本文關(guān)鍵詞：馬氏珠母貝生長與生物礦化相關(guān)基因的SNP標(biāo)記開發(fā)，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

《海南大學(xué)》 2012年

馬氏珠母貝生長與生物礦化相關(guān)基因的SNP標(biāo)記開發(fā)

張楠  

【摘要】：馬氏珠母貝(Pinetada martensii Dunker)是我國主要的海水珍珠生產(chǎn)貝類。提高育珠貝的生長性狀(如殼高,殼寬和殼厚、殼重和總重)和珍珠質(zhì)分泌性狀(如珍珠層厚度、珍珠質(zhì)量等)是馬氏珠母貝遺傳改良的首要目標(biāo)。而篩選與生長以及珍珠質(zhì)分泌性狀顯著關(guān)聯(lián)的分子標(biāo)記,用于輔助選擇,是馬氏珠母貝生長和育珠性狀進(jìn)行有效選擇的高效而可靠的手段與途徑。在研究策略上,利用畜禽等農(nóng)業(yè)動物育種中功能強(qiáng)大的篩選分析候選基因的“整合信息學(xué)策略”原理,系統(tǒng)分析我們建立和獲得的馬氏珠母貝ESTs序列。篩選與生長性狀關(guān)聯(lián)的、潛在的候選QTL Gene以及己知生物礦化基因,利用擴(kuò)增重測序技術(shù),檢測其上的單核苷酸多態(tài)性(SNP)位點,開發(fā)SNP標(biāo)記;并在馬氏珠母貝野生群體和家系中檢測其遺傳特性和遺傳模式,進(jìn)而在分離群體中檢測與生長和珍珠質(zhì)分泌性狀相關(guān)的SNP標(biāo)記,達(dá)到輔助選育的目的。此外由于其在基因組中分布的豐富性和同一位點雙等位基因的優(yōu)點可使遺傳作圖更加精細(xì)。基于SNP的連鎖圖譜不僅增加了標(biāo)記密度,提供與豐富基因聯(lián)系的物理圖譜,從而有利于遺傳圖譜和物理圖譜的整合;而且為數(shù)量性狀基因座和定位候選基因鑒定提供了精細(xì)圖。 本研究對馬氏珠母貝的EST數(shù)據(jù)庫進(jìn)行生物信息學(xué)分析,獲得與生長性狀關(guān)聯(lián)的、潛在的候選QTL Gene或片段,以及已知生物礦化基因序列；據(jù)此設(shè)計引物174對。在馬氏珠母貝6個不同地理群體的12個個體中進(jìn)行擴(kuò)增和擴(kuò)增產(chǎn)物重測序,align分析測得的序列,在總計33Kb的馬氏珠母貝測序基因組中,通過分析推斷出354個SNP位點,平均每94bp發(fā)現(xiàn)一個SNP位點。在所有位點中選擇40個SNP位點,針對每個SNP位點設(shè)計前后端引物,其中27對引物擴(kuò)增后在聚丙烯酰胺凝膠上呈現(xiàn)單一條帶。為這27個SNP位點設(shè)計目標(biāo)SNP位點居中,長度為20-35bp的探針。PCR反應(yīng)后,用非標(biāo)記探針高分辨率溶解曲線(HRM)的方法檢測SNP的基因型。在三個馬氏珠母貝野生群體(popl：2003年采自三亞亞龍灣,pop2：2009年采自三亞安游,pop3：2010年采自三亞南山,每個群體n=48)和一個家系(n=48)中,17個SNP標(biāo)記獲得穩(wěn)定的基因型數(shù)據(jù)。其中一個標(biāo)記為單態(tài),其余16個標(biāo)記呈多態(tài)。16個多態(tài)位點中,位點act在三個野生群體中都顯著偏離HWE,位點pris-2在第一和第二個群體中顯著偏離HWE,位點mec-7a在第二、三個群體顯著偏離HWE,位點hsp-1在第一個群體中顯著偏離HWE(P0.05并經(jīng)Bonferroni多重比較校正)。其中位點act和mec-7a在偏離的群體中均呈現(xiàn)顯著地雜合子過剩(P0.01)。而位點act和pris-2在偏離的群體中均呈現(xiàn)顯著的雜合子缺失(P0.01)。這些位點可能主要受到選擇壓力。16個位點在3個野生群體的絕大部分個體中都能正常擴(kuò)增,且三個群體的整體平均Fst僅為0.0048。說明16個位點上三個群體間的遺傳差異不顯著。 16個多態(tài)位點中除兩個位點(mec-7b和ben-1)外,在馬氏珠母貝家系中均有分離。14個分離中,ddx-23和hsp-1兩個位點顯著偏離孟德爾遺傳分離比(P0.05)。顯示這兩個位點受到選擇壓力。鑒于所有的SNP位點來源于與生長發(fā)育基因相關(guān)的ESTs序列和貝類生物礦化以及珍珠質(zhì)蛋白基因,對這些位點進(jìn)一步的與相關(guān)性狀的關(guān)聯(lián)分析以及在遺傳連鎖圖譜上的定位和QTL分析都將揭示它們所在基因功能及其作用模式。為馬氏珠母貝分子標(biāo)記輔助育種以及功能基因的相關(guān)研究奠定基礎(chǔ)。

【關(guān)鍵詞】：
【學(xué)位授予單位】：海南大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2012
【分類號】：S917.4
【目錄】：

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【引證文獻(xiàn)】

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4 何毛賢;;馬氏珠母貝生長定向選擇進(jìn)展[A];中國動物學(xué)會、中國海洋湖沼學(xué)會貝類學(xué)會分會第十四次學(xué)會研討會論文摘要匯編[C];2009年

5 賓承勇;余祥勇;王梅芳;豆偉;;以曙紅Y檢測馬氏珠母貝活精率的方法研究[A];中國動物學(xué)會、中國海洋湖沼學(xué)會貝類學(xué)會分會第十四次學(xué)會研討會論文摘要匯編[C];2009年

6 鄭惠娜;章超樺;吉洪武;曹文紅;秦小明;劉書成;;馬氏珠母貝高F值寡肽初步分離純化及氨基酸組成分析[A];“食品加工與安全”學(xué)術(shù)研討會暨2010年廣東省食品學(xué)會年會論文集[C];2010年

7 趙曉霞;鄧岳文;杜曉東;王慶恒;黃榮蓮;;利用微衛(wèi)星標(biāo)記分析馬氏珠母貝4個養(yǎng)殖群體遺傳結(jié)構(gòu)[A];漁業(yè)科技創(chuàng)新與發(fā)展方式轉(zhuǎn)變——2011年中國水產(chǎn)學(xué)會學(xué)術(shù)年會論文摘要集[C];2011年

8 陳秀麗;;溫度對馬氏珠母貝氮磷排放和礁膜對氮磷吸收的影響[A];2010年中國水產(chǎn)學(xué)會學(xué)術(shù)年會論文摘要集[C];2011年

9 王愛民;石耀華;吳星;;四種防治馬氏珠母貝多毛類寄生病方法的比較[A];貝類學(xué)會第七次會員代表大會暨第十一次學(xué)術(shù)討論會摘要[C];2003年

10 王梅芳;余祥勇;賓承勇;豆偉;萬正平;李詠梅;;馬氏珠母貝(Pinctada martensii)育珠細(xì)胞小片和珠核處理技術(shù)研究[A];2010年中國水產(chǎn)學(xué)會學(xué)術(shù)年會論文摘要集[C];2011年

中國重要報紙全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 記者 韓倩;[N];北海日報;2010年

2 記者 袁琳　通訊員 畢朝斌;[N];廣西日報;2010年

3 湛江海洋大學(xué)珍珠研究室 余祥水 葉富良;[N];中國鄉(xiāng)鎮(zhèn)企業(yè)報;2001年

4 廣日;[N];中國質(zhì)量報;2010年

5 范翔宇;[N];北海日報;2010年

6 文萍 劉浦生;[N];市場報;2003年

7 記者龐 漢 通訊員龐彩偉;[N];中國質(zhì)量報;2004年

8 本報記者 周化嵐 通訊員 黃平 李萍;[N];中國稅務(wù)報;2001年

9 ;[N];中國礦業(yè)報;2004年

10 秦雨;[N];農(nóng)民日報;2003年

中國博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前3條

1 王愛民;馬氏珠母貝生長相關(guān)雜種優(yōu)勢和EST序列分析[D];上海海洋大學(xué);2011年

2 紀(jì)麗麗;基于食源藻傳遞的咪唑羧酸配合物對珍珠層致色研究[D];東華大學(xué);2014年

3 馮政夫;櫛孔扇貝Cf-dmrt4-like基因的克隆、表達(dá)及功能分析[D];中國海洋大學(xué);2010年

中國碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 賓承勇;馬氏珠母貝精子質(zhì)量檢測與評價方法的研究[D];廣東海洋大學(xué);2010年

2 李志敏;利用木糖葡萄球菌和植物乳桿菌進(jìn)行液體發(fā)酵改良馬氏珠母貝酶法提取物的風(fēng)味研究[D];廣東海洋大學(xué);2010年

3 逯云召;金屬離子對馬氏珠母貝珍珠層顏色和金屬硫蛋白基因表達(dá)的影響[D];廣東海洋大學(xué);2012年

4 安靜波;馬氏珠母貝富硒蛋白的生物構(gòu)建及抗氧化活性初探[D];廣東海洋大學(xué);2013年

5 豆偉;馬氏珠母貝精子質(zhì)量檢測方法的研究[D];廣東海洋大學(xué);2011年

6 馬孝甜;蝦青素對馬氏珠母貝的影響研究[D];廣東海洋大學(xué);2012年

7 汪歡;馬氏珠母貝皮連蛋白基因和Toll樣受體基因的克隆與功能研究[D];廣東海洋大學(xué);2012年

8 甘凱;馬氏珠母貝生理能量學(xué)研究[D];海南大學(xué);2013年

9 紀(jì)麗麗;基于鈷配合物干預(yù)下的馬氏珠母貝優(yōu)質(zhì)珍珠培育過程研究[D];廣東海洋大學(xué);2010年

10 柯盛;流沙灣底棲貝類生物多樣性與馬氏珠母貝的養(yǎng)殖容量研究[D];廣東海洋大學(xué);2010年

  本文關(guān)鍵詞：馬氏珠母貝生長與生物礦化相關(guān)基因的SNP標(biāo)記開發(fā)，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

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本文編號：209618