本文關鍵詞：馬氏珠母貝生長與生物礦化相關基因的SNP標記開發(fā)，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

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試談馬氏珠母貝生長與生物礦化相關基因的SNP標記開發(fā)-標準論文格式范例

摘要：馬氏珠母貝(Pinetada martensii Dunker)是我國主要的海水珍珠生產(chǎn)貝類。提升育珠貝的生長性狀(如殼高,殼寬和殼厚、殼重和總重)和珍珠質(zhì)分泌性狀(如珍珠層厚度、珍珠質(zhì)量等)是馬氏珠母貝遺傳改良的首要目標。而篩選與生長以及珍珠質(zhì)分泌性狀顯著關聯(lián)的分子標記,用于輔助選擇,是馬氏珠母貝生長和育珠性狀進行有效選擇的高效而可靠的手段與途徑。在探討對策上,利用畜禽等農(nóng)業(yè)動物育種中功能強大的篩選淺析候選基因的“整合信息學對策”原理,系統(tǒng)淺析我們建立和獲得的馬氏珠母貝ESTs序列。篩選與生長性狀關聯(lián)的、潛在的候選QTL Gene以及己知生物礦化基因,利用擴增重測序技術,檢測其上的單核苷酸多態(tài)性(SNP)位點,開發(fā)SNP標記;并在馬氏珠母貝野生群體和家系中檢測其遺傳特性和遺傳方式,進而在分離群體中檢測與生長和珍珠質(zhì)分泌性狀相關的SNP標記,達到輔助選育的目的。此外由于其在基因組中分布的豐富性和同一位點雙等位基因的優(yōu)點可使遺傳作圖更加精細。基于SNP的連鎖圖譜不僅增加了標記密度,提供與豐富基因聯(lián)系的物理圖譜,以而有利于遺傳圖譜和物理圖譜的整合;而且為數(shù)量性狀基因座和定位候選基因鑒定提供了精細圖。本探討對馬氏珠母貝的EST數(shù)據(jù)庫進行生物信息學淺析,獲得與生長性狀關聯(lián)的、潛在的候選QTL Gene或片段,以及已知生物礦化基因序列；據(jù)此設計引物174對。在馬氏珠母貝6個不同地理群體的12個個體中進行擴增和擴增產(chǎn)物重測序,apgn淺析測得的序列,在總計33Kb的馬氏珠母貝測序基因組中,通過淺析推斷出354個SNP位點,平均每94bp發(fā)現(xiàn)一個SNP位點。在所有位點中選擇40個SNP位點,針對每個SNP位點設計前后端引物,其中27對引物擴增后在聚丙烯酰胺凝膠上呈現(xiàn)單一條帶。為這27個SNP位點設計目標SNP位點居中,長度為20-35bp的探針。PCR反應后,用非標記探針高分辨率溶解曲線(HRM)的策略檢測SNP的基因型。在三個馬氏珠母貝野生群體(popl：2003年采自三亞亞龍灣,pop2：2009年采自三亞安游,pop3：2010年采自三亞南山,每個群體n=48)和一個家系(n=48)中,17個SNP標記獲得穩(wěn)定的基因型數(shù)據(jù)。其中一個標記為單態(tài),其余16個標記呈多態(tài)。16個多態(tài)位點中,位點act在三個野生群體中都顯著偏離HWE,位點pris-2在第一和第二個群體中顯著偏

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試談馬氏珠母貝生長與生物礦化相關基因的SNP標記開發(fā)-標準論文格式范例(2)

離HWE,位點mec-7a在第二、三個群體顯著偏離HWE,位點hsp-1在第一個群體中顯著偏離HWE(P0.05并經(jīng)Bonferroni多重比較校正)。其中位點act和mec-7a在偏離的群體中均呈現(xiàn)顯著地雜合子過剩(P0.01)。而位點act和pris-2在偏離的群體中均呈現(xiàn)顯著的雜合子缺失(P0.01)。這些位點可能主要受到選擇壓力。16個位點在3個野生群體的絕大部分個體中都能正常擴增,且三個群體的整體平均Fst僅為0.0048。說明16個位點上三個群體間的遺傳差別不顯著。16個多態(tài)位點中除兩個位點(mec-7b和ben-1)外,在馬氏珠母貝家系中均有分離。14個分離中,ddx-23和hsp-1兩個位點顯著偏離孟德爾遺傳分離比(P0.05)。顯示這兩個位點受到選擇壓力。鑒于所有的SNP位點來源于與生長發(fā)育基因相關的ESTs序列和貝類生物礦化以及珍珠質(zhì)蛋白基因,對這些位點進一步的與相關性狀的關聯(lián)淺析以及在遺傳連鎖圖譜上的定位和QTL淺析都將揭示它們所在基因功能及其作用方式。為馬氏珠母貝分子標記輔助育種以及功能基因的相關探討奠定基礎。 關鍵詞：馬氏珠母貝