發(fā)布時間：2020-05-15 01:20

【摘要】：背景:厭氧菌是臨床腹腔感染、盆腔感染、膽道感染、復雜性皮膚軟組織感染及血流感染常見病原菌,由于其分離培養(yǎng)及鑒定困難,多數臨床實驗室不常規(guī)開展厭氧培養(yǎng)、鑒定和藥敏試驗�；|輔助激光解吸電離飛行時間質譜(MALDI-TOF MS)在臨床微生物領域的應用,為提升臨床實驗厭氧菌鑒定能力提供了契機。除國際主流品牌設備,我國也有國產自主知識產權的微生物MALDI-TOF MS被研發(fā)并進入臨床應用,但尚無對此類設備厭氧菌的鑒定能力的系統(tǒng)評價。受到培養(yǎng)鑒定技術的限制,對于厭氧菌感染臨床通常只能依賴經驗性治療,我國缺少臨床分離厭氧菌對常用抗菌藥物敏感性方面的資料,因而對其耐藥機制及發(fā)生率也缺少系統(tǒng)性評價,因而本研究旨在對4種MALDI-TOF MS和VITEK 2 ANC鑒定卡對臨床分離厭氧菌的鑒定能力進行比對評估,對厭氧菌中最常見的脆弱擬桿菌群進行抗菌藥物體外敏感性測定和耐藥機制研究。方法:收集2010年至2017年臨床分離厭氧菌及厭氧菌參考菌株,以16S rRNA基因測序作為鑒定參考方法,評價 VITEK MS、Clin-ToF-Ⅱ MS、Autof MS 1000 和 M-Discover 100四種MALDI-TOF MS及VITEK 2 ANC鑒定卡對臨床相關厭氧菌的鑒定能力。選取厭氧菌感染最常見的脆弱擬桿菌群細菌138株,使用美國臨床與實驗室標準化研究所(CLSI)所推薦的瓊脂稀釋法,測定其對19種臨床常用抗菌藥物的體外敏感性。PCR 擴增耐藥基因 CfiA IS、cepA、cfxA、nim、ermF、mefA、tetQ 和 tetX,以及脆弱擬桿菌腸毒素基因bft。對14株碳青霉烯類耐藥脆弱擬桿菌和3株碳青霉烯類敏感脆弱擬桿菌進行全基因組測序,進行抗菌藥物耐藥基因、毒力基因分析,與NCBI Genome數據庫中7株參考菌株,一起進行SNP分析并構建系統(tǒng)發(fā)生樹。結果:共收集479株厭氧菌,經16SrRNA基因測序鑒定為25個屬、71個種。VITEK MS、Clin-ToF-Ⅱ MS、Autof MS 1000、M-Discover 100 和 VITEK 2 ANC 鑒定卡在種水平和混合種水平正確鑒定率分別為86.0%、83.7%、92.5%、89.4%和88.6%,在屬水平正確鑒定率分別為89.1%、93.9%、99.2%、97.1%和94.2%。5種鑒定系統(tǒng)結果間有統(tǒng)計學差異。在種水平及混合種水平的正確鑒定上,VITEK MS、Clin-ToF-Ⅱ MS和M-Discover 100三者間沒有統(tǒng)計學差異,VITEK 2 ANC鑒定卡分別與VITEK MS及Clin-ToF-Ⅱ MS間沒有統(tǒng)計學差異,Autof MS 1000和M-Discover 100間沒有統(tǒng)計學差異,Autof MS 1000 分別顯著優(yōu)于 VITEK MS、Clin-ToF-Ⅱ MS 和 VITEK 2 ANC 鑒定卡(P0.005)、M-Discover 100 顯著優(yōu)于 VITEK 2 ANC 鑒定卡(P0.005)。根據 CLSI 藥敏標準,在19種被測抗菌藥物中,138株脆弱擬桿菌群菌株對甲硝唑和氯霉素敏感率最高,分別為99.3%和92.8%;其次為碳青霉烯類藥物和哌拉西林/他唑巴坦,敏感率為76.8%-79.0%;耐藥率最高的是氨芐西林、四環(huán)素和克林霉素(89.9%-99.3%)。研究菌株對厄他培南、亞胺培南和美羅培南的耐藥率為19.6%-22.5%。脆弱擬桿菌群菌株中 cfiA、IS、cepA、cfxA、nim、ermf、AtetQ、tetX和 bff 基因陽性率分別 37.7%、13.8%、55.1%、33.3%o、0%、77.4%、8.8%、92.8%、11.6%和 0%。全基因組測序菌株中,每株菌發(fā)現2-7種耐藥基因,14株碳青霉烯耐藥菌株均攜帶cfiA,發(fā)現cepA陽性5株、ermF陽性15株、tetQ陽性16株、tetX 陽性1株;分析未發(fā)現產毒株。系統(tǒng)發(fā)育分析顯示14株耐藥菌株均在同一cluster,而3株敏感菌株在同一cluster。結論:五種鑒定系統(tǒng)均能滿足臨床厭氧菌鑒定需求,與國際主流設備VITEK MS相比,3種國產MALDI-TOF MS鑒定能力與之相當或具有顯著性優(yōu)勢。臨床分離脆弱擬桿菌群菌株對甲硝唑和氯霉素最為敏感,但對包括碳青霉烯類在內的抗菌藥物出現多重耐藥,且耐藥率及耐藥基因攜帶率高于其他國家和我國既往研究報道,應引起臨床高度關注。未發(fā)現甲硝唑耐藥基因nim和腸毒素基因bft陽性菌株。
【圖文】：

１．菌株基本信息逡逑研宄共收集來自非重復患者的脆弱擬桿菌群細菌１３８株，其中３４株（２４．６％）逡逑來自急診患者，１０４株（７５．４％）來自住院患者（圖１）。來自住院患者的菌株中，逡逑分離自內科病房、外科病房、重癥醫(yī)學（ＩＣＵ）病房及婦產科病房的菌株數分別為逡逑３５邋株（２５．４％）、３３邋株（２３．９％）、１８邋株（１３．０％）和邋１８邋株（１３．０％）。來自急診的邋３４逡逑株菌株中，２５株（１８．１％）來自急診內科患者、６株（４．３％）來自急診外科患者、３逡逑株（２．２％）來自急診婦產科患者。來自內科病房的３５株菌株中，２１株（１５．２％）來逡逑自于內分泌科的糖尿病足患者，另有１株來自急診的菌株也分離自糖尿病足患者，逡逑糖尿病足患者感染部位分離株占總收集菌株數的１５．９％。來自外科病房的３３株菌中逡逑有２４株（１７．４％）來自基本外科，均為盆腹腔或消化道感染患者。來自ＩＣＵ病房的逡逑１８株菌株中，來自內科ＩＣＵ和外科ＩＣＵ各９株，均占總株數的６．５％。來自婦產科病逡逑房的１８株菌株中，１６株（１１．６％）來自婦科患者，２株（１．４％）來自產科患者，，另逡逑有２株分離自急診婦科患者、１株分離自急診產科患者，分離自婦科急診和病房患逡逑者的菌株數共計１８株（１３．１０％）

圖２．所有脆弱擬桿菌群菌株、碳青霉烯類敏感菌株和碳青霉烯類不敏感菌株體外抗逡逑菌藥物敏感率比較（ＣＬＳＩ抗菌藥物敏感性試驗標準）逡逑－邐—＾ｉ＝＝ｉ＾ｉ＝＝＝ｉｒ＝ｉＰ逡逑．夢邋０邐S緬澹掊危掊危阱澹掊宕╁澹掊義希掊澹掊澹澹澹澹掊澹掊澹掊澹掊澹澹義稀鰣澹幔歟戾澹簦瑁邋澹椋螅錚歟幔簦澹簀澹ǎ睿劍保常福╁巍鰣澹悖幔潁猓幔穡澹睿澹礤澹螅酰螅悖澹穡簦椋猓歟邋澹ǎ睿劍罰常╁澹悖幔潁猓幔穡澹睿澹礤澹睿錚睿螅酰螅悖澹穡簦椋猓歟邋澹ǎ睿劍叮擔╁義

本文編號：2664231