崇明擬異小桿線蟲(chóng)二種單菌線蟲(chóng)差異表達(dá)新microRNAs靶基因的鑒定
發(fā)布時(shí)間:2021-04-06 21:40
昆蟲(chóng)病原線蟲(chóng)(Entomopathogenicnematodes,EPN)指以昆蟲(chóng)為寄主的致病性線蟲(chóng),其致病性源自于其腸道內(nèi)所攜帶的共生菌,二者呈互惠共生關(guān)系。目前已發(fā)現(xiàn)的昆蟲(chóng)病原線蟲(chóng)有3大類(lèi),分別是小桿科(Rhabditidae)擬異小桿屬(Heterorhabditidoides)、異小桿科(Heterorhabditidae)和斯氏線蟲(chóng)科(Steinernematidae)。本研究試材崇明擬異小桿(Heterorhabditidoides chongmingensis)線蟲(chóng)為本實(shí)驗(yàn)室在上海崇明島分離到的EPN新種,其與嗜線蟲(chóng)沙雷氏菌(Serratia nematodiphila)共生。前期研究運(yùn)用Solexa高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)崇明擬異小桿線蟲(chóng)的模式品系DZ0503CMFT(DZ)與其自身共生菌DZ0503SBS1T(S1)和非自身共生菌DR186(186)構(gòu)建形成的單菌線蟲(chóng)組合DZ-S1和DZ-186的小RNA文庫(kù)進(jìn)行測(cè)序,兩文庫(kù)中新型miRNA的表達(dá)量具有顯著差異。本研究選取顯著上調(diào)的n-miR-10和n-miR-9進(jìn)行研究,獲得以下主要研究結(jié)果:擴(kuò)增差異表達(dá)的n-miR-9和n...
【文章來(lái)源】:南京農(nóng)業(yè)大學(xué)江蘇省 211工程院校 教育部直屬院校
【文章頁(yè)數(shù)】:100 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
圖1-1昆蟲(chóng)病原線蟲(chóng)生活史??Fig?1-1.?The?Life?Cycle?of?Entomopathogenic?Nematodes?(Dihong?Lu,?et?al,?2016)??
運(yùn)蛋白exportin-5的作用下,從細(xì)胞核中運(yùn)輸?shù)郊?xì)胞質(zhì),被另一個(gè)??RNase?III酶Dicer?qū)⑶绑w加工成2卜24個(gè)核苷酸的雙鏈miRNA。然后將注定成為成熟??序列的那條鏈與Argonaute蛋白相結(jié)合,并與其他蛋白質(zhì)一起形成miRNA誘導(dǎo)沉默??復(fù)合物(RNA-induced?silencing?complex,?RISC)。RISC?上的?miRNA?使用不完美的堿??基互補(bǔ)配對(duì)與特異性的mRNA相結(jié)合,引發(fā)rnRNA不穩(wěn)定或翻譯抑制來(lái)調(diào)控mRNA??在生物體中的表達(dá)。(圖1-2)??|?\?inhibition?of?translation?mRNA?degradation??pri-miRNA?\?7??m7G—^?I?m7GZ^、?’?AAA??l???mature?miRNA??I?,??—??am〇T??pre-miRNA?Tmf>n?’?BB??star/?passenger??J?strand?miRNA??nucleus?/?cytoplasm??圖1-2?miRNA生物合成過(guò)程??Fig?1-2.?The?Process?of?miRNA?Biogenesis?(Finnegan?E?F,?Pasquinelli?AE.?2013)??大多數(shù)核轉(zhuǎn)運(yùn)受體都是使用輔因子Ran-GTP將RNA導(dǎo)出細(xì)胞核,一旦細(xì)胞質(zhì)中??的GTP水解成GDP就可以釋放RNA至細(xì)胞質(zhì)[115]。exportm-5在體內(nèi)和體外均依賴(lài)??Ran-GTP的方式,以高親和力結(jié)合pre-miRNA。exportin-5的喪失則會(huì)導(dǎo)致細(xì)胞質(zhì)中??pre-miRNA的減少,因此體內(nèi)miRNA水平也會(huì)隨
?第二章miRNA過(guò)表達(dá)載體的構(gòu)建以及定量檢測(cè)???2結(jié)果與分析??2.1?n-miR-9與n-miR-10前體的擴(kuò)增??2.1.1?DZ線蟲(chóng)總RNA白勺提取??提取的DZ線蟲(chóng)總RNA,。?pi走1%瓊脂糖凝膠電泳,結(jié)果如圖2-1。在凝膠??電泳圖上可以看到有4條明顯的條帶,其中最上面的條帶為基因組DNA,可在反轉(zhuǎn)??錄前加入DNA酶處理。其余的3條帶從點(diǎn)樣孔從上往下依次是28S,?18S和5S,其??中28S和18S的條帶非常清晰,而5S的帶比較弱,且28S的條帶的亮度是18S條帶??亮度的2倍左右,說(shuō)明提取到的RNA完整性保持的比較好,沒(méi)有被降解,1號(hào)樣和2??號(hào)樣用于反轉(zhuǎn)錄使用。??2?1?M??mi??LXm??ml??圖2-1?DZ線蟲(chóng)總RNA的凝膠電泳??Fig.?2-1?Gel?electrophoresis?of?RNA?extracted?from?DZ??2.1.2?DZ線蟲(chóng)總RNA白勺檢測(cè)??表2-7?DZ線蟲(chóng)總RNA檢測(cè)結(jié)果??Table?2-7?The?detection?results?of?total?RNA??RNA?濃度(ng/(il)?AjWAaci?__________??1?號(hào)樣?3072.0?2.04??2?號(hào)樣?4184.4?2.10??23??
【參考文獻(xiàn)】:
碩士論文
[1]基于高通量測(cè)序的崇明擬異小桿線蟲(chóng)與共生菌共生相關(guān)microRNAs的鑒定及作用機(jī)制[D]. 李朋朋.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2015
[2]擬異小桿類(lèi)昆蟲(chóng)病原線蟲(chóng)與其共生菌共生專(zhuān)化性、穩(wěn)定性及其致病性研究[D]. 王瑩.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2013
本文編號(hào):3122198
【文章來(lái)源】:南京農(nóng)業(yè)大學(xué)江蘇省 211工程院校 教育部直屬院校
【文章頁(yè)數(shù)】:100 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
圖1-1昆蟲(chóng)病原線蟲(chóng)生活史??Fig?1-1.?The?Life?Cycle?of?Entomopathogenic?Nematodes?(Dihong?Lu,?et?al,?2016)??
運(yùn)蛋白exportin-5的作用下,從細(xì)胞核中運(yùn)輸?shù)郊?xì)胞質(zhì),被另一個(gè)??RNase?III酶Dicer?qū)⑶绑w加工成2卜24個(gè)核苷酸的雙鏈miRNA。然后將注定成為成熟??序列的那條鏈與Argonaute蛋白相結(jié)合,并與其他蛋白質(zhì)一起形成miRNA誘導(dǎo)沉默??復(fù)合物(RNA-induced?silencing?complex,?RISC)。RISC?上的?miRNA?使用不完美的堿??基互補(bǔ)配對(duì)與特異性的mRNA相結(jié)合,引發(fā)rnRNA不穩(wěn)定或翻譯抑制來(lái)調(diào)控mRNA??在生物體中的表達(dá)。(圖1-2)??|?\?inhibition?of?translation?mRNA?degradation??pri-miRNA?\?7??m7G—^?I?m7GZ^、?’?AAA??l???mature?miRNA??I?,??—??am〇T??pre-miRNA?Tmf>n?’?BB??star/?passenger??J?strand?miRNA??nucleus?/?cytoplasm??圖1-2?miRNA生物合成過(guò)程??Fig?1-2.?The?Process?of?miRNA?Biogenesis?(Finnegan?E?F,?Pasquinelli?AE.?2013)??大多數(shù)核轉(zhuǎn)運(yùn)受體都是使用輔因子Ran-GTP將RNA導(dǎo)出細(xì)胞核,一旦細(xì)胞質(zhì)中??的GTP水解成GDP就可以釋放RNA至細(xì)胞質(zhì)[115]。exportm-5在體內(nèi)和體外均依賴(lài)??Ran-GTP的方式,以高親和力結(jié)合pre-miRNA。exportin-5的喪失則會(huì)導(dǎo)致細(xì)胞質(zhì)中??pre-miRNA的減少,因此體內(nèi)miRNA水平也會(huì)隨
?第二章miRNA過(guò)表達(dá)載體的構(gòu)建以及定量檢測(cè)???2結(jié)果與分析??2.1?n-miR-9與n-miR-10前體的擴(kuò)增??2.1.1?DZ線蟲(chóng)總RNA白勺提取??提取的DZ線蟲(chóng)總RNA,。?pi走1%瓊脂糖凝膠電泳,結(jié)果如圖2-1。在凝膠??電泳圖上可以看到有4條明顯的條帶,其中最上面的條帶為基因組DNA,可在反轉(zhuǎn)??錄前加入DNA酶處理。其余的3條帶從點(diǎn)樣孔從上往下依次是28S,?18S和5S,其??中28S和18S的條帶非常清晰,而5S的帶比較弱,且28S的條帶的亮度是18S條帶??亮度的2倍左右,說(shuō)明提取到的RNA完整性保持的比較好,沒(méi)有被降解,1號(hào)樣和2??號(hào)樣用于反轉(zhuǎn)錄使用。??2?1?M??mi??LXm??ml??圖2-1?DZ線蟲(chóng)總RNA的凝膠電泳??Fig.?2-1?Gel?electrophoresis?of?RNA?extracted?from?DZ??2.1.2?DZ線蟲(chóng)總RNA白勺檢測(cè)??表2-7?DZ線蟲(chóng)總RNA檢測(cè)結(jié)果??Table?2-7?The?detection?results?of?total?RNA??RNA?濃度(ng/(il)?AjWAaci?__________??1?號(hào)樣?3072.0?2.04??2?號(hào)樣?4184.4?2.10??23??
【參考文獻(xiàn)】:
碩士論文
[1]基于高通量測(cè)序的崇明擬異小桿線蟲(chóng)與共生菌共生相關(guān)microRNAs的鑒定及作用機(jī)制[D]. 李朋朋.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2015
[2]擬異小桿類(lèi)昆蟲(chóng)病原線蟲(chóng)與其共生菌共生專(zhuān)化性、穩(wěn)定性及其致病性研究[D]. 王瑩.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2013
本文編號(hào):3122198
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