背景新型冠狀病毒肺炎(COVID-19)在全球暴發(fā),實(shí)驗(yàn)室檢測結(jié)果是疾病診斷的重要依據(jù),檢測方法的靈敏度和特異度是影響實(shí)驗(yàn)結(jié)果的關(guān)鍵因素,現(xiàn)實(shí)時(shí)熒光定量聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)核酸檢測方法是COVID-19確診的通用方法,但其檢測靈敏度有方法局限性,依賴標(biāo)本病毒含量。通過對PCR-核酸飛行時(shí)間質(zhì)譜檢測方法的優(yōu)化,從而提高對低新型冠狀病毒(SARS-CoV-2)含量病例檢測的靈敏度,可為現(xiàn)有方法做有效補(bǔ)充。目的應(yīng)用基質(zhì)輔助激光解吸電離飛行時(shí)間質(zhì)譜(MALDI-TOF MS)原理,在Clin-ToFⅡ飛行時(shí)間質(zhì)譜系統(tǒng)上,建立PCR-核酸飛行時(shí)間質(zhì)譜(PCR-TOF MS)系統(tǒng)檢測SARS-CoV-2的方法,并評估其實(shí)際應(yīng)用價(jià)值。方法 2020年2—3月于上海市臨床檢驗(yàn)中心室間質(zhì)評陽性樣本40份、陰性樣本7份,國家衛(wèi)生健康委員會(huì)室間質(zhì)評陽性樣本41份、陰性樣本33份,本實(shí)驗(yàn)室購買陽性質(zhì)粒及稀釋樣本32份,健康人樣本28份,空白對照超純水5份,共186份樣本作為建立PCR-TOF MS系統(tǒng)數(shù)據(jù)。于2020年1—2月收集安徽省內(nèi)臨床送檢到安徽省疾病預(yù)防控制中心的疑似COVID-19患者上呼吸道樣本...

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圖1典型陽性樣本質(zhì)譜圖

當(dāng)以任一基因的檢出作為評判標(biāo)準(zhǔn)時(shí)，接收者操作特征曲線（ROC曲線）下面積趨近于1，計(jì)算出的最佳門限值為5.5,SNR=3通常被認(rèn)為是質(zhì)譜峰定性檢出的標(biāo)準(zhǔn)。由此，SNR≥6時(shí)為陽性判定標(biāo)準(zhǔn)，SNR在3～6時(shí)判定為疑似陽性，所有基因的SNR<3時(shí)判定為陰性。以O(shè)RF1ab基因和N基因....

圖2N基因和ORF1ab基因不同SNR閾值下SARS-CoV-2檢出靈敏度和錯(cuò)誤率

圖1典型陽性樣本質(zhì)譜圖2.1.2PCR-TOFMS模版條件優(yōu)化

圖3樣本質(zhì)譜圖

對80份疑似樣本及20份健康人群樣本的檢測結(jié)果分析顯示：PCR-TOFMS檢測出的陽性樣本數(shù)為72份，陽性檢出率為90.00%；而實(shí)時(shí)熒光定量PCR法檢測出的陽性樣本為60份，陽性檢出率為75.00%；但實(shí)時(shí)熒光定量PCR法存在25.00%(20/80）的可疑結(jié)果；PCR-TO....

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