適用于多樣本類型PCR-金磁微粒層析法直擴技術(shù)平臺的建立及其在基因分型中的應(yīng)用
發(fā)布時間:2022-07-02 17:17
隨著全球人口老齡化程度日益加深,人類壽命延長的同時也面臨著慢性疾病對健康的致命威脅,針對高血脂、高血壓、糖尿病等大規(guī)模疾病患者人群的早期監(jiān)測,結(jié)合藥物干預(yù)和隨訪,實施對生命全周期的健康管理備受關(guān)注。慢性疾病患者人群眾多,但個體之間存在明顯差異,不同患者的疾病表現(xiàn)以及對治療藥物的響應(yīng)性往往大相徑庭,這一方面源于個體間不同的發(fā)病機制,另一方面源于生活環(huán)境和遺傳背景的不同。幾年來,與精準(zhǔn)醫(yī)療相關(guān)的基因檢測在疾病早期篩查和干預(yù)中得到重視,構(gòu)建普適、準(zhǔn)確、快速、便捷的基因篩查適宜技術(shù)平臺,在大規(guī)模慢病人群中實現(xiàn)基因篩查,對患者危險分層和精準(zhǔn)治療尤為迫切。常用的基因檢測技術(shù)平臺包括DNA測序、DNA芯片雜交、質(zhì)譜技術(shù)以及熒光定量PCR等,這些方法因其準(zhǔn)確性高、通量大而備受青睞,但仍受限于昂貴的設(shè)備投入、復(fù)雜的操作和專業(yè)人員的培訓(xùn),此外,靶基因擴增保證正確的前提是對模板純度和濃度范圍高的要求,很難基于上述技術(shù)平臺實現(xiàn)免DNA提取對靶片段的直接擴增,不同臨床樣本,如何實現(xiàn)簡單的裂解處理并直接用于PCR擴增是影響基因檢測實現(xiàn)快速篩查的主要技術(shù)瓶頸。常見的臨床樣本中往往含有PCR抑制因子,常用的基因檢測技...
【文章頁數(shù)】:129 頁
【學(xué)位級別】:博士
【文章目錄】:
摘要
ABSTRACT
縮略語對照表
第一章 緒論
1.1 常見SNP檢測技術(shù)概述
1.1.1 PCR-RFLP技術(shù)
1.1.2 AS-PCR技術(shù)
1.1.3 PCR-SSCP技術(shù)
1.1.4 環(huán)介導(dǎo)等溫擴增技術(shù)
1.1.5 熒光定量PCR技術(shù)
1.1.6 基因芯片技術(shù)
1.1.7 DNA測序技術(shù)
1.2 直擴PCR技術(shù)概述
1.2.1 直擴PCR技術(shù)
1.2.2 已有直擴PCR技術(shù)
1.2.3 直擴PCR技術(shù)瓶頸
1.2.4 直擴PCR技術(shù)的發(fā)展趨勢
1.3 金磁微粒層析法概述
1.3.1 金磁微粒簡介
1.3.2 金磁微粒的應(yīng)用
1.3.3 金磁微粒層析法
1.4 乙醛脫氫酶2概述
1.4.1乙醛脫氫酶2
1.4.2 乙醛脫氫酶2基因多態(tài)性
1.4.3 乙醛脫氫酶2與疾病的關(guān)系
1.5 立題意義及主要內(nèi)容
1.5.1 目的及意義
1.5.2 主要內(nèi)容
1.5.3 研究的創(chuàng)新點
第二章 直擴PCR-金磁微粒層析法基因分型平臺構(gòu)建
2.1 前言
2.2 實驗試劑及儀器
2.2.1 主要材料和試劑
2.2.2 主要儀器和設(shè)備
2.3 實驗方法
2.3.1 陽性質(zhì)控體系的構(gòu)建
2.3.2 引物設(shè)計及篩選
2.3.3 金磁微粒的制備與試紙條組裝
2.3.4 樣本處理液篩選與優(yōu)化
2.3.5 直擴PCR體系建立及優(yōu)化
2.3.6 檢測結(jié)果判讀方法
2.3.7 防污染系統(tǒng)驗證
2.3.8 直擴系統(tǒng)驗證
2.4 結(jié)果與討論
2.4.1 構(gòu)架了ALDH2基因突變檢測陽性質(zhì)控體系
2.4.2 設(shè)計并篩選出最適引物組
2.4.3 篩選并優(yōu)化了樣本處理液
2.4.4 建立及優(yōu)化了直擴PCR反應(yīng)體系
2.4.5 證實UNG防污染系統(tǒng)有效
2.4.6 驗證直擴系統(tǒng)有效性
2.5 本章小結(jié)
第三章 直擴PCR-金磁微粒層析法的性能評估
3.1 前言
3.2 實驗試劑及儀器
3.2.1 主要材料和試劑
3.2.2 主要儀器和設(shè)備
3.3 實驗方法
3.3.1 抗干擾性能評價
3.3.2 穩(wěn)定性評價
3.3.3 特異性評價
3.3.4 靈敏度評價
3.4 結(jié)果與討論
3.4.1 具有較強抗干擾能力
3.4.2 具有較高的穩(wěn)定性
3.4.3 具有較強的特異性
3.4.4 具有較好的靈敏度
3.5 本章小結(jié)
第四章 直擴PCR-金磁微粒層析法臨床應(yīng)用研究
4.1 前言
4.2 實驗試劑及儀器
4.2.1 主要材料和試劑
4.2.2 主要儀器和設(shè)備
4.3 實驗方法
4.3.1 臨床樣本的收集
4.3.2 臨床樣本的處理
4.3.3 臨床樣本ALDH2 Glu504Lys基因檢測
4.3.4 統(tǒng)計與分析方法
4.4 結(jié)果與討論
4.4.1 臨床樣本檢測結(jié)果
4.4.2 ALDH2基因型與藥物作用相關(guān)性分析
4.5 本章小結(jié)
全文總結(jié)
參考文獻
致謝
攻讀博士學(xué)位期間取得的科研成果
作者簡介
【參考文獻】:
期刊論文
[1]單基因遺傳病基因診斷技術(shù)研究進展[J]. 郭奕斌,梁宇靜,郭東煒. 分子診斷與治療雜志. 2016(01)
[2]直接擴增法在血痕、肋軟骨和唾液檢材中的應(yīng)用[J]. 李林,劉靜,王敏,王峰,路俊雷,于璐,畢建紅. 中國法醫(yī)學(xué)雜志. 2013(02)
[3]5種免提取試劑盒檢驗濾紙血痕結(jié)果的比較[J]. 巴華杰,林子清,劉亞楠,劉冰泉,馬駿,朱愛華. 中國法醫(yī)學(xué)雜志. 2013(01)
[4]USPIO和GoldMag磁共振成像信號特點的實驗研究[J]. 逄鑫,鄒利光,楊華,張輝,舒通勝,張松. 第三軍醫(yī)大學(xué)學(xué)報. 2010(03)
[5]Polymorphisms of alcohol dehydrogenase-2 and aldehyde dehydrogenase-2 and esophageal cancer risk in Southeast Chinese males[J]. Jian-Hua Ding,Su-Ping Li,Hai-Xia Cao,Jian-Zhong Wu,Chang-Ming Gao,Ping Su,Yan-Ting Liu,Jian-Nong Zhou,Division of Epidemiology,Jiangsu Provincial Institute of Cancer Research,42 Baiziting,Nanjing 210009,Jiangsu Province,China Jun Chang,Gen-Hong Yao,Taixing Center for Disease Prevention and Control,Taixing 225400,Jiangsu Province,China. World Journal of Gastroenterology. 2009(19)
[6]金磁微粒介導(dǎo)的鹽酸克倫特羅多克隆抗體的純化[J]. 汪慧蓉,朱宏莉,惠文利,張志鋒,陳超,崔亞麗. 西北農(nóng)林科技大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)版). 2006(05)
[7]中國五個民族人群樣本中酒精代謝相關(guān)酶基因多態(tài)型分布比較[J]. 曹西蓉,吳德生. 衛(wèi)生研究. 2002(03)
碩士論文
[1]基于納米金磁微粒前列腺癌相關(guān)標(biāo)志物層析檢測方法的建立及其相關(guān)性探討[D]. 張珊珊.西北大學(xué) 2017
[2]金磁微粒純化細(xì)菌基因組DNA方法的研究[D]. 張景閣.西北大學(xué) 2011
[3]以金磁微粒為載體的全血基因組DNA純化方法研究[D]. 趙明.西北大學(xué) 2009
本文編號:3654760
【文章頁數(shù)】:129 頁
【學(xué)位級別】:博士
【文章目錄】:
摘要
ABSTRACT
縮略語對照表
第一章 緒論
1.1 常見SNP檢測技術(shù)概述
1.1.1 PCR-RFLP技術(shù)
1.1.2 AS-PCR技術(shù)
1.1.3 PCR-SSCP技術(shù)
1.1.4 環(huán)介導(dǎo)等溫擴增技術(shù)
1.1.5 熒光定量PCR技術(shù)
1.1.6 基因芯片技術(shù)
1.1.7 DNA測序技術(shù)
1.2 直擴PCR技術(shù)概述
1.2.1 直擴PCR技術(shù)
1.2.2 已有直擴PCR技術(shù)
1.2.3 直擴PCR技術(shù)瓶頸
1.2.4 直擴PCR技術(shù)的發(fā)展趨勢
1.3 金磁微粒層析法概述
1.3.1 金磁微粒簡介
1.3.2 金磁微粒的應(yīng)用
1.3.3 金磁微粒層析法
1.4 乙醛脫氫酶2概述
1.4.1乙醛脫氫酶2
1.4.2 乙醛脫氫酶2基因多態(tài)性
1.4.3 乙醛脫氫酶2與疾病的關(guān)系
1.5 立題意義及主要內(nèi)容
1.5.1 目的及意義
1.5.2 主要內(nèi)容
1.5.3 研究的創(chuàng)新點
第二章 直擴PCR-金磁微粒層析法基因分型平臺構(gòu)建
2.1 前言
2.2 實驗試劑及儀器
2.2.1 主要材料和試劑
2.2.2 主要儀器和設(shè)備
2.3 實驗方法
2.3.1 陽性質(zhì)控體系的構(gòu)建
2.3.2 引物設(shè)計及篩選
2.3.3 金磁微粒的制備與試紙條組裝
2.3.4 樣本處理液篩選與優(yōu)化
2.3.5 直擴PCR體系建立及優(yōu)化
2.3.6 檢測結(jié)果判讀方法
2.3.7 防污染系統(tǒng)驗證
2.3.8 直擴系統(tǒng)驗證
2.4 結(jié)果與討論
2.4.1 構(gòu)架了ALDH2基因突變檢測陽性質(zhì)控體系
2.4.2 設(shè)計并篩選出最適引物組
2.4.3 篩選并優(yōu)化了樣本處理液
2.4.4 建立及優(yōu)化了直擴PCR反應(yīng)體系
2.4.5 證實UNG防污染系統(tǒng)有效
2.4.6 驗證直擴系統(tǒng)有效性
2.5 本章小結(jié)
第三章 直擴PCR-金磁微粒層析法的性能評估
3.1 前言
3.2 實驗試劑及儀器
3.2.1 主要材料和試劑
3.2.2 主要儀器和設(shè)備
3.3 實驗方法
3.3.1 抗干擾性能評價
3.3.2 穩(wěn)定性評價
3.3.3 特異性評價
3.3.4 靈敏度評價
3.4 結(jié)果與討論
3.4.1 具有較強抗干擾能力
3.4.2 具有較高的穩(wěn)定性
3.4.3 具有較強的特異性
3.4.4 具有較好的靈敏度
3.5 本章小結(jié)
第四章 直擴PCR-金磁微粒層析法臨床應(yīng)用研究
4.1 前言
4.2 實驗試劑及儀器
4.2.1 主要材料和試劑
4.2.2 主要儀器和設(shè)備
4.3 實驗方法
4.3.1 臨床樣本的收集
4.3.2 臨床樣本的處理
4.3.3 臨床樣本ALDH2 Glu504Lys基因檢測
4.3.4 統(tǒng)計與分析方法
4.4 結(jié)果與討論
4.4.1 臨床樣本檢測結(jié)果
4.4.2 ALDH2基因型與藥物作用相關(guān)性分析
4.5 本章小結(jié)
全文總結(jié)
參考文獻
致謝
攻讀博士學(xué)位期間取得的科研成果
作者簡介
【參考文獻】:
期刊論文
[1]單基因遺傳病基因診斷技術(shù)研究進展[J]. 郭奕斌,梁宇靜,郭東煒. 分子診斷與治療雜志. 2016(01)
[2]直接擴增法在血痕、肋軟骨和唾液檢材中的應(yīng)用[J]. 李林,劉靜,王敏,王峰,路俊雷,于璐,畢建紅. 中國法醫(yī)學(xué)雜志. 2013(02)
[3]5種免提取試劑盒檢驗濾紙血痕結(jié)果的比較[J]. 巴華杰,林子清,劉亞楠,劉冰泉,馬駿,朱愛華. 中國法醫(yī)學(xué)雜志. 2013(01)
[4]USPIO和GoldMag磁共振成像信號特點的實驗研究[J]. 逄鑫,鄒利光,楊華,張輝,舒通勝,張松. 第三軍醫(yī)大學(xué)學(xué)報. 2010(03)
[5]Polymorphisms of alcohol dehydrogenase-2 and aldehyde dehydrogenase-2 and esophageal cancer risk in Southeast Chinese males[J]. Jian-Hua Ding,Su-Ping Li,Hai-Xia Cao,Jian-Zhong Wu,Chang-Ming Gao,Ping Su,Yan-Ting Liu,Jian-Nong Zhou,Division of Epidemiology,Jiangsu Provincial Institute of Cancer Research,42 Baiziting,Nanjing 210009,Jiangsu Province,China Jun Chang,Gen-Hong Yao,Taixing Center for Disease Prevention and Control,Taixing 225400,Jiangsu Province,China. World Journal of Gastroenterology. 2009(19)
[6]金磁微粒介導(dǎo)的鹽酸克倫特羅多克隆抗體的純化[J]. 汪慧蓉,朱宏莉,惠文利,張志鋒,陳超,崔亞麗. 西北農(nóng)林科技大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)版). 2006(05)
[7]中國五個民族人群樣本中酒精代謝相關(guān)酶基因多態(tài)型分布比較[J]. 曹西蓉,吳德生. 衛(wèi)生研究. 2002(03)
碩士論文
[1]基于納米金磁微粒前列腺癌相關(guān)標(biāo)志物層析檢測方法的建立及其相關(guān)性探討[D]. 張珊珊.西北大學(xué) 2017
[2]金磁微粒純化細(xì)菌基因組DNA方法的研究[D]. 張景閣.西北大學(xué) 2011
[3]以金磁微粒為載體的全血基因組DNA純化方法研究[D]. 趙明.西北大學(xué) 2009
本文編號:3654760
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