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小麥孢囊線蟲與寄主親和互作轉(zhuǎn)錄組分析及效應(yīng)因子基因Ha-63744功能初步分析

發(fā)布時間:2020-11-07 14:36
   小麥孢囊線蟲(CCN)對全球小麥生產(chǎn)造成了嚴重威脅。對小麥與CCN親和互作的研究可以提高我們對CCN調(diào)控宿主發(fā)育,免疫及代謝途徑的理解,并進一步有針對性地開發(fā)新的控制策略。在本研究中,我們對小麥感病品種溫麥19(Triticum aestivum L.cv.Wen19)進行了轉(zhuǎn)錄組分析。對接種CCN后第1,3和8天(dpi)的Wen19根組織樣品進行了RNA-Seq測序分析。共鑒定了71569個基因,其中10929個基因為響應(yīng)CCN侵染的差異表達基因(DEGs)。基于功能注釋和GO分析發(fā)現(xiàn),蛋白質(zhì)磷酸化,氧化還原過程,代謝過程,轉(zhuǎn)運,轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié),抗性響應(yīng)以及許多其他先前報道的途徑在轉(zhuǎn)錄水平上富集。植物細胞壁水解和修飾蛋白,生長素生物合成,信號傳導(dǎo)和轉(zhuǎn)運蛋白在線蟲侵染后上調(diào),可能與小麥孢囊線蟲侵入,在根內(nèi)遷移及合胞體的建立相關(guān)。響應(yīng)傷害和茉莉酸刺激相關(guān)基因在1dpi上調(diào)表達基因中富集,但在3dpi和8dpi中沒有富集。我們發(fā)現(xiàn)16個NBS-LRR差異表達基因,其中12個在3dpi下調(diào),表明進一步的抗性反應(yīng)被抑制。在CCN侵染期間,抗氧化酶,谷胱甘肽S-轉(zhuǎn)移酶和UDP-葡糖基轉(zhuǎn)移酶的基因表達水平顯著上調(diào),可能是小麥Wen19與CCN親和互作的關(guān)鍵調(diào)節(jié)因子?傊,通過轉(zhuǎn)錄組方法獲得的結(jié)果表明,氧化還原過程,抗性誘導(dǎo)和抑制,代謝,轉(zhuǎn)運相關(guān)基因可能參與Wen19與CCN的互作,為小麥與CCN互作潛在的機制研究提供了新的見解。同時線蟲效應(yīng)因子的研究對線蟲防控具有重要意義。本研究同時以小麥孢囊線蟲效應(yīng)因子Ha-63744為研究對象,明確了其由線蟲食道腺細胞分泌,在宿主中定位于細胞核,在CCN 6個齡期均表達,但在發(fā)育后期表達量高。利用體外RNAi及VIGS沉默靶基因,能夠顯著降低其侵染率和雌蟲數(shù)量,擬通過超表達研究其對宿主根發(fā)育及線蟲致病性的影響,從而驗證Ha-63744基因功能,揭示該效應(yīng)因子在線蟲侵染、發(fā)育、致病及與宿主互作過程中的功能,為控制其爆發(fā)和促進我國小麥的穩(wěn)定健康生產(chǎn)提供新思路。
【學(xué)位單位】:中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院
【學(xué)位級別】:博士后
【學(xué)位年份】:2019
【中圖分類】:S435.121.49
【部分圖文】:

基因數(shù)量,維恩圖,時間點,基因


unctional?annotation?of?the?differentially?expressed?genes?(DEGs)?of?Wen?19?in?res.??No.?of?No.?of?DEGs?No.?of?DEGs?in?No.?of?DEGs?in?No.?of??DEGs?in?NR?Swiss-Prot?KEGG?in?C3649?2982?2377?H36?1506029?5228?4103?3747?2551251?1037?790?697?4710929?9247?(81.72%)?7270?(79.55%)?5580?(51.06%)?543(49.75圖結(jié)果表明,在7925個上調(diào)基因中,共有240個基因在3個時間點內(nèi)連續(xù)上調(diào),兩個時間點上調(diào)表達,包括1241個基因在1和3?dpi時間點上調(diào)表達,265個時間點都上調(diào)表達,以及538個基因在3到8?dpi時間點上調(diào)表達。僅在1,?達的基因數(shù)量分別為1247,?2928和382個(圖la)。只有3個基因在〗dpi,間點都顯著下調(diào)(圖la)。共有242個基因在任何兩個時間點下調(diào)表達,包1和3?dpi時間點下調(diào)表達,6個基因在1和8?dpi時間點下調(diào)表達,以及40dpi時間點下調(diào)表達。僅在ldpi,3dpi和8dpi的獨特下調(diào)的基因數(shù)量分別為931(圖lb)。??

小麥,差異表達基因,線蟲,侵染


在CCN侵入根部ldpi時,發(fā)現(xiàn)2178個DEGs(FDR<0.001),其中1247個上調(diào),931??個下調(diào)。上調(diào)表達基因富集分析表明,101個基因參與蛋白質(zhì)磷酸化,75個基因涉及代謝過??程,40個基因參與轉(zhuǎn)運和跨膜轉(zhuǎn)運,并且32個基因參與轉(zhuǎn)錄調(diào)控(圖2a)。植物細胞壁修飾??可以促進線蟲的入侵和移動。我們發(fā)現(xiàn)12個與植物型細胞壁相關(guān)基因由CCN誘導(dǎo)表達(圖??2a)。氧化還原過程中的基因,對傷害的反應(yīng)和對茉莉酸刺激的反應(yīng)基因在上調(diào)基因中極大地??富集,這表明在線蟲侵入的早期誘導(dǎo)了宿主抗性(圖2a)。而轉(zhuǎn)錄,轉(zhuǎn)錄調(diào)控,RNA甲基化,??氧化應(yīng)激反應(yīng),蛋白水解,囊泡介導(dǎo)的轉(zhuǎn)運,脂質(zhì)代謝過程基因在下調(diào)表達基因中富集(圖??2d)。??在CCN侵入根部3?dpi時,發(fā)現(xiàn)4251個DEGs?(FDR?<0.001),其中2928上調(diào),1323??下調(diào)。GO富集分析顯示,參與蛋白質(zhì)磷酸化,氧化還原過程,轉(zhuǎn)錄調(diào)控,代謝過程,跨膜轉(zhuǎn)??運的基因在3dpi上調(diào)和下調(diào)基因中都富集(圖2b,d),但囊泡介導(dǎo)的轉(zhuǎn)運,信號轉(zhuǎn)導(dǎo)在下??調(diào)表達基因中富集(圖2d)。??在8?dpi時,GO富集顯示參與蛋白質(zhì)磷酸化,應(yīng)激反應(yīng),氧化還原過程,防御反應(yīng)和代??謝過程

序列,基因,孢囊線蟲,效應(yīng)因子


第三章小麥孢囊線蟲效應(yīng)因子基因Ha-63744功能初步分析???3.1.8擬南芥超表達基因,分析其對植物根發(fā)育及線蟲侵染的影響??采用Gateway法將幻7;虻模茫模有蛄兄亟M到帶有eGFP和潮霉素抗性標記的雙元??載體PH7WG2D中(Okamotoetal.,2009)。凍融法導(dǎo)入到農(nóng)桿菌GV3101中,通過花浸法轉(zhuǎn)化??擬南芥,篩選純合子(Bernhardt?etal.,?2012;?Clough?and?Bent,?1998)。觀察超表達基??因?qū)χ参锔蛋l(fā)育的影響,同時接種小麥孢囊線蟲300頭,觀察對線蟲侵染及致病的影響。??3.2結(jié)果??3.2.1小麥孢囊線蟲候選效應(yīng)因子基因幻7#克隆與序列分析??在前期轉(zhuǎn)錄組研究數(shù)據(jù)中獲得基因序列,通過PCR技術(shù)獲得ORF全長(圖4)。??采用SigalP3.0和THAMM軟件預(yù)測其具有信號肽但不含有跨膜結(jié)構(gòu)域的序列(圖5)。??
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10 向桂林;小麥孢囊線蟲的田間發(fā)生規(guī)律、危害及病害綜合防治研究[D];南京農(nóng)業(yè)大學(xué);2013年



本文編號:2874080

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