【目的】通過對四倍體野生種花生Arachis monticola（AABB,2n=4x=40）全基因組SSR位點搜索,研究其全基因組SSR分布特征及規(guī)律,開發(fā)并驗證其全基因組SSR引物,為花生屬植物遺傳進(jìn)化分析及重要性狀分子標(biāo)記開發(fā)提供依據(jù)�！痉椒ā吭谌A大基因GigaScience數(shù)據(jù)庫下載A.monticola全基因組序列,并利用生物信息學(xué)軟件MISA進(jìn)行SSR位點搜索,Primer 3進(jìn)行引物設(shè)計,通過電子PCR進(jìn)行單位點SSR分析,并隨機(jī)合成100對SSR引物驗證通用性。【結(jié)果】SSR在四倍體野生種花生A.monticola基因組上共搜索到SSR位點676 878個,平均每3.8 kb就會出現(xiàn)一個SSR,分布于5 127條scaffold中,單核苷酸至六核苷酸均有分布,且數(shù)量上差異較大,以單堿基、二堿基、三堿基為主,三者占SSR總數(shù)的94.28%,其中單堿基重復(fù)數(shù)量最多,占46.71%,密度最高;六核苷酸重復(fù)數(shù)目最少,分布最稀疏。大多數(shù)SSR分布在基因間區(qū),基因區(qū)SSR多分布于內(nèi)含子區(qū)域;全基因組共鑒定出395個不同的重復(fù)基元,其中A亞基因組342種,B亞基因組356種;A/T是... 

【文章來源】：中國農(nóng)業(yè)科學(xué). 2019,52(15)北大核心

【文章頁數(shù)】：19 頁

【文章目錄】：
0 引言
1 材料與方法
    1.1 植物材料
    1.2 基因組序列
    1.3 基因組序列中SSR的搜索
    1.4 A.monticola全基因組SSR引物設(shè)計
    1.5 電子PCR進(jìn)行單位點SSR標(biāo)記分析
    1.6 SSR引物通用性驗證
2 結(jié)果
    2.1 A.monticola全基因組SSR位點數(shù)量和分布
    2.2 A.monticola全基因組SSR基序類型和結(jié)構(gòu)
    2.3 A.monticola全基因組SSR堿基組成
    2.4 A.monticola全基因組SSR基序重復(fù)次數(shù)分布
    2.5 A.monticola全基因組SSR在各染色體的分布
    2.6 A.monticola全基因組SSR引物開發(fā)，及單點SSR分析
    2.7 SSR引物的驗證及通用性分析
3 討論
    3.1 A.monticola全基因組SSR分布特征
    3.2 A.monticola與A.duranensis、A.ipaensis基因組SSR分布比較
    3.3 A.monticola基因組SSR標(biāo)記的應(yīng)用
4 結(jié)論


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]花生F1代真?zhèn)坞s種鑒定方法分析[J]. 和小燕,張建航,劉婷,王允,馬興立,張幸果,殷冬梅.  分子植物育種. 2018(02)
[2]42個花生品種的SSR標(biāo)記指紋圖譜構(gòu)建[J]. 尹亮,李雙鈴,任艷,石延茂,袁美.  花生學(xué)報. 2017(01)
[3]山東省46個花生品種SSR指紋圖譜構(gòu)建與遺傳多樣性分析[J]. 胡曉輝,毛瑞喜,苗華榮,石運慶,崔鳳高,楊偉強(qiáng),陳靜.  核農(nóng)學(xué)報. 2016(10)
[4]河南省審定花生品種的指紋圖譜構(gòu)建[J]. 孫子淇,張新友,徐靜,張忠信,劉華,嚴(yán)玫,董文召,黃冰艷,韓鎖義,湯豐收,劉志勇.  作物學(xué)報. 2016(10)
[5]普通煙草及其祖先種基因組SSR位點分析[J]. 童治軍,焦芳嬋,肖炳光.  中國農(nóng)業(yè)科學(xué). 2015(11)
[6]基于SSR標(biāo)記的花生品種遺傳多樣性分析[J]. 詹世雄,鄭奕雄,劉冠明,張平湖,楊靈,莊東紅.  中國油料作物學(xué)報. 2014(02)
[7]普通菜豆基因組SSR標(biāo)記開發(fā)及在豇豆和小豆中的通用性分析[J]. 陳明麗,王蘭芬,武晶,張曉艷,楊廣東,王述民.  作物學(xué)報. 2014(05)
[8]不同SSR標(biāo)記檢測技術(shù)及其在花生栽培種遺傳多樣性分析中的應(yīng)用[J]. 王燕龍,單雷,付春,徐平麗,姜言生,柳展基,曲志才,唐桂英.  植物遺傳資源學(xué)報. 2014(01)
[9]禾本科植物微衛(wèi)星序列的特征分析和比較[J]. 鄭燕,張耿,吳為人.  基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2011(05)
[10]ICRISAT花生微核心種質(zhì)資源SSR標(biāo)記遺傳多樣性分析[J]. 任小平,張曉杰,廖伯壽,雷永,黃家權(quán),陳玉寧,姜慧芳.  中國農(nóng)業(yè)科學(xué). 2010(14)

碩士論文
[1]玉米全基因組SSRs分子標(biāo)記開發(fā)與特征分析[D]. 原志敏.四川農(nóng)業(yè)大學(xué) 2013
[2]栽培花生產(chǎn)量和品質(zhì)相關(guān)性狀遺傳分析與QTL定位研究[D]. 劉華.河南農(nóng)業(yè)大學(xué) 2011



本文編號：3037891