背景:膿毒癥是感染反應(yīng)失調(diào)引起的威脅生命的器官功能障礙,是一種由感染引起的生理、病理和生物化學(xué)異常綜合征,是公共衛(wèi)生領(lǐng)域的一個主要問題,膿毒癥被稱為隱藏的公共衛(wèi)生災(zāi)難。長鏈非編碼RNA是長度超過200 nt,無蛋白編碼能力的轉(zhuǎn)錄本。環(huán)狀RNA(circRNA)能夠形成共價閉合環(huán),是非編碼RNA的一種。與lncRNA相似,circRNA可以作為microRNA(miRNA)“海綿”來調(diào)控基因表達(dá)。到目前為止,還沒有對膿毒血癥中小鼠肝組織中的lncRNA和circRNA豐度和表達(dá)譜進(jìn)行系統(tǒng)的研究。目的:鑒定LPS誘導(dǎo)小鼠膿毒癥不同階段肝臟特異lncRNA,并初步探討其功能。方法:采用百邁客云對LPS(20mg/kg b.w)誘導(dǎo)小鼠膿毒癥不同時間點(diǎn)(Oh、2h、8h和24h)的肝臟polyA尾RNA富集轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)進(jìn)行polyA尾lncRNA挖掘分析,挑選在膿毒癥早期特異升高的lncRNA906,構(gòu)建其敲除小鼠,探討lncRNA 906對LPS致小鼠死亡的影響,并篩選其潛在靶基因。結(jié)果:1對LPS誘導(dǎo)小鼠膿毒癥不同時間點(diǎn)的肝臟轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行polyA尾lncRNA挖掘分析。鑒定得到3,056個lncRNA,其中差異表達(dá)lncRNA共499個。2 lncRNA906位于小鼠基因組第15號染色體103095188-103100906,基因組跨度為5719bp,由3個外顯子組成,轉(zhuǎn)錄本長度為2982 nt,二級結(jié)構(gòu)都比較復(fù)雜,且沒有編碼潛能。3 LPS刺激2h后,小鼠肝臟中l(wèi)ncRNA 906顯著升高。而在心、腎、大腸中l(wèi)ncRNA 906是下調(diào)的,腦、脾、胃、小腸、闌尾表達(dá)沒顯著變化。lncRNA 906在肺臟中無表達(dá)。4 LPS誘導(dǎo)lncRNA 906表達(dá)依賴于TLR4受體。5 成功構(gòu)建lncRNA906敲除(KO 906)小鼠。并驗證lncRNA906敲除小鼠免疫系統(tǒng)發(fā)育正常。6 WT與KO 906小鼠腹腔注射LPS 4h肝臟全轉(zhuǎn)錄組分析結(jié)果:以變化倍數(shù)大于2倍,P小于0.05為標(biāo)準(zhǔn),和WT組對比,KO 906組差異表達(dá)的lncRNA上調(diào)的有3個,下調(diào)的lncRNA有2個;差異表達(dá)的mRNA上調(diào)有23個,下調(diào)有20個;差異表達(dá)的TUCP上調(diào)有5個,下調(diào)有1個。差異表達(dá)circRNA上調(diào)28個,下調(diào)16個。差異表達(dá)miRNA有2個,均是下調(diào)的。7 lncRNA 906缺失可以降低內(nèi)毒素休克小鼠存活時間。結(jié)論:1 LPS誘導(dǎo)小鼠膿毒癥不同時間點(diǎn)的肝臟組織通過polyA尾RNA富集的方法也能夠分析得到差異表達(dá)的polyA尾lncRNA,但其差異的數(shù)量與表達(dá)豐度不如差異的mRNA。2鑒定了 LPS誘導(dǎo)小鼠膿毒癥早期特異高表達(dá)的lncRNA 906。在沒有LPS刺激的時候,lncRNA906幾乎檢測不到,當(dāng)給予LPS刺激后,細(xì)胞核和細(xì)胞質(zhì)中都有分布。其表達(dá)依賴于TLR4受體。3 lncRNA 906敲除對小鼠免疫系統(tǒng)發(fā)育沒有影響。4 lncRNA 906敲除對LPS誘導(dǎo)小鼠膿毒癥4h的肝臟轉(zhuǎn)錄組帶來了一定的影響,其中43個差異表達(dá)mRNA可能是lncRNA 906的潛在靶基因。5 lncRNA 906敲除減少了 LPS誘導(dǎo)小鼠膿毒癥的存活時間,提示lncRNA 906在膿毒癥早期的特異升高對內(nèi)毒素休克小鼠具有一定的保護(hù)效應(yīng)。
【學(xué)位單位】：南方醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級別】：博士
【學(xué)位年份】：2018
【中圖分類】：R459.7
【部分圖文】：

ncRNA鑒定Figur

圖１－２各樣品ｍＲＮＡ?ＦＰＫＭ?

圖２－３?ＩｎｃＲＮＡ?９０６二級結(jié)構(gòu)分析??Ｆｉｇｕｒｅ２－３．?Ｓｅｃｏｎｄａｒｙ?ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ?ａｎａｌｙｓｉｓ?ｏｆ?ｌｎｃＲＮＡ９０６??Ａ．使用ＭＦＥ算法分析的ＩｎｃＲＮＡ?９０６二級結(jié)構(gòu)；Ｂ．使用Ｃｅｎｔｒｏｉｄ算法分析的ＩｎｃＲＮＡ??９０６二級結(jié)構(gòu)。??３７??
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本文編號：2868308