以癌癥為代表的復(fù)雜疾病長期以來一直是困擾人類多年的難題,威脅著人類的生命安全。隨著各種不同組學(xué)的數(shù)據(jù)大量涌現(xiàn),癌癥相關(guān)的一系列課題取得了巨大的突破,為研究疾病復(fù)雜性與藥物治療提供了重要的機遇與挑戰(zhàn)�；蛐酒夹g(shù)是目前研究人類基因組的最強有力的工具,基因芯片數(shù)據(jù)分析已成為生物信息學(xué)的一個重要分支。通過比較疾病與基因表達(dá)調(diào)控間的關(guān)系,對比正常組織與癌癥組織表達(dá)譜的差異,可以更好地了解疾病發(fā)生的分子基礎(chǔ)。對系統(tǒng)性、針對性的癌癥標(biāo)記物研究,癌癥患者的個性化治療與精準(zhǔn)治療,起著非常關(guān)鍵的作用。在本篇論文中,特異性差異網(wǎng)絡(luò)（SSDN）有助于識別單樣本潛在的驅(qū)動基因。為了建立SSDN,我們首先需要建立SSN。而這一過程需要構(gòu)建參考網(wǎng)絡(luò),更需要考慮參考網(wǎng)絡(luò)中相關(guān)系數(shù)的一致性。參考網(wǎng)絡(luò)的選擇與差異網(wǎng)絡(luò)的建立在該方向的研究中至關(guān)重要。但是,由于癌癥病理的復(fù)雜性,目前尚未有有效的方法證實,基于不同標(biāo)準(zhǔn)的參考網(wǎng)絡(luò)與差異網(wǎng)絡(luò)能夠系統(tǒng)地對應(yīng),即參考網(wǎng)絡(luò)的選擇是否會影響差異網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建。本文從理論上證實了參考網(wǎng)絡(luò)相關(guān)系數(shù)的大小關(guān)系在以下兩種情況下是一致的:1、參考樣本數(shù)量非常大;2、參考樣本服從同一分布�；谶@一理論... 

【文章來源】：山東大學(xué)山東省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：56 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖１－１基因表達(dá)過程中的調(diào)控機理??構(gòu)建基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，可以借助基因芯片技術(shù)，揭示生物體基因組的表達(dá)調(diào)控??

山東大學(xué)碩士學(xué)位論文??參考網(wǎng)絡(luò)（圖３－１）。從患者（樣本Ａ：）的癌癥組織中獲得疾病樣本（＆）添加到??參考網(wǎng)絡(luò)中，得到擾動的疾病網(wǎng)絡(luò)（圖３－１Ａ）。通過計算擾動網(wǎng)絡(luò)和參考網(wǎng)絡(luò)不??同邊（基因?qū)Γ┲g的相關(guān)關(guān)系，獲得樣本灸的疾病網(wǎng)絡(luò)（圖３－１Ｂ），這一疾病??網(wǎng)絡(luò)也被稱為ＳＳＮ［２７】的疾病網(wǎng)絡(luò)。同時，從患者（樣本Ｇ的正常組織中獲得正??常樣本（＆）添加到參考網(wǎng)絡(luò)，用同樣的方法，能夠得到擾動的正常網(wǎng)絡(luò)（圖３－??１Ａ）和樣本的正常網(wǎng)絡(luò)（圖３－１Ｂ），這一正常網(wǎng)絡(luò)也被稱為ＳＳＮ的正常網(wǎng)絡(luò)。??其中，疾病樣本來自患者的腫瘤組織，正常樣本（對照樣本）來自同一患者的癌??旁組織。而疾病網(wǎng)絡(luò)和正常網(wǎng)絡(luò)之間的差異性很可能來自于與癌癥相關(guān)的基因。??如果兩個網(wǎng)絡(luò)之間的結(jié)構(gòu)發(fā)生明顯變化，那么引起這種變化的基因極有可能與癌??癥相關(guān)。相反地，如果基因在兩個網(wǎng)絡(luò)之間變化很小，則可能是與癌癥無關(guān)的基??因。因此，通過獲得疾病網(wǎng)絡(luò)和正常網(wǎng)絡(luò)之間的差異性，例如，若疾病網(wǎng)絡(luò)中的??邊（基因?qū)Γ┎辉谡＞W(wǎng)絡(luò)中，則保留這條邊，反之則刪除這條邊，這樣可以得??到樣本灸的特異性差異網(wǎng)絡(luò)（ｓａｍｐｌｅ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ?ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ?ｎｅｔｗｏｒｋ，簡記為ＳＳＤＮ）。??？?ＳＳＮ：?ｓａｍｐｌｅ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ?ｉｉｅｔｗｏｒｉｃ?ｉ??＇丨一＾－＾＼?ｉ?ＳＳＤＮ：?ｓａｍｐｌｅ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ?ｄｉｔＴａ－ｅｎｔｉａｌ?ｎｅｔｗｏｒｋ?Ｊ??Ｉｎｄｉｖｉｄｕａｌ?ｄｉ＞ｃａｓｃ?ｖａｍｐｌｅ＾?Ｓ?ｉ?＼??！，謂一ｉｇ翻卜??＿■■驪??ＰｅｒＪｕｒｂｔｄｄｉｗａｖｃ?ｉ?廣）二、、——１??〇?ｔ??ＳａｍｐｉｅＳ．?＾

山東大學(xué)碩士學(xué)位論文??１Ａ）。這說明參考網(wǎng)路的分布差異越大，單樣本相關(guān)系數(shù)的一致性就越低。圖４－??１Ｂ和圖４－１Ｃ也有相同的趨勢。對于兩個參考網(wǎng)絡(luò)，均由＾＝１和５＝１的正態(tài)分布??產(chǎn)生，且樣本數(shù)量為１００－１０００時，一致性比例為９５．６４％?（圖４－１Ａ），當(dāng)樣本數(shù)??增至１０００－１００００時，一致性比例為９９．３％（圖４－１Ｂ），當(dāng)樣本數(shù)增至１００００－１０００００??時，一致性比例增至９９．６４％?（圖４－１Ｃ）。這表明，隨著樣本數(shù)量的逐漸増多時，??＆ＰＣＣ的一致性比例也在逐漸升高。??１?＾?ｇＰｆｃｌ?－?＾??錐?ａｒ２?ｊｓ＝３?ｉｉ＂Ａ?Ｈ＇?＾?＾??參考釋絡(luò)的均懷?ｍ?參考鱷絡(luò)的均ｓ??６＊２參考羯＾纖Ｓ?Ｕ００，＿?６＊！參考觸翁賴為Ｉ職１觸??Ｃ??ｆ?，?＾１＃ｌｌ?ｓ??丨欄Ｊ??ｒｆ?ＯＪ??ｉＰ＝ｌ?ｓｉ＝２?ｐ＊３?ｆｊｓｓ４??＾?ｍｍｍｍ??Ｓ＝１費考舜絡(luò)的結(jié)獨為丨１０００３４孩ＨＸＳ】??圖４－１隨機生成不同均值的正態(tài)分布??兩個參考網(wǎng)絡(luò)由不同分布產(chǎn)生時（正態(tài)分布，均勾分布，泊松分布，幾何分??布），也能得到相同結(jié)論（圖４－２）。例如，當(dāng)兩個參考網(wǎng)絡(luò)樣本數(shù)為１００－１０００，??且都由正態(tài)分布產(chǎn)生時，一致性比例為９５．５８％?（圖４－２Ａ）。當(dāng)參考網(wǎng)絡(luò)樣本數(shù)為??１００－１０００，分別由正態(tài)分布和均勻分布產(chǎn)生時，一致性比例為５６．２３％（圖４－２Ａ）。??當(dāng)參考網(wǎng)絡(luò)樣本數(shù)為１００－１０００，分別由正態(tài)分布和泊松分布產(chǎn)生時，一致性比例??為１０．２３％?（圖４－２Ａ）。當(dāng)參考網(wǎng)絡(luò)樣本數(shù)為１００－１０００，分別由正態(tài)分布和幾何分??布產(chǎn)生時，一致


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