發(fā)布時(shí)間：2021-10-27 05:15

　　長鏈非編碼RNA（Longnon-codingRNA,lncRNA）是一類長度大于200nt的不編碼蛋白質(zhì)的RNA。最近幾年關(guān)于lncRNA的研究和報(bào)道如雨后春筍般,不斷涌現(xiàn),成為當(dāng)前研究的熱點(diǎn)。LncRNA參與了基因組印記、X染色體沉默、染色質(zhì)修飾、轉(zhuǎn)錄激活、轉(zhuǎn)錄干擾、核內(nèi)運(yùn)輸以及生長發(fā)育等多種重要的調(diào)控過程。隨著高通量測(cè)序數(shù)據(jù)的不斷積累,轉(zhuǎn)錄組拼接算法的不斷改進(jìn),預(yù)測(cè)流程的不斷完善,果蠅（Drosophila melanogaster）、蜜蜂（Apis mellifera）等10多種昆蟲的lncRNA被相繼預(yù)測(cè)和發(fā)現(xiàn)。本文構(gòu)建和優(yōu)化了昆蟲lncRNA的預(yù)測(cè)流程,對(duì)褐飛虱（Nilaparvata lugens）和小菜蛾（Plutella xylostella）的lncRNA進(jìn)行了預(yù)測(cè)和特征分析。主要結(jié)果如下:1.褐飛虱長鏈非編碼RNA的發(fā)現(xiàn)及和特征分析在前期已經(jīng)分析12個(gè)褐飛虱轉(zhuǎn)錄組的基礎(chǔ)上,進(jìn)一步收集NCBISRA數(shù)據(jù)庫中的4個(gè)褐飛虱轉(zhuǎn)錄組,包括杭州種群,臺(tái)灣地區(qū)種群,雌性唾液腺,三齡若蟲翅芽組織等,利用最新的有參拼接軟件HISAT2和StringTie拼接轉(zhuǎn)錄組,構(gòu)建新的生物信息... 

【文章來源】：南京農(nóng)業(yè)大學(xué)江蘇省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：78 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖１－３選擇性剪接類型分類［７４］??Ｆｉｇｕｒｅ?１－３?Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ?ｔｙｐｅｓ?ｏｆ?ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅ?ｓｐｌｉｃｉｎｇ［７４】??注：藍(lán)色條塊表示組成型外顯子，紫色條塊表示選擇性外顯子

ＣＳａＳ?ＣＳＺｉｌｌ］?ｆ?土：土，Ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅ?ｐｒｏｍｏｔｅｒｓ???ｊＳＳＳ３?Ｊ２２Ｊ３?Ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅ?ｐｏｌｙ（Ａ）??圖１－３選擇性剪接類型分類［７４］??Ｆｉｇｕｒｅ?１－３?Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ?ｔｙｐｅｓ?ｏｆ?ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅ?ｓｐｌｉｃｉｎｇ［７４】??注：藍(lán)色條塊表示組成型外顯子，紫色條塊表示選擇性外顯子。??Ｎｏｔｅ：?Ｔｈｅ?ｂｌｕｅ?ｂａｒ?ｒｅｐｒｅｓｅｎｔｓ?ｔｈｅ?ｃｏｎｓｔｉｔｕｔｉｖｅ?ｅｘｏｎ，?ｐｕｒｐｌｅ?ｂａｒ?ｒｅｐｒｅｓｅｎｔｓ?ｔｈｅ?ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅ?ｅｘｏｎｓ．??目前大規(guī)模的選擇性剪接研究主要集中在對(duì)人類和模式生物的研究上，如Ｇａｎ等??人利用ＲＮＡ－Ｓｅｑ技術(shù)分析果蠅精巢和卵巢選擇性剪接調(diào)控的動(dòng)態(tài)變化，發(fā)現(xiàn)許多基??因在性腺中有性別特異的轉(zhuǎn)錄本？。在農(nóng)業(yè)昆蟲領(lǐng)域中，主要有針對(duì)家蠶和蜜蜂的大??６??

圖２－２?ＩｎｃＲＮＡ預(yù)測(cè)結(jié)果??Ｆｉｇｕｒｅ?２－２?ＬｎｃＲＮＡ?ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ?ｒｅｓｕｌｔ??如圖２－２，將杭州地區(qū)，臺(tái)中（臺(tái)灣）地區(qū)，雌性唾液腺，三齡若蟲的翅芽組織４??個(gè)不同的轉(zhuǎn)錄組ｒｅａｄｓ經(jīng)Ｈ１ＳＡＴ２比對(duì)，ＳｔｒｉｎｇＴｉｅ拼接后，共獲得６９，６０８條多外顯子??轉(zhuǎn)錄本。如圖２－５所示

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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[2]長鏈非編碼RNA（lncRNA）及其在昆蟲學(xué)研究中的進(jìn)展[J]. 朱斌,梁沛,高希武.  昆蟲學(xué)報(bào). 2016(11)
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[10]人類基因組計(jì)劃的回顧與展望[J]. 植瑞東,何夏怡.  衛(wèi)生職業(yè)教育. 2004(05)

博士論文
[1]五種昆蟲非編碼RNA基因發(fā)現(xiàn)及miR-14的功能研究[D]. 肖花美.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2015

碩士論文
[1]不同剪接頻率外顯子的組成特征分析[D]. 宋士芹.中國科學(xué)技術(shù)大學(xué) 2009



本文編號(hào)：3460945