酰膽堿酯酶抗藥性相關(guān)的突變位點(diǎn),縮短了使用傳統(tǒng)基于聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)的實(shí)驗(yàn)方法進(jìn)行突變位點(diǎn)檢測(cè)所需的時(shí)間。針對(duì)乙酰膽堿酯酶基因,本文建立了全面的乙酰膽堿酯酶基因數(shù)據(jù)庫和乙酰膽堿酯酶抗藥性相關(guān)的基因突變位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫。并設(shè)計(jì)了一套完整的計(jì)算流程,利用Bowtie2軟件進(jìn)行快速短序列比對(duì),從轉(zhuǎn)錄組中獲取對(duì)應(yīng)物種的乙酰膽堿酯酶基因上的測(cè)序片段,并與突變位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫比較,獲取抗性測(cè)序片段數(shù)量和敏感測(cè)序片段數(shù)量,最后計(jì)算抗性頻率。同時(shí)為該算法建立網(wǎng)站,提供在線系統(tǒng),方便其他研... 

【文章來源】：南京師范大學(xué)江蘇省 211工程院校

【文章頁數(shù)】：72 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖２．丨乙酰膽堿酯酶在神經(jīng)突出中分解乙酰膽堿??

第一輪測(cè)序的模板鏈，用對(duì)讀測(cè)序模塊（Ｐａｉｅｄ－Ｅｎｄ?Ｍｏｄｕｌｅ）引導(dǎo)互補(bǔ)鏈在原位置??再生和擴(kuò)增，以達(dá)到第二輪測(cè)序所用的模板量，進(jìn)行第二輪互補(bǔ)鏈的合成測(cè)序。??單端測(cè)序和雙端測(cè)序制備的文庫如圖３．１。??Ｓｉｎｇｌｅ－ｅｎｄ??Ｒｅａｄ?１??Ｐａｉｒｅｄ－ｅｎｄ??Ｒｅａｄ?１??—Ａ??Ｒｅａｄ?２??圖３．１單端測(cè)序和雙端測(cè)序??１２??

找到這些突變位點(diǎn)之后，針對(duì)每個(gè)物種，獲取以突變位點(diǎn)為中心的１１個(gè)堿??基長度的片段并建立數(shù)據(jù)庫。將這些突變位點(diǎn)對(duì)齊到加利福尼亞電鰩的乙酰膽堿??酯酶基因上，并將其分布繪制成圖３．６。圖中紅色字母代表對(duì)應(yīng)于ＡＣｈＥｌ蛋白上??１７??

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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碩士論文
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[2]外來有害生物西花薊馬在中國的適生性風(fēng)險(xiǎn)分析[D]. 程俊峰.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2005



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