本文關(guān)鍵詞：作物分子身份證構(gòu)建軟件ID analysis的編制

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【摘要】：【目的】以作物品種或資源的SSR分子標(biāo)記為基礎(chǔ)數(shù)據(jù),應(yīng)用Visual Basic6.0開(kāi)發(fā)作物分子身份證構(gòu)建配套軟件ID analysis,快速準(zhǔn)確地篩選引物組合并高效鑒定品種�！痉椒ā孔魑锓肿由矸葑C理論由陳慶山提出,其原理是利用SSR標(biāo)記在材料中的多態(tài)性特點(diǎn),將多個(gè)標(biāo)記進(jìn)行排列組合,快速有效地區(qū)分品種資源的算法——逐步擴(kuò)增法。通過(guò)對(duì)40份黑龍江省大豆品種的40對(duì)引物數(shù)據(jù)進(jìn)行分子身份證構(gòu)建,闡述該軟件的詳細(xì)操作過(guò)程�！窘Y(jié)果】利用Visual Basic6.0編程軟件設(shè)計(jì)人機(jī)交互界面,通過(guò)編程實(shí)現(xiàn)核心算法,開(kāi)發(fā)ID analysis軟件,軟件集成全庫(kù)構(gòu)建、部分構(gòu)建、ID判定、數(shù)據(jù)合并等功能。其中,全庫(kù)構(gòu)建是軟件的核心功能,通過(guò)全庫(kù)構(gòu)建可以快速分析區(qū)分材料的最少標(biāo)記;部分構(gòu)建可以選擇部分目標(biāo)材料進(jìn)行區(qū)分;ID判定可以在分子身份證數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建完成的前提下,對(duì)未知材料進(jìn)行SSR分析,根據(jù)獲得的分子身份證數(shù)據(jù)來(lái)確定材料是哪個(gè)品種或近似品種;數(shù)據(jù)合并功能可以將多次試驗(yàn)數(shù)據(jù)整合成一個(gè)數(shù)據(jù)集。利用軟件全庫(kù)構(gòu)建功能對(duì)范例數(shù)據(jù)進(jìn)行分析得到以下結(jié)果:1在40對(duì)引物對(duì)40個(gè)大豆品種的分子身份證構(gòu)建中,共有13個(gè)引物由于缺失過(guò)多,不符合標(biāo)準(zhǔn)被剔除,剔除引物為:Sat_111、Sat_218、Satt231、Satt685、Satt514、Satt551、Satt077、Satt358、Satt424、Satt100、Satt838、Satt893和Satt891。2共有6個(gè)引物由于與其他引物相似系數(shù)過(guò)高,不符合標(biāo)準(zhǔn)被剔除,剔除引物為:Satt253、Satt192、Satt417、Sat_229、Satt127和Satt496。3在分析的40個(gè)品種中,共有5個(gè)品種具有7個(gè)特異等位基因,分別為引物Satt516在材料東農(nóng)36中顯示特異條帶3;引物Satt253在材料東農(nóng)36中顯示特異條帶1;引物Sat_229在材料嫩豐17中顯示特異條帶1;引物Satt192在材料東農(nóng)42中顯示特異條帶3;引物Satt206在材料北豐19中顯示特異條帶1;引物Satt244在材料北豐19中顯示特異條帶4;引物Satt363在材料黑河14中顯示特異條帶1,因此,可以通過(guò)這些特異等位基因直接確定需要鑒定的品種。4僅需7對(duì)引物便可將40份大豆品種完全區(qū)分開(kāi),引物組合為:Satt398、Satt380、Satt453、Satt288、Satt244、Sat_092和Satt206�！窘Y(jié)論】編制了用于作物分子身份證構(gòu)建的軟件ID analysis,軟件界面友好、使用簡(jiǎn)便、高效、靈活。實(shí)現(xiàn)單個(gè)軟件完成作物分子身份證的構(gòu)建,達(dá)到了對(duì)資源品種鑒定的目的。隨著技術(shù)的發(fā)展和毛細(xì)管電泳的應(yīng)用,開(kāi)發(fā)全自動(dòng)分子身份證分析系統(tǒng)甚至開(kāi)發(fā)基于分子身份證理論的快速資源鑒定儀將成為可能。
【作者單位】： 東北農(nóng)業(yè)大學(xué)農(nóng)學(xué)院;黑龍江省農(nóng)墾科研育種中心;65301部隊(duì)副業(yè)基地;
【關(guān)鍵詞】： 大豆 作物 SSR標(biāo)記 分子身份證 軟件開(kāi)發(fā)
【基金】：國(guó)家自然科學(xué)基金青年基金(31401465);國(guó)家自然科學(xué)基金(31471516,31271747) 黑龍江省留學(xué)回國(guó)人員科技項(xiàng)目擇優(yōu)資助啟動(dòng)項(xiàng)目 哈爾濱市科技創(chuàng)新人才研究專項(xiàng)資金(杰出青年人才計(jì)劃類)(RC2015JQ002004)
【分類號(hào)】：TP311.52;S33
【正文快照】： Software Development of-ID Analysis for CropMolecular Identity ConstructionHU Zhen-bang1,GAO Yun-lai1,QI Zhao-ming1,JIANG Hong-wei2,LIU Chun-yan2,XIN Da-wei1,HU Guo-hua2,PAN Xiao-cheng3,CHEN Qing-shan1(1College of Agriculture in Northeast Agricultural Un，

本文編號(hào)：901694