在后基因組時(shí)代,隨著人類基因組計(jì)劃的基本完成以及高通量測(cè)序技術(shù)的涌現(xiàn),根據(jù)基因表達(dá)數(shù)據(jù)推測(cè)生物網(wǎng)絡(luò)、進(jìn)而從分子水平闡述細(xì)胞的組織功能以及疾病的遺傳學(xué)機(jī)制,成為生物信息學(xué)的重要研究任務(wù)之一。對(duì)于人類復(fù)雜疾病尤其是癌癥,其發(fā)展過程往往呈現(xiàn)出階段性特點(diǎn),各階段之間基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的連接方式發(fā)生了持續(xù)的動(dòng)態(tài)變化。為了揭示癌癥發(fā)展的奧秘,有必要對(duì)癌癥各階段間的多個(gè)時(shí)序性差異網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行聯(lián)合估計(jì)。雖然已有多種方法從基因表達(dá)數(shù)據(jù)出發(fā)估計(jì)差異網(wǎng)絡(luò),但大多數(shù)方法都是針對(duì)單個(gè)差異網(wǎng)絡(luò)而設(shè)計(jì)的,忽略了不同差異網(wǎng)絡(luò)之間的相似性。由于網(wǎng)絡(luò)連接方式的改變可能是由個(gè)別基因的擾動(dòng)所驅(qū)動(dòng)的,因此這些差異網(wǎng)絡(luò)之間可能存在共有的關(guān)鍵節(jié)點(diǎn)。本文研究工作的主要貢獻(xiàn)在于:提出了一種基于高斯圖模型的新方法來聯(lián)合估計(jì)多個(gè)時(shí)序差異網(wǎng)絡(luò),以識(shí)別癌癥發(fā)展過程中的網(wǎng)絡(luò)擾動(dòng)模式。具體地,我們利用選擇合適的損失函數(shù)來直接估計(jì)差異網(wǎng)絡(luò),并設(shè)計(jì)了一種樹結(jié)構(gòu)的群組稀疏懲罰項(xiàng),用于識(shí)別不同差異網(wǎng)絡(luò)共有的公共關(guān)鍵節(jié)點(diǎn)和各差異網(wǎng)絡(luò)特有的關(guān)鍵節(jié)點(diǎn)。模擬實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明,該方法在大多數(shù)情況下都優(yōu)于其他常用模型。我們還將本文模型應(yīng)用于真實(shí)的乳腺癌基因表達(dá)數(shù)據(jù),以探索不同乳腺...

【文章頁數(shù)】：51 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖２差異網(wǎng)絡(luò)分析示意圖??１．２研究動(dòng)機(jī)??

碩士學(xué)位論文??ＭＡＳＴＥＲ＇Ｓ?ＴＨＥＳＩＳ??國(guó)一Ｏ?ｉ??，＞“?：?〇?ｄ??基因表達(dá)數(shù)據(jù)?基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)?間栳估計(jì)?ｃｆ?＼＼）??（階段－）?（ｐ介段－）?Ｊ?１?＞?／?＼??基因表達(dá)數(shù)據(jù)?基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)??（階段二）?ｖ?Ｃ階段二）??????????■■?＊???－....

圖３?Ｌａｓｓｏ圖形解釋（引用自丨９１）??Ｌａｓｓｏ被提出后的這二十年來，世界各國(guó)的大批研究學(xué)者對(duì)該模型進(jìn)行了研究??

碩士學(xué)位論文??ＭＡＳＴＥＲ＇Ｓ?ＴＨＥＳＩＳ??示為??齋該Ｕ－??，＝１?（２．１）??ｓ－ｔ－??＞１??用矩陣和范數(shù)表示為??鷓?＞－確；?（２．２）??８－１－?１＾１１，?＾?Ｌ??改寫成增廣拉格朗日表示形式??＾?＝?ａｒｇ?ｍｉｎ?１ｊ?－?Ｘｐｆ?＋?ｉ?｜｜＾....

圖４?Ｇｒｏｕｐ?Ｌａｓｓｏ圖形解釋（引用自｜９ｐ??圖４給出了一個(gè)簡(jiǎn)單的變量分組示例

碩士學(xué)位論文??ＭＡＳＴＥＲ＇Ｓ?ＴＨＥＳＩＳ??ｈ??＿—．／’?＼??圖４?Ｇｒｏｕｐ?Ｌａｓｓｏ圖形解釋（引用自｜９ｐ??圖４給出了一個(gè)簡(jiǎn)單的變量分組示例。這里一共有三個(gè)變量分為兩組，兩組回??歸系數(shù)分別為。圖中給出了對(duì)兩組系數(shù)進(jìn)行Ｇｒｏｕｐ??Ｌａｓｓｏ懲罰的可行域，由該....

圖５?ｈｕｂ節(jié)點(diǎn)示意圖??

義。一個(gè)節(jié)點(diǎn)在網(wǎng)??絡(luò)中的作用可以體現(xiàn)在其連接邊的數(shù)量大小，也就是節(jié)點(diǎn)在網(wǎng)絡(luò)中的度（ｄｅｇｒｅｅ）。??我們將網(wǎng)絡(luò)中度很大的節(jié)點(diǎn)叫做ｈｕｂ節(jié)點(diǎn)，同樣地，在基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中，與大量基??因存在調(diào)控關(guān)系的基因叫做ｈｕｂ基因。??１?２?３?４?１?２?３?４??？?，丨．．—－－．ｉ．....

本文編號(hào)：3976777