東北馬鹿（Cervus elaphus xanthopygus）是一種大型的林棲有蹄類動物,在北方森林生態(tài)系統(tǒng)中發(fā)揮重要的生態(tài)作用,被列為國家Ⅱ級重點保護野生動物。由于馬鹿腸道微生物參與宿主體內(nèi)的物質(zhì)循環(huán)、能量流動和信號傳導等過程,對神經(jīng)免疫系統(tǒng)調(diào)控有著重要影響。因此,開展腸道微生物菌群的組成及其多樣性分析,不僅可以揭示馬鹿腸道內(nèi)微生態(tài)狀況,評估野外種群健康狀況,而且有助于制定馬鹿種群保護及棲息地恢復對策。為此,作者于2018年12月—2019年3月在內(nèi)蒙古高格斯臺罕烏拉國家級自然保護區(qū)采集63份來自不同野生東北馬鹿個體的糞便,運用高通量測序技術(shù),分析其腸道微生物菌群的組成及其多樣性,獲得的主要研究結(jié)果如下:（1）通過高通量測序和聚類分析,獲得有效序列1701000條,OTU 2472個。對97%相似水平的OTU代表序列進行分類學分析,結(jié)果顯示,馬鹿冬季腸道微生物分屬22門34綱79目145科346屬。腸道微生物菌群組成分布特征在門水平上,主要由厚壁菌門（Firmicutes）和擬桿菌門（Bacteroidetes）構(gòu)成,二者約占馬鹿腸道菌門的96%;在科水平上,主要由瘤胃菌科（Rum... 

【文章來源】：東北林業(yè)大學黑龍江省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：87 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
1 緒論
    1.1 腸道微生物概述
    1.2 腸道微生物功能
    1.3 影響腸道微生物菌群多樣性的因素
        1.3.1 基因型
        1.3.2 食物
        1.3.3 年齡
        1.3.4 疾病
        1.3.5 棲息環(huán)境
        1.3.6 其他因素
    1.4 腸道微生物菌群研究技術(shù)
        1.4.1 分子生物學技術(shù)
        1.4.2 高通量測序技術(shù)
    1.5 有蹄類動物腸道微生物研究現(xiàn)狀
    1.6 本論文研究對象及研究內(nèi)容
        1.6.1 研究對象
        1.6.2 研究內(nèi)容及意義
2 研究地區(qū)自然概況
    2.1 地形地貌
    2.2 水文特征
    2.3 土壤類型
    2.4 氣候特征
    2.5 植被資源
    2.6 動物資源
    2.7 社會經(jīng)濟
3 材料與方法
    3.1 實驗材料
        3.1.1 樣本采集
        3.1.2 儀器設(shè)備
        3.1.3 主要試劑藥品
    3.2 實驗方法
        3.2.1 樣本DNA的提取
        3.2.2 DNA濃度與純度檢測
        3.2.3 16S rRNA基因PCR擴增
        3.2.4 PCR擴增產(chǎn)物純化、定量與測序
    3.3 馬鹿糞便微生物信息分析
        3.3.1 數(shù)據(jù)質(zhì)控
        3.3.2 OTU聚類分析
        3.3.3 統(tǒng)計分析
4 結(jié)果與分析
    4.1 糞便基因組DNA的提取
    4.2 PCR擴增
    4.3 高通量測序
    4.4 OTU分析和物種注釋
    4.5 腸道菌群構(gòu)成
        4.5.1 腸道菌群在門水平上的構(gòu)成
        4.5.2 腸道菌群在綱水平上的構(gòu)成
        4.5.3 腸道菌群在目水平上的構(gòu)成
        4.5.4 腸道菌群在科水平上的構(gòu)成
        4.5.5 腸道菌群在屬水平上的構(gòu)成
    4.6 Alpha多樣性指數(shù)分析
    4.7 冬季不同時期腸道菌群差異分析
    4.8 性別與腸道菌群關(guān)系分析
5 討論
    5.1 東北馬鹿冬季腸道微生物組成分析
    5.2 冬季不同時期腸道微生物的差異
    5.3 不同性別東北馬鹿腸道微生物的差異
結(jié)論
參考文獻
攻讀學位期間發(fā)表的學術(shù)論文
致謝


【參考文獻】：
期刊論文
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博士論文
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[3]揚子鱷β防御素基因家族的解析及其腸道微生物冬眠適應(yīng)性宏基因組學研究[D]. 唐刻意.浙江大學 2019
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碩士論文
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[4]圈養(yǎng)和自由生活獼猴腸道微生物多樣性研究[D]. 郭偉杰.鄭州大學 2018
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[8]基于16S rRNA基因的喜馬拉雅塔爾羊、巖羊和歐洲盤羊的腸道微生態(tài)研究[D]. 孫國雷.曲阜師范大學 2017
[9]基于宏基因組學的豬—腸道微生物互作靶點發(fā)掘及其微生物源追溯（MST）研究[D]. 樊麗華.浙江工商大學 2017
[10]牦牛和藏羚羊高海拔適應(yīng)機制的趨同進化研究[D]. 王則夫.蘭州大學 2016



本文編號：3189082