小麥孢囊線蟲與寄主親和互作轉(zhuǎn)錄組分析及效應(yīng)因子基因Ha-63744功能初步分析
【學(xué)位單位】:中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院
【學(xué)位級別】:博士后
【學(xué)位年份】:2019
【中圖分類】:S435.121.49
【部分圖文】:
unctional?annotation?of?the?differentially?expressed?genes?(DEGs)?of?Wen?19?in?res.??No.?of?No.?of?DEGs?No.?of?DEGs?in?No.?of?DEGs?in?No.?of??DEGs?in?NR?Swiss-Prot?KEGG?in?C3649?2982?2377?H36?1506029?5228?4103?3747?2551251?1037?790?697?4710929?9247?(81.72%)?7270?(79.55%)?5580?(51.06%)?543(49.75圖結(jié)果表明,在7925個上調(diào)基因中,共有240個基因在3個時間點內(nèi)連續(xù)上調(diào),兩個時間點上調(diào)表達,包括1241個基因在1和3?dpi時間點上調(diào)表達,265個時間點都上調(diào)表達,以及538個基因在3到8?dpi時間點上調(diào)表達。僅在1,?達的基因數(shù)量分別為1247,?2928和382個(圖la)。只有3個基因在〗dpi,間點都顯著下調(diào)(圖la)。共有242個基因在任何兩個時間點下調(diào)表達,包1和3?dpi時間點下調(diào)表達,6個基因在1和8?dpi時間點下調(diào)表達,以及40dpi時間點下調(diào)表達。僅在ldpi,3dpi和8dpi的獨特下調(diào)的基因數(shù)量分別為931(圖lb)。??
在CCN侵入根部ldpi時,發(fā)現(xiàn)2178個DEGs(FDR<0.001),其中1247個上調(diào),931??個下調(diào)。上調(diào)表達基因富集分析表明,101個基因參與蛋白質(zhì)磷酸化,75個基因涉及代謝過??程,40個基因參與轉(zhuǎn)運和跨膜轉(zhuǎn)運,并且32個基因參與轉(zhuǎn)錄調(diào)控(圖2a)。植物細胞壁修飾??可以促進線蟲的入侵和移動。我們發(fā)現(xiàn)12個與植物型細胞壁相關(guān)基因由CCN誘導(dǎo)表達(圖??2a)。氧化還原過程中的基因,對傷害的反應(yīng)和對茉莉酸刺激的反應(yīng)基因在上調(diào)基因中極大地??富集,這表明在線蟲侵入的早期誘導(dǎo)了宿主抗性(圖2a)。而轉(zhuǎn)錄,轉(zhuǎn)錄調(diào)控,RNA甲基化,??氧化應(yīng)激反應(yīng),蛋白水解,囊泡介導(dǎo)的轉(zhuǎn)運,脂質(zhì)代謝過程基因在下調(diào)表達基因中富集(圖??2d)。??在CCN侵入根部3?dpi時,發(fā)現(xiàn)4251個DEGs?(FDR?<0.001),其中2928上調(diào),1323??下調(diào)。GO富集分析顯示,參與蛋白質(zhì)磷酸化,氧化還原過程,轉(zhuǎn)錄調(diào)控,代謝過程,跨膜轉(zhuǎn)??運的基因在3dpi上調(diào)和下調(diào)基因中都富集(圖2b,d),但囊泡介導(dǎo)的轉(zhuǎn)運,信號轉(zhuǎn)導(dǎo)在下??調(diào)表達基因中富集(圖2d)。??在8?dpi時,GO富集顯示參與蛋白質(zhì)磷酸化,應(yīng)激反應(yīng),氧化還原過程,防御反應(yīng)和代??謝過程
第三章小麥孢囊線蟲效應(yīng)因子基因Ha-63744功能初步分析???3.1.8擬南芥超表達基因,分析其對植物根發(fā)育及線蟲侵染的影響??采用Gateway法將幻7;虻模茫模有蛄兄亟M到帶有eGFP和潮霉素抗性標記的雙元??載體PH7WG2D中(Okamotoetal.,2009)。凍融法導(dǎo)入到農(nóng)桿菌GV3101中,通過花浸法轉(zhuǎn)化??擬南芥,篩選純合子(Bernhardt?etal.,?2012;?Clough?and?Bent,?1998)。觀察超表達基??因?qū)χ参锔蛋l(fā)育的影響,同時接種小麥孢囊線蟲300頭,觀察對線蟲侵染及致病的影響。??3.2結(jié)果??3.2.1小麥孢囊線蟲候選效應(yīng)因子基因幻7#克隆與序列分析??在前期轉(zhuǎn)錄組研究數(shù)據(jù)中獲得基因序列,通過PCR技術(shù)獲得ORF全長(圖4)。??采用SigalP3.0和THAMM軟件預(yù)測其具有信號肽但不含有跨膜結(jié)構(gòu)域的序列(圖5)。??
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本文編號:2874080
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