棗樹是新疆阿克蘇地區(qū)的重要經(jīng)濟林木果樹,近些年,在該地區(qū)棗園中發(fā)現(xiàn)大量棗樹表現(xiàn)類似病毒病的花葉和斑駁癥狀,為明確引起該病害的病原病毒種類,本研究采用小RNA（s RNA）和RNA深度測序技術與常規(guī)RT-PCR擴增技術相結(jié)合,從新疆阿克蘇地區(qū)收集的發(fā)病棗樹樣品中鑒定到一種Emaravirus屬病毒,即棗黃化斑駁相關病毒（jujube yellow mottle-associated virus,JYMa V）,分析了該病毒的分子特性,并建立了該病毒的RT-PCR檢測技術,研究結(jié)果對深入了解該病毒分子特性及棗病毒病防控具有指導意義。具體結(jié)果如下:1.采用s RNA測序及RT-PCR擴增產(chǎn)物測序獲得了來源于一株灰棗的病毒分離物JYMa V-HZ基因組序列,包含6條負義單鏈RNA,RNA1-6大小分別7060nt、2221 nt、1228nt、1493 nt、1241 nt和941 nt,每條RNA的互補鏈包含一個開放閱讀框（ORF）。與已報道的該病毒分離物JYMa V-SY編碼蛋白相似性為91.2-97.3%。RNA-seq測序從樣品AKS-6和AKS-15分別獲得了該病毒的RNA 1-5及... 

【文章來源】：華中農(nóng)業(yè)大學湖北省 211工程院校 教育部直屬院校

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【學位級別】：碩士

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EMARaV基因組結(jié)構(gòu)及編碼蛋白（SusannevonBargenetal.,2019）

侵染新疆阿克蘇棗樹的棗黃化斑駁相關病毒分子特性及RT-PCR檢測11ABCB圖2.1：用于sRNA和RNA測序棗葉片癥狀特點A.sRNA測序灰棗樣品（編號：HZ）癥狀圖；B.RNA-seq測序酸棗植株（編號：AKS-6）癥狀圖；C.RNA-seq測序駿棗植株（編號：AKS-15）癥狀圖Fig.2.1SymptomsonleavesofjujubesamplesusedforsRNA-andRNA-seqanalyzesA.Huizaoleaves(ID:HZ)usedforsRNAsequencing;B.Suanzaoleaves(ID:AKS-6)usedforRNA-seqsequencing;C.Junzaoleaves(ID:AKS-15)usedforRNA-seqsequencing2.2研究方法2.2.1小RNA測序以及RNA-seq測序及數(shù)據(jù)分析sRNA的cDNA文庫的生成和測序及RNA-seq測序都是由百邁客公司BiomarkerBiologyTechnologyLtd.Company（Beijing,China）進行。小RNA深度測序首先要獲得和純化宿主總RNA，并檢測RNA樣品的純度、濃度和完整性，檢測合格后分別在smallRNA（sRNA)5’和3’端連接RNA接頭，利用反轉(zhuǎn)錄酶合成相應sRNA的cDNA，PCR擴增，利用PAGE膠電泳篩選目標片段，切膠回收得到的片段即為將sRNA文庫。文庫構(gòu)建完成后對文庫的濃度進CAB

侵染新疆阿克蘇棗樹的棗黃化斑駁相關病毒分子特性及RT-PCR檢測19Bbpbp接序列所匹配到RLBV的RNA1鏈位點（圖2.2A），設計了6對特異引物（表2.1），用于對JYMaV-HZ基因組RNA1鏈分片段擴增（圖2.2B）。用SeqMan軟件將擴增到的片段拼接成完整的RNA1鏈，RNA大小為7160bp。圖2.2sRNA測序從樣品HZ中獲得的contig在JYMaV基因組RNA1上的分布和所設引物對應位點（A）及RT-PCR擴增產(chǎn)物電泳圖（B）Fig.2.2ThedistributionofcontigobtainedfromsRNAsequencingsampleHZonJYMaVgenomicRNA1andthecorrespondingsitesofprimers(A)andagarosegelelectrophoresisoftheRT-PCRofthefragmentinRNA1(B)bpbpbpAbp

【參考文獻】：
期刊論文
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本文編號：3125732