為了挖掘大麗輪枝菌β-1,4-內(nèi)切木聚糖酶基因,通過生物信息學手段對其進行基因組水平鑒定和系統(tǒng)進化及表達模式分析。結果表明:從大麗輪枝菌全基因組數(shù)據(jù)庫鑒定到11個β-1,4-內(nèi)切木聚糖酶基因,其中4個屬于糖苷水解酶10家族,5個屬于11家族,2個屬于43家族。11個基因隨機分布在5個染色體上,其中3號染色體上包含4個基因,形成1個基因簇;其他染色體上僅含有1～2個基因,未形成基因簇。轉錄組測序表明, VDAG₀3790、 VDAG₀3808、 VDAG₀3809、 VDAG₀5043和 VDAG₀6165這5個基因在棉花感病品種根系分泌物培養(yǎng)的大麗輪枝菌中的表達量明顯高于其在耐病品種根系分泌物和水培養(yǎng)的樣本中的表達量,表明這些基因對棉花感病品種的根系分泌物有明顯的響應,暗示它們可能與大麗輪枝菌的致病性相關。 

【文章來源】：西北農(nóng)業(yè)學報. 2020,29(05)北大核心CSCD

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大麗輪枝菌β-1,4-內(nèi)切木聚糖酶蛋白結構域多重序列比對

利用在線軟件GSDS對獲得的11個β-1, 4-內(nèi)切木聚糖基因的結構進行分析,結果如圖4所示: VDAG_06165基因外顯子和內(nèi)含子最多,含有7個外顯子和6個內(nèi)含子; VDAG_05042和 VDAG_08273基因外顯子和內(nèi)含子較少,分別含有2個外顯子和1個內(nèi)含子。其余8個基因中,4個基因( VDAG_03385、 VDAG_03809、 VDAG_04744和 VDAG_03808)含有4個外顯子和3個內(nèi)含子,4個基因( VDAG_05294、 VDAG_05043、 VDAG_05042和 VDAG_05509)含有3個外顯子和2個內(nèi)含子。圖4 大麗輪枝菌β-1,4-內(nèi)切木聚糖酶基因結構分析

表1 大麗輪枝菌β-1,4-內(nèi)切木聚糖酶基因的特征Table 1 Characterization of Endo-β-1,4-xylanase genes in V.dahliae 基因IDGene CDS序列長度/bpCDS sequence 氨基酸序列長度/aaAmino acid length 分子質量/kuMolecular mass 等電點Theoretical pI 基因在染色體位置Chromosome location 亞細胞定位預測Subcellular localization prediction VDAG_03385 1 314 437 47.64 10.00 Chr06:1280262-128190 細胞膜外蛋白 Extracellular proteins VDAG_03790 714 237 25.87 8.57 Chr03:765961-766853 膜蛋白、線粒體內(nèi)膜、細胞膜外蛋白 Membrane protein,mitochondrial inner membrane,extracellular proteins VDAG_03808 1 002 333 35.68 9.10 Chr03:814170-815484 細胞膜、細胞質、線粒體、細胞核 Cell membrane,cytoplasm, mitochondria, nucleus VDAG_03809 726 241 26.06 5.75 Chr03:817523-818478 細胞質、線粒體基質 Cytoplasm,mitochondrial matrix VDAG_04744 1 005 334 36.11 7.73 Chr03:607262-608433 細胞膜外蛋白 Extracellular proteins VDAG_05042 672 223 23.96 9.75 Chr04:250587-251334 細胞膜外蛋白 Extracellular proteins VDAG_05043 675 224 24.45 5.69 Chr04:252457-253262 細胞膜外蛋白 Extracellular proteins VDAG_05294 666 221 24.08 5.92 Chr02:9179-9957 細胞膜外蛋白 Extracellular proteins VDAG_05509 996 331 36.75 5.63 Chr02:702753-703870 細胞膜、細胞質、線粒體、細胞核 Cell membrane,cytoplasm, mitochondria, nucleus VDAG_06165 1 093 294 30.91 8.14 Chr08:681468-682905 細胞膜外蛋白 Extracellular proteins VDAG_08273 1 038 345 38.23 5.09 Chr06:683104-684194 細胞膜、細胞質、線粒體、細胞核 Cell membrane,cytoplasm, mitochondria, nucleus圖2 大麗輪枝菌β-1,4-內(nèi)切木聚糖酶蛋白結構域多重序列比對

【參考文獻】：
期刊論文
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本文編號：3334399