為探明甘蔗鞭黑粉菌不同致病力菌株在轉(zhuǎn)錄水平的差異,挖掘致病相關(guān)基因,采用Illumina測(cè)序技術(shù)對(duì)2個(gè)不同致病力菌株Ss16（強(qiáng)致病力）和Ss47（弱致病力）構(gòu)建cDNA文庫(kù),進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,通過質(zhì)控后對(duì)其進(jìn)行生物信息學(xué)分析。結(jié)果顯示:共獲得8.31G（Ss16）和9.88G（Ss47）的分析數(shù)據(jù)（clean reads）,Ss16和Ss47相比較共獲得顯著（P<0.05）差異表達(dá)基因649個(gè),其中上調(diào)基因299個(gè),下調(diào)基因350個(gè)。差異性表達(dá)基因的GO注釋及KEGG通路富集分析結(jié)果表明,KEGG通路多與物質(zhì)的蛋白合成、運(yùn)輸和代謝相關(guān),富集最顯著的前幾條通路分別為:淀粉和蔗糖代謝（starch and sucrose metabolism）、ABC轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白（ABC transporters）、芳香族化合物的降解（degradation of aromatic compounds）、代謝途徑（metabolic pathways）和嘌呤代謝（purine metabolism）。 

【文章來(lái)源】：華中農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào). 2020,39(03)北大核心CSCD

【文章頁(yè)數(shù)】：6 頁(yè)

【部分圖文】：

甘蔗鞭黑粉菌Ss16、Ss47菌株的RNA電泳檢測(cè)

使用DESeq對(duì)菌株Ss16和Ss47之間的差異表達(dá)基因（differentially expressed genes,DEGs）進(jìn)行分析，以Padj<0.05為標(biāo)準(zhǔn)篩選顯著性DEGs，共獲得649個(gè)顯著DEGs，以log2（差異倍數(shù)）為橫坐標(biāo)，-log10(P值）為縱坐標(biāo)，對(duì)顯著的DEGs繪制火山圖（圖2），結(jié)果顯示，在顯著的DEGs中，其中299個(gè)基因上調(diào)表達(dá)，350個(gè)基因下調(diào)表達(dá)。2.4 差異表達(dá)基因的GO功能富集分析

將甘蔗鞭黑粉菌Ss16和Ss47菌株差異基因進(jìn)行KEGG pathways富集分析，結(jié)果顯示：差異表達(dá)基因被富集到蔗糖與淀粉代謝（starch and sucrose metabolism）、ABC轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白（ABC transporters）、芳香化合物的降解（degradation of aromatic compounds）、蛋白質(zhì)在內(nèi)質(zhì)網(wǎng)的加工（protein processing in endoplasmic reticulum）、代謝途徑（metabolic pathways）、嘌呤代謝（purine metabolism）等差異基因富集顯著通路（圖4）。圖4 甘蔗鞭黑粉菌Ss16和Ss47菌株差異表達(dá)基因的KEGG富集分析

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]轉(zhuǎn)錄組的測(cè)序方法及應(yīng)用研究概述[J]. 姚娜,劉秀明,董園園,王南,孟璐璐,李海燕.  北方園藝. 2017(12)
[2]ABC轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白BcAtm1參與灰葡萄孢分生孢子萌發(fā)及對(duì)寄主植物的侵染[J]. 崔亞忠,陶嵐,孫晨浩,劉平,李桂華,秦慶明.  植物病理學(xué)報(bào). 2016(05)
[3]甘蔗黑穗病及其病原菌研究進(jìn)展[J]. 沈萬(wàn)寬,姜子德,鄧海華,劉睿.  熱帶作物學(xué)報(bào). 2013(10)
[4]甘蔗黑穗病的研究[J]. 熊國(guó)如,張樹珍.  農(nóng)業(yè)災(zāi)害研究. 2012(04)
[5]我國(guó)甘蔗病害的發(fā)生現(xiàn)狀與研究進(jìn)展[J]. 王伯輝.  中國(guó)糖料. 2007(03)

博士論文
[1]黑腐皮殼侵染蘋果的組織細(xì)胞學(xué)及轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究[D]. 柯希望.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2013

碩士論文
[1]兩個(gè)不同毒力小麥葉銹菌菌株的轉(zhuǎn)錄組分析[D]. 張河山.河北農(nóng)業(yè)大學(xué) 2014



本文編號(hào)：3215378