棗樹(shù)是新疆阿克蘇地區(qū)的重要經(jīng)濟(jì)林木果樹(shù),近些年,在該地區(qū)棗園中發(fā)現(xiàn)大量棗樹(shù)表現(xiàn)類似病毒病的花葉和斑駁癥狀,為明確引起該病害的病原病毒種類,本研究采用小RNA（s RNA）和RNA深度測(cè)序技術(shù)與常規(guī)RT-PCR擴(kuò)增技術(shù)相結(jié)合,從新疆阿克蘇地區(qū)收集的發(fā)病棗樹(shù)樣品中鑒定到一種Emaravirus屬病毒,即棗黃化斑駁相關(guān)病毒（jujube yellow mottle-associated virus,JYMa V）,分析了該病毒的分子特性,并建立了該病毒的RT-PCR檢測(cè)技術(shù),研究結(jié)果對(duì)深入了解該病毒分子特性及棗病毒病防控具有指導(dǎo)意義。具體結(jié)果如下:1.采用s RNA測(cè)序及RT-PCR擴(kuò)增產(chǎn)物測(cè)序獲得了來(lái)源于一株灰棗的病毒分離物JYMa V-HZ基因組序列,包含6條負(fù)義單鏈RNA,RNA1-6大小分別7060nt、2221 nt、1228nt、1493 nt、1241 nt和941 nt,每條RNA的互補(bǔ)鏈包含一個(gè)開(kāi)放閱讀框（ORF）。與已報(bào)道的該病毒分離物JYMa V-SY編碼蛋白相似性為91.2-97.3%。RNA-seq測(cè)序從樣品AKS-6和AKS-15分別獲得了該病毒的RNA 1-5及... 

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EMARaV基因組結(jié)構(gòu)及編碼蛋白（SusannevonBargenetal.,2019）

侵染新疆阿克蘇棗樹(shù)的棗黃化斑駁相關(guān)病毒分子特性及RT-PCR檢測(cè)11ABCB圖2.1：用于sRNA和RNA測(cè)序棗葉片癥狀特點(diǎn)A.sRNA測(cè)序灰棗樣品（編號(hào)：HZ）癥狀圖；B.RNA-seq測(cè)序酸棗植株（編號(hào)：AKS-6）癥狀圖；C.RNA-seq測(cè)序駿棗植株（編號(hào)：AKS-15）癥狀圖Fig.2.1SymptomsonleavesofjujubesamplesusedforsRNA-andRNA-seqanalyzesA.Huizaoleaves(ID:HZ)usedforsRNAsequencing;B.Suanzaoleaves(ID:AKS-6)usedforRNA-seqsequencing;C.Junzaoleaves(ID:AKS-15)usedforRNA-seqsequencing2.2研究方法2.2.1小RNA測(cè)序以及RNA-seq測(cè)序及數(shù)據(jù)分析sRNA的cDNA文庫(kù)的生成和測(cè)序及RNA-seq測(cè)序都是由百邁客公司BiomarkerBiologyTechnologyLtd.Company（Beijing,China）進(jìn)行。小RNA深度測(cè)序首先要獲得和純化宿主總RNA，并檢測(cè)RNA樣品的純度、濃度和完整性，檢測(cè)合格后分別在smallRNA（sRNA)5’和3’端連接RNA接頭，利用反轉(zhuǎn)錄酶合成相應(yīng)sRNA的cDNA，PCR擴(kuò)增，利用PAGE膠電泳篩選目標(biāo)片段，切膠回收得到的片段即為將sRNA文庫(kù)。文庫(kù)構(gòu)建完成后對(duì)文庫(kù)的濃度進(jìn)CAB

侵染新疆阿克蘇棗樹(shù)的棗黃化斑駁相關(guān)病毒分子特性及RT-PCR檢測(cè)19Bbpbp接序列所匹配到RLBV的RNA1鏈位點(diǎn)（圖2.2A），設(shè)計(jì)了6對(duì)特異引物（表2.1），用于對(duì)JYMaV-HZ基因組RNA1鏈分片段擴(kuò)增（圖2.2B）。用SeqMan軟件將擴(kuò)增到的片段拼接成完整的RNA1鏈，RNA大小為7160bp。圖2.2sRNA測(cè)序從樣品HZ中獲得的contig在JYMaV基因組RNA1上的分布和所設(shè)引物對(duì)應(yīng)位點(diǎn)（A）及RT-PCR擴(kuò)增產(chǎn)物電泳圖（B）Fig.2.2ThedistributionofcontigobtainedfromsRNAsequencingsampleHZonJYMaVgenomicRNA1andthecorrespondingsitesofprimers(A)andagarosegelelectrophoresisoftheRT-PCRofthefragmentinRNA1(B)bpbpbpAbp

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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