發(fā)布時間：2021-01-12 10:47

　　由于理想的生物標志物可以有效地標記器官、組織、系統(tǒng)、細胞結(jié)構(gòu)或功能的改變或潛在發(fā)生改變的生化指標,對于疾病的預防、診斷、監(jiān)控、預后和治療起到非常重要的作用。近幾年來,越來越多研究表明microRNAs（非編碼單鏈RNA分子,miRNAs）和微生物在很多基本的生物過程中有著重要的作用,其中之一便是致病作用。所以嘗試從miRNAs和微生物中尋找和發(fā)現(xiàn)潛在的理想生物標志物成為了目前研究的一個熱點問題。然而僅依靠昂貴且耗時的生物驗證實驗是遠遠不夠的。隨著各種各樣的生物型數(shù)據(jù)集的公開,人們開始利用計算機模型從不同角度去預測潛在的miRNA與疾病以及微生物與疾病的相互關系,從而挑選出高相關性的候選關系對優(yōu)先進行實驗驗證,從而大大加快優(yōu)質(zhì)生物標志物的發(fā)現(xiàn),以及促進對各種人類復雜疾病發(fā)病機理的理解。本文主要工作包括:（1）對所需生物數(shù)據(jù)集進行獲取與收集,通過數(shù)據(jù)清洗和預處理后,從中通過相關計算方法計算出疾病語義類似性,miRNA功能類似性以及高斯作用譜核相似性。（2）提出基于路徑的miRNA與疾病關聯(lián)關系預測模型PBMDA,其主要原理是構(gòu)建雙色異構(gòu)計算網(wǎng)絡,然后基于這一網(wǎng)絡采用一種特殊的深度遍歷搜索算... 

【文章來源】：深圳大學廣東省

【文章頁數(shù)】：60 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

胸腺癌在MeSH數(shù)據(jù)庫中的顯示

圖 2-1 胸腺癌在 MeSH 數(shù)據(jù)庫中的顯示如圖 2-2 所示，點擊“MeSHTreeStructures”，可以清楚看出胸腺癌是屬于 Neoplas04]和 Skin and Connective Tissue Diseases [C17]兩種大類疾病中的子類。根據(jù)這個疾類系統(tǒng)，我們可以有效地找出不同疾病之間可能存在的關聯(lián)。

疾病與生物標志物的關聯(lián)關系預測模型研究這種表達數(shù)據(jù)比較稀缺，并不是所有 miRNA 的表達數(shù)據(jù)都能獲已知的關聯(lián)關系對，疾病的語義類似性，希望從 miRNA 在疾病iRNA 的功能類似性。結(jié)果，發(fā)現(xiàn) miRNA 的功能類似性與之前測高度相關（R=0.05,P=2.70*10-12, 皮爾遜相關系數(shù)）。而且通過實，處于同一種群（Family 或 Cluster）的 miRNA 也呈現(xiàn)出較高的P=2.7*10-52, t-test）。所以本文采用這份 miRNA 的功能類似性，用了方便計算，一個 nm*nm 規(guī)模的矩陣 FS 會被用于記錄對應的以 FS(i,j)的值表示第 i 個 miRNA 與第 j 個 miRNA 的功能類似性

【參考文獻】：
期刊論文
[1]miRNA（microRNA）家族的研究進展[J]. 葉茂,陳躍磊,明鎮(zhèn)寰.  生物化學與生物物理進展. 2003(03)



本文編號：2972716