本文關(guān)鍵詞：核黃素及核黃素結(jié)合蛋白對(duì)擬南芥抗病抗逆調(diào)控作用的初步研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

《華中農(nóng)業(yè)大學(xué)》 2013年

胡蘿卜軟腐果膠桿菌代謝網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建及殺菌劑靶標(biāo)初篩

王成  

【摘要】：胡蘿卜軟腐果膠桿菌是一種強(qiáng)致病性革蘭氏陰性植物致病菌,通過(guò)分泌果膠酶、纖維素酶、蛋白酶等酶系降解植物的維管束細(xì)胞,導(dǎo)致植物罹患軟腐病。胡蘿卜軟腐果膠桿菌胡蘿卜亞種PC1菌株(Pectobacterium carotovorum PC1, Pct)的宿主范圍分布廣泛,造成了該菌種難以根治的局面,每年都帶來(lái)巨大的農(nóng)業(yè)經(jīng)濟(jì)損失。由于缺少專一性的殺菌劑,目前針對(duì)植物軟腐病仍主要采用預(yù)防為主的手段。全基因組代謝網(wǎng)絡(luò)集合了多種類型的數(shù)據(jù),可以將基因型和表型結(jié)合起來(lái),從組學(xué)的角度探究胡蘿卜軟腐果膠桿菌的代謝形式,挖掘有用的殺菌劑靶標(biāo)。本文從模式物種大腸桿菌的最新版代謝網(wǎng)絡(luò)iJO1366出發(fā),采用同源基因映射的方法,獲得目的菌種的代謝網(wǎng)絡(luò)草圖。之后結(jié)合基因組信息、KAAS細(xì)菌基因組重注釋信息、理化實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)以及文獻(xiàn)信息,成功構(gòu)建了胡蘿卜軟腐果膠桿菌胡蘿卜亞種PC1菌株的全基因組代謝網(wǎng)絡(luò)模型,并命名為iPC1209。該模型共含有2235個(gè)代謝反應(yīng),以及1113種化合物。對(duì)模型的1209個(gè)基因和2235個(gè)代謝反應(yīng)按照功能進(jìn)行分類后顯示,本文所構(gòu)建的代謝網(wǎng)絡(luò)模型iPC1209基本上涵蓋了細(xì)胞所必需的代謝反應(yīng)。我們還通過(guò)細(xì)胞表型芯片實(shí)驗(yàn)對(duì)模型的C、N、P、S源的代謝情況進(jìn)行驗(yàn)證,在184個(gè)營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)中有149個(gè)化合物的計(jì)算機(jī)模擬情況與實(shí)驗(yàn)結(jié)果相符,顯示該模型的準(zhǔn)確性為81%,具有一定的應(yīng)用價(jià)值。此外,我們還對(duì)胡蘿卜軟腐果膠桿菌與大腸桿菌、鼠傷寒沙門氏菌、肺炎克雷伯氏菌的細(xì)胞表型進(jìn)行比較,揭示了四種不同腸桿菌屬細(xì)菌的異同,并在模型iPC1209中整合了細(xì)菌毒力因子的代謝信息。我們通過(guò)對(duì)模型進(jìn)行必需基因的模擬篩選,采用一系列的篩選條件,從152個(gè)必需基因出發(fā)篩選得到了19個(gè)潛在的殺菌劑靶標(biāo)。最后,我們對(duì)模型進(jìn)行了合成致死基因?qū)Ψ治?為后續(xù)研發(fā)多靶標(biāo)藥物提供了先手資料。

【關(guān)鍵詞】：
【學(xué)位授予單位】：華中農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2013
【分類號(hào)】：S436.31
【目錄】：

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【共引文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前4條

1 Vladislav V.Khrustalev;Eugene V.Barkovsky;;Study of Completed Archaeal Genomes and Proteomes:Hypothesis of Strong Mutational AT Pressure Existed in Their Common Predecessor[J];Genomics Proteomics & Bioinformatics;2010年01期

2 耿昭輝;郝彤;馬紅武;;外部代謝物模擬在代謝工程中的應(yīng)用指導(dǎo)[J];化學(xué)工業(yè)與工程;2013年06期

3 劉嶸明;梁麗亞;吳明科;姜岷;;微生物發(fā)酵生產(chǎn)丁二酸研究進(jìn)展[J];生物工程學(xué)報(bào);2013年10期

4 ;Development of pyrF-based gene knockout systems for genome-wide manipulation of the archaea Haloferax mediterranei and Haloarcula hispanica[J];遺傳學(xué)報(bào);2011年06期

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1 李興江;秸稈五、六碳糖共發(fā)酵產(chǎn)琥珀酸的菌株分離、選育及代謝研究[D];合肥工業(yè)大學(xué);2009年

2 鄧本良;核黃素及核黃素結(jié)合蛋白對(duì)擬南芥抗病抗逆調(diào)控作用的初步研究[D];南京農(nóng)業(yè)大學(xué);2012年

3 李鵬;副豬嗜血桿菌分子流行病學(xué)及其OMP-P2基因抗原性與檢測(cè)技術(shù)研究[D];南京農(nóng)業(yè)大學(xué);2011年

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1 張鳳云;青花菜軟腐病病程的cDNA-AFLP差異表達(dá)分析[D];福建農(nóng)林大學(xué);2013年

2 許建華;MD-2模擬肽在RAW264.7細(xì)胞膜上相互作用蛋白的釣取及篩選鑒定[D];第三軍醫(yī)大學(xué);2013年

3 靳欣欣;肝素連接苯丙氨酸血液凈化材料去除內(nèi)毒素的研究[D];重慶大學(xué);2013年

4 韓雅寧;合成不同結(jié)構(gòu)類脂A分子的大腸桿菌的構(gòu)建[D];江南大學(xué);2013年

5 劉婷;樹干畢赤酵母基因組規(guī)模代謝網(wǎng)絡(luò)模型構(gòu)建及應(yīng)用[D];江南大學(xué);2013年

6 胡曉攀;細(xì)菌蛋白質(zhì)組成的氨基酸代謝流量分析[D];華中農(nóng)業(yè)大學(xué);2013年

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1 宋東明,明其敏,王金渠;5-氯-2-甲基異噻唑酮-3合成研究[J];精細(xì)石油化工;1995年04期

2 李健強(qiáng);張桂火;;大麥種子寄藏真菌檢驗(yàn)及殺菌劑消毒處理效果(簡(jiǎn)報(bào))[J];北京農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào);1995年04期

3 王伯華;王正中;邵尚琪;;植物病害使用殺菌劑的技術(shù)與效應(yīng)[J];江蘇農(nóng)藥;1995年03期

4 原根明,常新鎖;殺菌劑雙C_(8～10)烷基二甲基氯化銨的合成[J];山西化工;1997年01期

5 黃根深,劉愛(ài)勤,張翠玲;香草蘭白絹病的初步研究[J];熱帶作物學(xué)報(bào);1999年04期

6 劉燕黔,袁潔,楊學(xué)輝;新殺菌劑5%廣枯靈水劑對(duì)稻瘟病菌的室內(nèi)毒力測(cè)定[J];云南農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào);2000年03期

7 ;美EPA中止使用殺菌劑苯菌靈[J];農(nóng)藥市場(chǎng)信息;2002年22期

8 王春萍;張艷云;胡偉建;;植物殺蟲、殺菌劑在保護(hù)地中的應(yīng)用[J];農(nóng)村科學(xué)實(shí)驗(yàn);2002年03期

9 蔣家珍,吳學(xué)名,趙美琦,王維波,肖杰,王成菊;19種殺菌劑對(duì)鐮刀菌的毒力測(cè)定及應(yīng)用分析[J];廣東農(nóng)業(yè)科學(xué);2004年02期

10 李曉軍,陰啟忠,徐穎,曲健祿,張勇;各種藥劑防治棗果漿爛病對(duì)比試驗(yàn)[J];河北果樹;2004年04期

中國(guó)重要會(huì)議論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

1 朱茂山;關(guān)天舒;呂振環(huán);;十三種殺菌劑對(duì)百合枯萎病菌的室內(nèi)毒力測(cè)定[A];中國(guó)植物病理學(xué)會(huì)2010年學(xué)術(shù)年會(huì)論文集[C];2010年

2 關(guān)天舒;趙奎華;劉長(zhǎng)遠(yuǎn);梁春浩;王輝;李柏宏;;不同殺菌劑對(duì)辣椒疫病菌室內(nèi)抑菌活性測(cè)定[A];中國(guó)植物病理學(xué)會(huì)2010年學(xué)術(shù)年會(huì)論文集[C];2010年

3 周偉生;張磊;于瑞香;;工業(yè)水處理中常用殺菌劑綜述[A];中國(guó)精細(xì)化工協(xié)會(huì)第二屆水處理化學(xué)品行業(yè)年會(huì)論文集[C];2006年

4 陳磊;朱書生;李健強(qiáng);劉西莉;;黃瓜疫霉菌對(duì)三種羧酸酰胺類殺菌劑的敏感基線的建立及抗藥性分子機(jī)制初探[A];中國(guó)植物病理學(xué)會(huì)2010年學(xué)術(shù)年會(huì)論文集[C];2010年

5 李宇;;對(duì)影響殺菌劑殺菌效果因素的探索[A];首屆中國(guó)獸藥大會(huì)——獸醫(yī)生物制品學(xué)、獸醫(yī)微生物學(xué)學(xué)術(shù)論壇論文集（2008）[C];2008年

6 李宇;;對(duì)影響殺菌劑殺菌效果因素的探索[A];首屆中國(guó)獸藥大會(huì)動(dòng)物藥品學(xué)暨中國(guó)畜牧獸醫(yī)學(xué)會(huì)動(dòng)物藥品學(xué)分會(huì)2008學(xué)術(shù)年會(huì)論文集[C];2008年

7 王樹林;杜海英;;幾種殺菌劑對(duì)棉花黃萎病及其產(chǎn)量的影響[A];中國(guó)棉花學(xué)會(huì)2009年年會(huì)論文匯編[C];2009年

8 宋玉立;楊共強(qiáng);何文蘭;;3種殺菌劑對(duì)小麥白粉病的防治效果[A];河南省植保學(xué)會(huì)第八次、河南省昆蟲學(xué)會(huì)第七次、河南省植病學(xué)會(huì)第二次會(huì)員代表大會(huì)暨學(xué)術(shù)討論會(huì)論文集[C];2005年

9 陳云平;;不同殺菌劑防治蘆筍莖枯病的田間藥效試驗(yàn)[A];華東地區(qū)農(nóng)學(xué)會(huì)學(xué)術(shù)年會(huì)暨福建省科協(xié)第七屆學(xué)術(shù)年會(huì)農(nóng)業(yè)分會(huì)場(chǎng)論文集[C];2007年

10 耿貴工;;薯菌清等藥劑對(duì)馬鈴薯晚疫病菌的室內(nèi)毒力測(cè)定[A];科技創(chuàng)新與綠色植�！袊�(guó)植物保護(hù)學(xué)會(huì)2006學(xué)術(shù)年會(huì)論文集[C];2006年

中國(guó)重要報(bào)紙全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

1 饒興鶴;[N];中國(guó)化工報(bào);2011年

2 滄縣農(nóng)業(yè)局 張明軍;[N];河北科技報(bào);2011年

3 特約記者 張為農(nóng);[N];農(nóng)資導(dǎo)報(bào);2008年

4 隆化縣農(nóng)廣校 馬占穩(wěn);[N];承德日?qǐng)?bào);2010年

5 柏愛(ài)春　顧正山;[N];中國(guó)工商報(bào);2011年

6 本報(bào)記者 王雅萍;[N];河南科技報(bào);2009年

7 黃珊;[N];中國(guó)化工報(bào);2008年

8 鄭重;[N];中華合作時(shí)報(bào);2001年

9 王小波;[N];湖南科技報(bào);2009年

10 ;[N];農(nóng)資導(dǎo)報(bào);2011年

中國(guó)博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

1 許學(xué)明;煙草黑脛病菌對(duì)六種殺菌劑的抗性測(cè)定及抗甲霜靈機(jī)制的初步研究[D];山東農(nóng)業(yè)大學(xué);2007年

2 王龍根;氰基丙烯酸衍生物的合成與生物活性研究[D];南京工業(yè)大學(xué);2004年

3 周偉生;反滲透膜用藥劑的制備及其性能研究[D];天津工業(yè)大學(xué);2007年

4 黃大野;基于微管蛋白靶標(biāo)的幾種蔬菜主要病原真菌耐藥性與抗藥性機(jī)理的研究[D];沈陽(yáng)農(nóng)業(yè)大學(xué);2012年

5 陳懷谷;小麥全蝕病菌的遺傳組成和病害的防治技術(shù)研究[D];南京農(nóng)業(yè)大學(xué);2012年

6 吐松;鈀催化合成2-羰基取代茚衍生物及其在合成新型殺菌劑中的應(yīng)用[D];大連理工大學(xué);2006年

7 張樂(lè);噻二唑類殺菌劑對(duì)大鼠甲狀腺干擾作用研究[D];浙江大學(xué);2009年

8 趙培亮;新型Strobilurins衍生物的設(shè)計(jì)、合成及生物活性研究[D];華中師范大學(xué);2008年

9 曹秀芳;γ-芳基取代手性三唑類殺菌劑的合成、表征及生物活性研究[D];華中師范大學(xué);2009年

10 劉祖明;新型甲氧基丙烯酸酯類衍生物的合成及殺菌活性研究[D];華中師范大學(xué);2008年

中國(guó)碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

1 王成;胡蘿卜軟腐果膠桿菌代謝網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建及殺菌劑靶標(biāo)初篩[D];華中農(nóng)業(yè)大學(xué);2013年

2 畢秋艷;二元?dú)⒕鷦⿵?fù)配增效機(jī)理初探[D];河北農(nóng)業(yè)大學(xué);2010年

3 肖捷;含氟酰胺類農(nóng)用殺菌劑的合成研究[D];天津大學(xué);2012年

4 陸翠軍;高效安全殺菌劑肟菌酯的合成[D];浙江工業(yè)大學(xué);2011年

5 彭好翌;常用殺菌劑及其組合劑對(duì)辣椒兩種炭疽病菌的離體抑制效果研究[D];湖南農(nóng)業(yè)大學(xué);2010年

6 張陸偉;三種殺菌劑對(duì)日本青鳉（Oryzias Latipes）的生態(tài)毒性初步研究[D];新疆農(nóng)業(yè)大學(xué);2013年

7 劉慶順;甲基立枯磷及其復(fù)配制劑防治土傳病害應(yīng)用技術(shù)研究[D];山東農(nóng)業(yè)大學(xué);2004年

8 廖啟豐;新型亞烷基雙季鏻鹽殺菌劑的合成及應(yīng)用研究[D];廣東工業(yè)大學(xué);2012年

9 鮑靜;四種殺菌劑對(duì)蘋果連作土壤及幼樹生長(zhǎng)的影響[D];山東農(nóng)業(yè)大學(xué);2012年

10 薛超;新型代森類殺菌劑丙森鋅的合成及其制劑研究[D];西北農(nóng)林科技大學(xué);2005年

  本文關(guān)鍵詞：核黃素及核黃素結(jié)合蛋白對(duì)擬南芥抗病抗逆調(diào)控作用的初步研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

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