煙草叢頂病毒RNA依賴RNA聚合酶的-1型移碼翻譯機制研究
發(fā)布時間:2021-08-21 07:56
煙草叢頂病是由番茄叢矮病毒科(Tombusviridae)幽影病毒屬(Umbravirus)成員煙草叢頂病毒(Tobacco bushy top virus,TBTV)和黃癥病毒科(Luteoviridae)成員煙草扭脈病毒(Tobacco vein distorting virus,TVDV)復合侵染引起的一種系統(tǒng)性侵染病害。TBTV基因組為一條正義單鏈RNA,全長4,152個核苷酸,5’端沒有帽子,3’端沒有poly(A)尾,共有4個開放閱讀框(ORF)。ORF1編碼35 KDa蛋白,ORF1的C末端與ORF2的N端有8個密碼子的重疊區(qū),ORF2編碼63 KDa蛋白。ORF1通過-1位的移碼翻譯機制表達產(chǎn)生TBTV RNA依賴的RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase,RdRp),其分子量約等于ORF1和ORF2的分子量之和。本研究在已經(jīng)完成TBTV RdRp-1位移碼翻譯表達的定性分析基礎(chǔ)上,主要對TBTV RdRp的-1位移碼翻譯機制的多層次調(diào)控元件進行定位和結(jié)構(gòu)特征分析。首先通過序列分析,初步定位了-1型移碼必需的七核苷酸滑動序列(特征為:XXx...
【文章來源】:山東農(nóng)業(yè)大學山東省
【文章頁數(shù)】:112 頁
【學位級別】:博士
【部分圖文】:
RNA病毒采用的常規(guī)和非常規(guī)翻譯機制示意圖(FirthandBrierley,2012)
Hentze et al., 1997; Le et al., 1997; Dreher and Miller, 2006; Wang et al., 2009)。翻譯過程包括四個步驟:翻譯的起始,蛋白的延伸,翻譯的終止,以及核糖體的再循環(huán)(圖 1-2)。圖1-2 真核生物mRNA的翻譯機制示意圖(Dreher and Miller, 2006)Fig.1-2 Translational mechanism in eukaryotic mRNAs.1.2.1 翻譯的起始真核生物的蛋白翻譯起始是由許多翻譯起始因子(eIF)調(diào)控的。首先是翻譯起始因子(eIF)4E 識別并結(jié)合 5’端帽子結(jié)構(gòu)然后招募 eIF4G,繼續(xù)結(jié)合 eIF4A、eIF4B 以及poly(A)結(jié)合蛋白(PABP),最終使得 mRNA 連同核糖體形成一個環(huán)狀結(jié)構(gòu)復合體。核糖體 40S 亞基與各種翻譯起始因子 eIF3,eIF1,eIF1A,eIF5 以及 eIF2-Met-tRNAi-GTP結(jié)合形成 43S 核糖體復合物。在翻譯起始因子 eIF4G 和 eIF3 的作用下,43S 核糖體復合物與環(huán)狀結(jié)構(gòu)復合體結(jié)合,核糖體被招募到 mRNA 的 5’端并在解旋酶 eIF4A 和輔助因子 eIF4B 的作用下沿 mRNA 的 5’→3’方向滑動
圖1-3四種不同類型的IRES元件(Jeffrey, 2008)Fig.1-3 Four different IRES groups.1.3.2 滲漏掃描(Leaky scanning)策略滲漏掃描是一種翻譯同一條 mRNA 鏈上具有重疊區(qū)開放閱讀框(O立的兩個蛋白時發(fā)生的翻譯機制。在蛋白翻譯的起始階段,40S 核糖體亞的帽子結(jié)構(gòu)之后,會沿著 mRNA 從 5’端往 3’端方向掃描,直到遇到起始開始翻譯(Kozak, 2002)。但是在有些情況下,會有一定比例的核糖體在始密碼子時不發(fā)生翻譯的起始,而是繼續(xù)向 3’端方向滑動,直到遇到后面才開始進行翻譯(Kozak, 2002)(圖 1-4),這種翻譯的起始機制便是滲掃描的最終結(jié)果是表達兩個相互獨立的蛋白,這兩個蛋白可以是 C 末端重開放閱讀框中的不同起始位點),可以是兩個有重疊區(qū)的 ORF(不同的也可以是兩個沒有重疊區(qū)而是順序性的開放閱讀框(Andrew E. Firth a
【參考文獻】:
期刊論文
[1]煙草叢頂病毒ORF1蛋白的多克隆抗體制備及應用[J]. 王國魯,王德亞,于成明,原雪峰. 植物病理學報. 2016(01)
[2]ICTV第九次報告以來的植物病毒分類系統(tǒng)[J]. 洪健,周雪平. 植物病理學報. 2014(06)
[3]ICTV第九次報告對病毒分類系統(tǒng)的一些修改[J]. 張忠信. 病毒學報. 2012(05)
[4]煙草叢頂病毒(TBTV)ORF3和ORF4的原核表達、抗血清制備及應用[J]. 龍亞芹,王萬東,左瑞娟,李凡,尹朝先,陳海如. 農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學報. 2011(02)
[5]TBTV衛(wèi)星RNA不同分離物的序列測定及系統(tǒng)進化分析[J]. 尹朝先,包娜,冉志偉,陳海如,李凡. 云南農(nóng)業(yè)大學學報(自然科學版). 2010(06)
[6]我國植物病毒學的研究現(xiàn)狀及發(fā)展策略[J]. 李大偉. 植物保護. 2010(02)
[7]煙草叢頂病研究進展[J]. 李凡,吳建宇,陳海如. 植物病理學報. 2005(05)
[8]煙草叢頂病在中國的發(fā)現(xiàn)及研究進展[J]. 秦西云. 中國煙草科學. 2005(03)
[9]煙草叢頂病穴TBTV雪傳毒特性及寄主范圍研究[J]. 段玉琪,秦西云,莫笑晗,王曉云,譚仲夏. 中國煙草科學. 2003(04)
[10]云南煙草叢枝癥病害初步研究[J]. 李凡,周雪平,蔡紅,陳海如,李德葆. 植物病理學報. 2001(04)
本文編號:3355202
【文章來源】:山東農(nóng)業(yè)大學山東省
【文章頁數(shù)】:112 頁
【學位級別】:博士
【部分圖文】:
RNA病毒采用的常規(guī)和非常規(guī)翻譯機制示意圖(FirthandBrierley,2012)
Hentze et al., 1997; Le et al., 1997; Dreher and Miller, 2006; Wang et al., 2009)。翻譯過程包括四個步驟:翻譯的起始,蛋白的延伸,翻譯的終止,以及核糖體的再循環(huán)(圖 1-2)。圖1-2 真核生物mRNA的翻譯機制示意圖(Dreher and Miller, 2006)Fig.1-2 Translational mechanism in eukaryotic mRNAs.1.2.1 翻譯的起始真核生物的蛋白翻譯起始是由許多翻譯起始因子(eIF)調(diào)控的。首先是翻譯起始因子(eIF)4E 識別并結(jié)合 5’端帽子結(jié)構(gòu)然后招募 eIF4G,繼續(xù)結(jié)合 eIF4A、eIF4B 以及poly(A)結(jié)合蛋白(PABP),最終使得 mRNA 連同核糖體形成一個環(huán)狀結(jié)構(gòu)復合體。核糖體 40S 亞基與各種翻譯起始因子 eIF3,eIF1,eIF1A,eIF5 以及 eIF2-Met-tRNAi-GTP結(jié)合形成 43S 核糖體復合物。在翻譯起始因子 eIF4G 和 eIF3 的作用下,43S 核糖體復合物與環(huán)狀結(jié)構(gòu)復合體結(jié)合,核糖體被招募到 mRNA 的 5’端并在解旋酶 eIF4A 和輔助因子 eIF4B 的作用下沿 mRNA 的 5’→3’方向滑動
圖1-3四種不同類型的IRES元件(Jeffrey, 2008)Fig.1-3 Four different IRES groups.1.3.2 滲漏掃描(Leaky scanning)策略滲漏掃描是一種翻譯同一條 mRNA 鏈上具有重疊區(qū)開放閱讀框(O立的兩個蛋白時發(fā)生的翻譯機制。在蛋白翻譯的起始階段,40S 核糖體亞的帽子結(jié)構(gòu)之后,會沿著 mRNA 從 5’端往 3’端方向掃描,直到遇到起始開始翻譯(Kozak, 2002)。但是在有些情況下,會有一定比例的核糖體在始密碼子時不發(fā)生翻譯的起始,而是繼續(xù)向 3’端方向滑動,直到遇到后面才開始進行翻譯(Kozak, 2002)(圖 1-4),這種翻譯的起始機制便是滲掃描的最終結(jié)果是表達兩個相互獨立的蛋白,這兩個蛋白可以是 C 末端重開放閱讀框中的不同起始位點),可以是兩個有重疊區(qū)的 ORF(不同的也可以是兩個沒有重疊區(qū)而是順序性的開放閱讀框(Andrew E. Firth a
【參考文獻】:
期刊論文
[1]煙草叢頂病毒ORF1蛋白的多克隆抗體制備及應用[J]. 王國魯,王德亞,于成明,原雪峰. 植物病理學報. 2016(01)
[2]ICTV第九次報告以來的植物病毒分類系統(tǒng)[J]. 洪健,周雪平. 植物病理學報. 2014(06)
[3]ICTV第九次報告對病毒分類系統(tǒng)的一些修改[J]. 張忠信. 病毒學報. 2012(05)
[4]煙草叢頂病毒(TBTV)ORF3和ORF4的原核表達、抗血清制備及應用[J]. 龍亞芹,王萬東,左瑞娟,李凡,尹朝先,陳海如. 農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學報. 2011(02)
[5]TBTV衛(wèi)星RNA不同分離物的序列測定及系統(tǒng)進化分析[J]. 尹朝先,包娜,冉志偉,陳海如,李凡. 云南農(nóng)業(yè)大學學報(自然科學版). 2010(06)
[6]我國植物病毒學的研究現(xiàn)狀及發(fā)展策略[J]. 李大偉. 植物保護. 2010(02)
[7]煙草叢頂病研究進展[J]. 李凡,吳建宇,陳海如. 植物病理學報. 2005(05)
[8]煙草叢頂病在中國的發(fā)現(xiàn)及研究進展[J]. 秦西云. 中國煙草科學. 2005(03)
[9]煙草叢頂病穴TBTV雪傳毒特性及寄主范圍研究[J]. 段玉琪,秦西云,莫笑晗,王曉云,譚仲夏. 中國煙草科學. 2003(04)
[10]云南煙草叢枝癥病害初步研究[J]. 李凡,周雪平,蔡紅,陳海如,李德葆. 植物病理學報. 2001(04)
本文編號:3355202
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