目的:分析長鏈非編碼RNA（lncRNA）與糖尿病腎病（DN）間的關(guān)聯(lián)關(guān)系,為揭示糖尿病腎病的發(fā)病機制及為其治療提供線索。方法:1、動物實驗。建立2型糖尿病腎病的C57BL/6J小鼠模型,進(jìn)行生化檢測:對收集到的血、尿樣本進(jìn)行血糖、蛋白尿、尿肌酐等生化指標(biāo)進(jìn)行檢測。再進(jìn)行病理檢測:采用蘇木素-伊紅（H&E）和馬松（Masson）對組織切片進(jìn)行染色,觀察腎臟組織變化。后續(xù)測序分析正在進(jìn)行中。2、對與DN相關(guān)lncRNA的GWAS數(shù)據(jù)進(jìn)行meta分析。搜索NCBI與GWAS Catalog數(shù)據(jù)庫,將搜索到的GWAS數(shù)據(jù)進(jìn)行meta分析。3、基于GEO數(shù)據(jù)庫,挖掘與DN相關(guān)lncRNA數(shù)據(jù)。搜索GEO數(shù)據(jù)庫,獲得與糖尿病腎病相關(guān)的lncRNA高通量測序原始數(shù)據(jù),通過chip-seq,RNA-seq及l(fā)ncRNA分析流程對其進(jìn)行數(shù)據(jù)挖掘,找到差異表達(dá)基因及其參與的生物學(xué)過程與調(diào)控通路。4、建立DN—lncRNA網(wǎng)絡(luò),找出與DN關(guān)聯(lián)性較強的lncRNA。運用數(shù)據(jù)挖掘所得到的lncRNA表達(dá)矩陣構(gòu)建網(wǎng)絡(luò),使用Pajek對其進(jìn)行可視化,挖掘出與DN關(guān)聯(lián)性較強的關(guān)鍵lnc RNA。結(jié)果:通過數(shù)... 

【文章來源】：貴州大學(xué)貴州省 211工程院校

【文章頁數(shù)】：101 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
中英文對照詞表
第一章 研究背景
    1.1 糖尿病腎病簡介
    1.2 長鏈非編碼RNA簡介
        1.2.1 長鏈非編碼RNA的發(fā)現(xiàn)
        1.2.2 非編碼RNA的分類
        1.2.3 長鏈非編碼RNA的生物學(xué)功能
        1.2.4 長鏈非編碼RNA與人類疾病
    1.3 全基因組關(guān)聯(lián)性分析
        1.3.1 GWAS簡介
        1.3.2 GWAS在 DN中的研究近況
    1.4 復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)簡介
        1.4.1 復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)的發(fā)展
        1.4.2 復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)在生物學(xué)和醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的應(yīng)用
        1.4.3 復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)的研究現(xiàn)狀
    1.5 公共數(shù)據(jù)庫簡介
        1.5.1 LncRNA相關(guān)數(shù)據(jù)庫
        1.5.2 疾病相關(guān)數(shù)據(jù)庫
        1.5.3 lncRNA調(diào)控人類疾病關(guān)系數(shù)據(jù)庫
    1.6 本章小結(jié)
第二章 T2DN小鼠模型建立
    2.1 相關(guān)研究發(fā)現(xiàn)
    2.2 T2DN小鼠模型建立
        2.2.1 實驗材料
        2.2.2 動物實驗方法
        2.2.3 病理實驗方法
        2.2.4 基于Graph Pad Prism6 的統(tǒng)計學(xué)分析
        2.2.5 實驗結(jié)果
        2.2.6 討論
    2.3 本章小結(jié)
第三章 基于GWAS數(shù)據(jù)分析LncRNA與 DN間的關(guān)聯(lián)性
    3.1 基于GWAS數(shù)據(jù)的分析
        3.1.1 GWAS數(shù)據(jù)獲取
        3.1.2 DN相關(guān)SNP數(shù)據(jù)獲取
        3.1.3 DN相關(guān)SNP的 GWAS數(shù)據(jù)分析
        3.1.4 基于GWAS數(shù)據(jù)的meta分析結(jié)果
    3.2 基于GEO數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)分析
        3.2.1 GEO數(shù)據(jù)庫簡介與數(shù)據(jù)下載
        3.2.2 chip-seq分析
        3.2.3 RNA-seq分析
        3.2.4 lnc-RNA分析
    3.3 討論
    3.4 本章小結(jié)
第四章 基于復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)的糖尿病腎病與LncRNA關(guān)聯(lián)性研究
    4.1 基因表達(dá)數(shù)據(jù)變化率計算
    4.2 節(jié)點連接規(guī)則建立
    4.3 LncRNA表達(dá)網(wǎng)絡(luò)的統(tǒng)計及拓?fù)涮卣?br>        4.3.1 稀疏性描述
        4.3.2 度分布描述
        4.3.3 平均路徑長度與聚集系數(shù)描述
        4.3.4 度相關(guān)性描述
    4.4 基于DN關(guān)鍵lncRNA節(jié)點的關(guān)聯(lián)性確立
        4.4.1 三種中心性分析
        4.4.2 樞紐lncRNA節(jié)點的確定
    4.5 本章小結(jié)
第五章 總結(jié)與展望
    5.1 研究工作總結(jié)
    5.2 展望
參考文獻(xiàn)
致謝
附錄


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]全基因組關(guān)聯(lián)研究在糖尿病慢性并發(fā)癥中的研究進(jìn)展[J]. 張素素,孫嘉,陳宏.  醫(yī)學(xué)綜述. 2017(20)
[2]糖尿病腎病遺傳機制研究現(xiàn)狀與研究策略[J]. 胡承.  中國實用內(nèi)科雜志. 2017(03)
[3]Long Non-coding RNAs and Their Biological Roles in Plants[J]. Xue Liu,Lili Hao,Dayong Li,Lihuang Zhu,Songnian Hu.  Genomics,Proteomics & Bioinformatics. 2015(03)
[4]Recent progress in the genetics of diabetic microvascular complications[J]. Yi-Cheng Chang,Emily Yun-Chia Chang,Lee-Ming Chuang.  World Journal of Diabetes. 2015(05)
[5]PubMed數(shù)據(jù)庫檢索系統(tǒng)及相關(guān)檢索方法[J]. 吳蓉,羨秋盛,劉一洋.  實用醫(yī)藥雜志. 2010(03)

博士論文
[1]基于復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)理論的高血壓相關(guān)基因分析[D]. 王歡.云南大學(xué) 2013
[2]基于生物網(wǎng)絡(luò)的疾病microRNA挖掘技術(shù)研究[D]. 蔣慶華.哈爾濱工業(yè)大學(xué) 2010



本文編號：3189328