本文關(guān)鍵詞：利用染色體基因組上多拷貝16S rRNA基因鑒定耶爾森菌屬細(xì)菌的研究

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【摘要】：目的API20E生化鑒定系統(tǒng)是腸桿菌科細(xì)菌鑒定的金標(biāo)準(zhǔn),但在耶爾森菌鑒定中,API20E生化鑒定試劑條所能鑒定的耶爾森菌種類有限,除鑒定的結(jié)果不穩(wěn)定外,不同種耶爾森菌還會(huì)出現(xiàn)相同的代謝譜,如弗氏耶爾森菌和中間型耶爾森菌具有相同的API20E生化編碼,因此還需要多種分子生物學(xué)方法作為輔助加以鑒別。16S rRNA(小核糖體RNA)基因常用于原核生物種屬的分類及鑒定。但16S rRNA基因在原核生物中為多拷貝基因,且不同拷貝之間存在異質(zhì)性,使用單一拷貝16S rRNA基因進(jìn)行物種鑒定會(huì)出現(xiàn)鑒定錯(cuò)誤的情況。因此,我們欲通過結(jié)合耶爾森菌屬細(xì)菌內(nèi)多個(gè)拷貝的16S rRNA基因信息,探討不同種耶爾森菌不同拷貝間的異質(zhì)性及對(duì)系統(tǒng)發(fā)育鑒定的影響。方法本次研究從本實(shí)驗(yàn)室選取744株耶爾森菌屬細(xì)菌,通過T載體克隆的方法,對(duì)每株菌隨機(jī)挑選5個(gè)16S rRNA基因克隆子,通過測(cè)序技術(shù)得到基因序列。對(duì)24株來自NCBI的全基因組測(cè)序株,采用用隨機(jī)數(shù)字表法,分別選取5條16S rRNA基因信息。然后結(jié)合所有菌株內(nèi)5個(gè)16S rRNA基因信息,對(duì)768株菌建立系統(tǒng)發(fā)育樹,分析耶爾森菌屬細(xì)菌的分類情況。結(jié)果本研究共涵蓋了768株耶爾森菌屬細(xì)菌,共10個(gè)種,每株菌得到5條16S rRNA基因信息,所有菌株共3840條16S rRNA基因序列,按照一個(gè)堿基不同視為不同類型16SrRNA基因序列,共分為439個(gè)型別。分析每株菌的5個(gè)克隆子所包含的16S rRNA基因類型數(shù)發(fā)現(xiàn),60%菌株包括2-3個(gè)16SrRNA基因類型,18%菌株包括4個(gè)類型,17%的菌株只有1種16S rRNA類型,而五個(gè)克隆子均為不同類型的菌株所占比例最少,為5%；比較五種耶爾森菌種間菌株內(nèi)16S rRNA基因種類,可以看出假結(jié)核耶爾森菌、克氏耶爾森菌種內(nèi)16S rRNA基因類型集中在I-2種,弗氏／中間型耶爾森集中在2-4種,非致病性小腸結(jié)腸炎耶爾森菌16S rRNA基因類型集中在2-3種,致病小腸結(jié)腸炎耶爾森菌則集中在1-3種。5個(gè)克隆子全為同一類型的比例,在致病性小腸耶爾森菌為23.5%,非致病性小腸耶爾森菌僅為8.6%。在鼠疫耶爾森與假結(jié)核耶爾森中沒有發(fā)現(xiàn)5個(gè)克隆子均為不同種類型16S rRNA基因的菌株；比較耶爾森菌屬細(xì)菌內(nèi)多個(gè)拷貝16S rRNA基因相似性發(fā)現(xiàn),同一菌株的5個(gè)拷貝16S rRNA基因相似度大部分在99%以上,有9株差異較大,低于98.7%。綜合菌株5條16S rRNA基因序列構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹發(fā)現(xiàn),耶爾森菌種間的聚類結(jié)果基本與生化鑒定結(jié)果相符,大部分耶爾森菌能形成相應(yīng)種內(nèi)聚類群；使用此方法亦能區(qū)分用生化反應(yīng)鑒定難以區(qū)分的弗氏耶爾森菌與中間型耶爾森菌；同時(shí)也發(fā)現(xiàn)有個(gè)別克氏耶爾森菌由于種內(nèi)變異度高,有種間交叉聚類現(xiàn)象,但并不影響鑒定的整體趨勢(shì)。同時(shí)發(fā)現(xiàn),每種菌有其優(yōu)勢(shì)序列,部分種間有完全一致的16S rRNA基因序列。結(jié)論1、耶爾森菌屬細(xì)菌16S rRNA基因?yàn)槎嗫截惢?大部分菌株不同拷貝間序列并不相同,個(gè)別菌株超過16S rRNA基因細(xì)菌鑒定閾值鑒,使用單個(gè)16S rRNA基因進(jìn)行種類鑒定出現(xiàn)錯(cuò)誤的機(jī)率會(huì)很大。2、通過綜合多個(gè)16S rRNA基因信息進(jìn)行耶爾森菌種類鑒定,能夠在一定程度上提高耶爾森菌種間的鑒別力。3、擁有相同的16S rRNA基因的不同種耶爾森菌,在細(xì)菌鑒定時(shí)還需結(jié)合其他鑒定方法。
【關(guān)鍵詞】：耶爾森菌 16S rRNA基因 多拷貝 系統(tǒng)發(fā)育
【學(xué)位授予單位】：中國疾病預(yù)防控制中心
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號(hào)】：R516;R440
【目錄】：

• 英文縮寫對(duì)照表5-6
• 中文摘要6-8
• Abstract8-10
• 引言10-16
• 1. 實(shí)驗(yàn)材料與方法16-28
• 1.1 實(shí)驗(yàn)儀器與材料16-18
• 1.1.1 實(shí)驗(yàn)儀器16-17
• 1.1.2 主要生化試劑17
• 1.1.3 培養(yǎng)基與試劑配制17-18
• 1.2 參考菌株及參考序列來源18-19
• 1.3 實(shí)驗(yàn)方法19-28
• 1.3.1 標(biāo)本采集19-20
• 1.3.2 標(biāo)本DNA的提取20-21
• 1.3.3 PCR初篩標(biāo)本21-22
• 1.3.4 菌株分離培養(yǎng)22
• 1.3.5 生化鑒定與生物分型22-23
• 1.3.6 提取目的菌株核酸23-24
• 1.3.7 16S rRNA基因T載體克隆24-27
• 1.3.8 序列分析27-28
• 2. 結(jié)果與分析28-39
• 2.1 目的菌株分離情況28-32
• 2.2 16S rRNA基因類型數(shù)32-33
• 2.3 不同種耶爾森菌菌株內(nèi)16S rRNA基因相似性比較33-34
• 2.4 16S rRNA基因序列聚類分析34-37
• 2.5 不同種耶爾森菌16S rRNA優(yōu)勢(shì)基因類型37
• 2.6 不同種間耶爾森菌的16S rRNA共有基因序列分布37-39
• 3. 討論39-46
• 參考文獻(xiàn)46-52
• 附錄一 綜述52-63
• 參考文獻(xiàn)59-63
• 附錄二 研究生期間論文發(fā)表情況63-64
• 致謝64

【相似文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前6條

1 白克敏;耶爾森菌屬假性結(jié)核桿菌感染癥與急性腎功能不全[J];國外醫(yī)學(xué)(兒科學(xué)分冊(cè));1986年06期

2 史書文;耶爾森菌屬外膜蛋白質(zhì)研究進(jìn)展[J];中國地方病防治雜志;1990年05期

3 ;文摘[J];地方病譯叢;1984年04期

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中國重要會(huì)議論文全文數(shù)據(jù)庫 前1條

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1 郝慧靜;利用染色體基因組上多拷貝16S rRNA基因鑒定耶爾森菌屬細(xì)菌的研究[D];中國疾病預(yù)防控制中心;2016年

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本文編號(hào)：779174