小麥條銹病、葉銹病和稈銹病是由條形柄銹菌（Puccinia20striiformis20f.sp.tritici）、隱匿柄銹菌（Puccinia20recondite20f.sp.tritici）和禾柄銹菌（Puccinia20graminis20f.sp.tritici）分別引起的真菌病害。在銹病病害流行時(shí)期,會(huì)造成小麥大幅度減產(chǎn),甚至絕收,嚴(yán)重威脅全球糧食生產(chǎn)安全。小麥銹菌的毒性變異是導(dǎo)致小麥品種抗銹性喪失,造成病害流行的主要原因。然而,小麥銹菌的致病性變異機(jī)制至今尚不明確,對(duì)銹菌致病性機(jī)理和品種抗銹性研究造成障礙。基因組信息的解析已經(jīng)是當(dāng)前研究銹菌生長(zhǎng)發(fā)育與致病機(jī)制的有效途徑。本實(shí)驗(yàn)室前期利用第三代（PacBio）結(jié)合第二代（Illumina）的策略,完成了我國(guó)小麥條銹菌CY32的基因組序列的組裝更新。本研究根據(jù)最新組裝結(jié)果結(jié)合已公布的葉銹菌和稈銹菌基因組信息,對(duì)小麥3種銹菌基因組的碳水化合物酶類和蛋白激酶兩個(gè)家族進(jìn)行系統(tǒng)注釋和比較分析。通過(guò)對(duì)條銹菌CY32基因組測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行生物信息過(guò)濾、組裝,獲得了條銹菌線粒體基因組的全序列框架圖。主要研究?jī)?nèi)容如下:（1）碳水化合物酶類家族注釋... 

【文章來(lái)源】：河南農(nóng)業(yè)大學(xué)河南省

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【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
致謝
摘要
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1.1 小麥條銹菌及條銹病概況
        1.1.1 小麥條銹病危害及分布
        1.1.2 小麥條銹菌研究
    1.2 條銹菌基因組和比較基因組研究
        1.2.1 真菌基因組與比較基因組
        1.2.2 條銹菌基因組與比較基因組
    1.3 病原真菌致病性相關(guān)的基因家族
        1.3.1 碳水化合物酶類基因家族
        1.3.2 蛋白激酶基因家族
    1.4 真菌線粒體基因組研究進(jìn)展
        1.4.1 真菌線粒體基因組結(jié)構(gòu)
        1.4.2 真菌線粒體基因組大小
        1.4.3 真菌線粒體基因組組裝策略
第二章 小麥銹菌碳水化合物酶類基因家族比較分析
    2.1 材料與方法
        2.1.1 材料
        2.1.2 CAZymes家族注釋與分析
        2.1.3 核心基因集與進(jìn)化分析
        2.1.4 PHI(Pathogen Host Interactions)數(shù)據(jù)庫(kù)注釋與分析
        2.1.5 分泌蛋白預(yù)測(cè)與分析
        2.1.6 CAFE分析
        2.1.7 亞家族進(jìn)化分析
        2.1.8 保守基序分析
    2.2 結(jié)果與分析
        2.2.1 小麥銹菌CAZymes家族注釋和比較分析
        2.2.2 CAZymes特異性分布分析
        2.2.3 CAZymes家族的分泌蛋白的預(yù)測(cè)和分析
        2.2.4 細(xì)胞壁酶促反應(yīng)相關(guān)的CAZymes
        2.2.5 CAZymes基因的PHI注釋和分析
        2.2.6 預(yù)測(cè)效應(yīng)蛋白分析
第三章 小麥銹菌蛋白激酶基因家族比較分析
    3.1 材料與方法
        3.1.1 材料
        3.1.2 蛋白激酶家族注釋
        3.1.3 泛基因集和單拷貝基因分析
        3.1.4 多序列比對(duì)與系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建
        3.1.5 蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)預(yù)測(cè)
    3.2 結(jié)果與分析
        3.2.1 小麥銹菌的蛋白激酶家族注釋和比較分析
        3.2.2 小麥銹菌蛋白激酶泛基因集、單拷貝基因集及系統(tǒng)進(jìn)化分析
        3.2.3 小麥銹菌蛋白激酶家族KEGG和 GO功能分析
        3.2.4 小麥銹菌MAPK蛋白激酶家族
第四章 小麥條銹菌線粒體基因組組裝分析
    4.1 材料與方法
        4.1.1 數(shù)據(jù)收集與Kmer分析
        4.1.2 基因組組裝和測(cè)序深度分析
        4.1.3 基因組多序列比對(duì)和進(jìn)化分析
        4.1.4 基因組基因注釋
    4.2 結(jié)果與分析
        4.2.1 測(cè)序數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)和Kmer分析
        4.2.2 基因組組裝結(jié)果和測(cè)序深度分析
        4.2.3 線粒體基因組比較分析
        4.2.4 條銹菌線粒體基因組注釋
第五章 結(jié)論與討論
    5.1 小麥銹菌碳水化合物酶類分析
    5.2 小麥銹菌蛋白激酶分析
    5.3 小麥條銹菌線粒體基因組分析
參考文獻(xiàn)
ABSTRACT


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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[2]線粒體基因組的高通量測(cè)序策略[J]. 楊婧,黃原.  生命科學(xué). 2016(01)
[3]小麥條銹菌致病性及其變異研究進(jìn)展[J]. 康振生,王曉杰,趙杰,湯春蕾,黃麗麗.  中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué). 2015(17)
[4]植物病原真菌寄生性與分泌蛋白組CAZymes的比較分析[J]. 陳相永,陳捷胤,肖紅利,桂月靖,李蕾,戴小楓.  植物病理學(xué)報(bào). 2014(02)
[5]中國(guó)小麥條銹病綜合治理理論與實(shí)踐[J]. 陳萬(wàn)權(quán),康振生,馬占鴻,徐世昌,金社林,姜玉英.  中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué). 2013(20)
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[7]線粒體基因組測(cè)序策略和方法[J]. 沙淼,林立亮,李雪娟,黃原.  應(yīng)用昆蟲學(xué)報(bào). 2013(01)
[8]我國(guó)植物真菌病害的研究現(xiàn)狀及發(fā)展策略[J]. 康振生.  植物保護(hù). 2010(03)
[9]絲狀真菌基因組學(xué)研究進(jìn)展[J]. 汪天虹,鐘耀華,王曉利.  科技導(dǎo)報(bào). 2007(11)



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