目的本研究旨在探討組織特異性指數(shù)（Tissue Specificity Index,TSI）在高通量RTq PCR循環(huán)micro RNA（miRNA）數(shù)據(jù)分析上的適用性,建立一種全局質(zhì)量評(píng)估指標(biāo)（Global Index of Quality Evaluation,GIQE）,比較分析GIQE與ge Norm、Norm Finder算法在內(nèi)參選擇分析上的作用模式,為高通量RT-q PCR循環(huán)miRNA數(shù)據(jù)分析提供一種新型的數(shù)據(jù)質(zhì)量控制與內(nèi)參選擇分析策略。方法利用R統(tǒng)計(jì)與數(shù)據(jù)分析平臺(tái)中GEOquery、mi Rbase.db、read.q PCR和Normq PCR等軟件包進(jìn)行高通量RT-q PCR循環(huán)miRNA數(shù)據(jù)集及其注釋文件的下載、數(shù)據(jù)前處理以及計(jì)算每個(gè)數(shù)據(jù)集miRNAs在樣本中的穩(wěn)定性（穩(wěn)定性由高至低的分布范圍為“0-1”）。采用Kruskal-Wallis多組間非參數(shù)檢驗(yàn)、ROC曲線、多因素線性回歸檢驗(yàn)GIQE在共表達(dá)與非共表達(dá)循環(huán)miRNA分類上的作用;采用相關(guān)分析檢驗(yàn)在不同候選內(nèi)參選擇比例的條件下,檢測(cè)樣本中GIQE、ge Norm以及Norm Finder候選內(nèi)參Ct平均... 

【文章來(lái)源】：華北理工大學(xué)河北省

【文章頁(yè)數(shù)】：69 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

高通量RT-qPCR循環(huán)miRNA質(zhì)量評(píng)價(jià)的GIQE算法分析路線圖

注：內(nèi)參選擇比例為 10%(右下)至 100%(左上)時(shí)，相關(guān)系數(shù)范圍是 0.903 至 0.999。圖 2.1 GSE79922 數(shù)據(jù)集 GIQE、geNorm、NormFinder 算法內(nèi)參選擇的相關(guān)分析Fig.2.1 Correlation analysis between average Ct values of reference candidates evaluated by GIQEgeNorm and NormFinder algorithm for GSE79922 dataset表 6.1 GSE79922 數(shù)據(jù)集 GIQE 與 geNorm、NormFinder 算法內(nèi)參選擇的相關(guān)分析

注：內(nèi)參選擇比例為 10%(右下)至 100%(左上)，相關(guān)系數(shù)變化范圍是 0.970 至 0.998。圖 2.2 GSE70318 數(shù)據(jù)集 GIQE、geNorm、NormFinder 算法內(nèi)參選擇的相關(guān)分析Fig.2.2 Correlation analysis between average Ct values of reference candidates evaluated by GIQEgeNorm and NormFinder algorithm for GSE70318 dataset表 6.2 GSE70318 數(shù)據(jù)集 GIQE、geNorm、NormFinder 算法內(nèi)參選擇的相關(guān)分析


本文編號(hào)：3422826