為了探討銅和汞對小鼠盲腸、直腸微生物共生體系的影響,進(jìn)一步分析它們菌群之間的差異性,本實(shí)驗(yàn)以48只昆云小白鼠為研究對象,隨機(jī)分成4組:正常組（CK組）、銅組（Cu組）,汞組（Hg組）和銅汞組（CH組）,每組12只。CK組飼喂純凈水,Cu組飼喂含量為500mg/L Cu Cl2,Hg組為含量140mg/L Hg Cl2,CH組為含量500mg/L Cu Cl2和140 mg/L Hg Cl2。小鼠于實(shí)驗(yàn)90天后,全部剖殺取盲腸、直腸內(nèi)容物并提取DNA、經(jīng)過PCR擴(kuò)增的16S r RNA V4區(qū)域,基于Illumina Mi Seq測序平臺(tái),利用雙末端測序的方法,得到原始數(shù)據(jù),再通過對原始數(shù)據(jù)拼接過濾得到有效數(shù)據(jù),然后基于OTU聚類,并進(jìn)行物種注釋及豐度分析,揭示小鼠盲腸、直腸中微生物物種構(gòu)成;進(jìn)一步進(jìn)行Alpha多樣性分析、Beta多樣性分析挖掘樣品之間的差異。結(jié)果如下:1、全部樣品的細(xì)菌序列總數(shù)為1788171,直腸段共獲得2861個(gè)OTU,盲腸段共獲得2913個(gè)OTU,根據(jù)序列注釋結(jié)果顯示其類群高達(dá)11個(gè)門,100個(gè)屬。2、在盲腸部分,門分類水平上,與正常組的菌群進(jìn)行對比,銅組變形菌... 

【文章來源】：江西農(nóng)業(yè)大學(xué)江西省

【文章頁數(shù)】：56 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

技術(shù)路線圖

圖 2 樣品總 DNA 提取結(jié)果瓊脂糖凝膠電泳圖注：M：DNAMarker（DL15000），1-48：腸道內(nèi)容物 DNA 樣品Fig 2 total DNA extraction results revealed by agarose gel electrophoresisNote：M：DNA Marker（DL15000），1-48：DNA samples of intestinal contents2.1.2 測定區(qū)域 PCR 擴(kuò)增以提取的腸道微生物總 DNA 作為 PCR 反應(yīng)模板，利用細(xì)菌 16S rRNA 基因引物 563F/802R 進(jìn)行 PCR 擴(kuò)增，如圖 3 均見明顯的 DNA 條帶，得到的目的 DNA 片段大小為 1500bp 左右，符合高通量測序的質(zhì)量要求。

圖 3 PCR 擴(kuò)增結(jié)果瓊脂糖凝膠電泳圖注：M：DNAMarker（DL15000），1-45：腸道內(nèi)容物 DNA 樣品Fig 3 total PCR results revealed by agarose gel electrophoresisNote：M：DNA Marker（DL15000），1-45：DNA samples of intestinal contents2.1.3 16S 測序數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)45 個(gè)樣品的細(xì)菌序列總數(shù)為 1788171，高質(zhì)量序列總數(shù) 1455413，占序列總數(shù)的 81.30%。利用 R 軟件對樣品的高質(zhì)量序列進(jìn)行長度統(tǒng)計(jì)。結(jié)果顯示：高質(zhì)量序列長度絕大多數(shù)集中在 223-227bp 之間，其中長度在 224bp 和 225bp 的序列數(shù)占到了高質(zhì)量序列數(shù)的 98.13%，見圖 4。依據(jù) 16S rRNA 基因 V4 區(qū)域長度以及本實(shí)驗(yàn)所用引物設(shè)計(jì)長度，高質(zhì)量片段大小符合預(yù)期。詳細(xì)數(shù)據(jù)見表 4。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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碩士論文
[1]病毒感染和高溫處理對家蠶腸道菌群結(jié)構(gòu)的影響[D]. 孫振麗.蘇州大學(xué) 2016
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本文編號：3050300