發(fā)布時(shí)間：2018-01-30 02:18

  本文關(guān)鍵詞： 人免疫缺陷病毒型 序列分析 流行病學(xué)研究　出處：《中華疾病控制雜志》2017年07期 　論文類型：期刊論文

【摘要】：目的分析昆明市靜脈吸毒(intravenous drug user,IDU)感染者艾滋病病毒1型(human immunodeficiency virus type 1,HIV-1)env基因C2-V4區(qū)序列特征及代表性廣譜單克隆中和抗體(broadly monoclonal neutralizing antibodies,bm NAbs)的表位變異。方法在昆明市收集165份IDUHIV-1感染者血漿樣品,提取RNA,通過逆轉(zhuǎn)錄得到cDNA,巢式聚合酶鏈反應(yīng)(nested-polymerase chain reaction,nested-PCR)擴(kuò)增HIV-1膜蛋白基因C2-V4區(qū),應(yīng)用Bio Edit和MEGA等生物信息軟件分析所獲得序列的特征,并分析2G12、PGT135、PGT128、b12和VRC01等bm NAbs的表位變異。結(jié)果 165條序列主要為CRF08_BC(74.55%)和CRF07_BC(23.03%)重組毒株,各可變環(huán)變異程度由小到大為V3區(qū)C3區(qū)V4區(qū),并且CRF08_BC樣本的C2-C4、V3區(qū)、C3區(qū)和V4區(qū)基因離散率分別大于CRF_07BC的相應(yīng)區(qū)域;V3環(huán)頂端四肽存在5種類型:GPGQ(95.76%)、GPGR(1.82%)、GPRQ(1.21%)、GPGL(0.61%)和RPGQ(0.61%);輔助受體主要為CCR5(97.58%)。90%以上的CRF08_BC和CRF07_BC重組毒株存在與2G12識(shí)別相關(guān)的糖基化位點(diǎn)的缺失;而b12、VRC01、PGT135和PGT128等抗體識(shí)別的位點(diǎn)在CRF08_BC和CRF07_BC重組毒株中的變異率低。結(jié)論 CRF08_BC和CRF07_BC為昆明市IDU感染者的主要流行毒株;CRF08_BC基因離散率高于CRF07_BC毒株;V3區(qū)序列變異程度小于C3區(qū)及V4區(qū);2G12、PGT135、PGT128、b12和VRC01等代表性bm NAbs表位在CRF08_BC和CRF07_BC毒株存在不同程度的變異。
[Abstract]:Objective to analyze intravenous drug user of intravenous drug abuse in Kunming. Immunodeficiency virus type 1. Sequence characteristics and representative broad-spectrum monoclonal neutralizing antibodies of HIV-1)env gene C2-V4. Broadly monoclonal neutralizing antibodies. Methods 165 plasma samples of IDUHIV-1 infected patients were collected in Kunming, and cDNA was obtained by reverse transcription. Nested polymerase chain reaction. The C2-V4 region of HIV-1 membrane protein gene was amplified by nested-PCR, and the sequence characteristics were analyzed by Bio Edit and MEGA. The PGT135hPGT128 of 2G12 was analyzed. Epitope variation of b12 and VRC01 bm NAbs. Results the 165 sequences were mainly composed of CRF08S, BCn74.55) and CRF07BCm23. 03). Recombinant strain. The variation degree of each variable ring was from small to large to that of V3 region C3 region V4, and the C2-C4 V3 region of CRF08_BC samples. The gene dispersion rates of C3 region and V4 region were higher than those of CRF_07BC. There are five types of peptide at the top of the V3 ring: GPRQ1: GPRQ1. 21. GPGL 0.61) and RPGQ 0.61; More than 90% of the recombinant CRF08_BC and CRF07_BC strains of CCR5O97.58 had the absence of glycosylation sites related to the recognition of 2G12. And b12, VRC01. The mutation rate of antibody recognition sites such as PGT135 and PGT128 in the recombinant strains of CRF08_BC and CRF07_BC is low. CRF08_BC and CRF07_BC were the main infectious strains of IDU infection in Kunming. The dispersion rate of CRF08_BC gene was higher than that of CRF07_BC strain. The variation of V3 region was less than that of C3 region and V4 region. 2G12,PGT135,PGT128. The representative bm NAbs epitopes, such as b12 and VRC01, were mutated to different degrees in CRF08_BC and CRF07_BC strains.
【作者單位】： 中國疾病預(yù)防控制中心性病艾滋病預(yù)防控制中心 傳染病預(yù)防控制國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;
【基金】：國家自然科學(xué)基金(81172809)
【分類號(hào)】：R512.91;R749.64
【正文快照】： 艾滋病病毒1型(human immunodeficiency virus列進(jìn)行比對(duì)。NCBI中Genotyping在線工具(http://type 1,HIV-1)包膜蛋白通過結(jié)合宿主細(xì)胞表面的www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/genotyping/form-CD4分子及CCR5/CXCR4輔助受體分子啟動(dòng)感染page.cgi)初步判斷序列亞型[3,5],MEGA 5.05

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本文編號(hào)：1475021