基于MDR的全基因組關(guān)聯(lián)分析算法研究
發(fā)布時(shí)間:2021-08-12 19:35
全基因組關(guān)聯(lián)分析(Genome-Wide Association Studies,GWAS)是通過利用人類基因組中的幾百萬個(gè)SNPs位點(diǎn)上的基因型信息作為遺傳標(biāo)記,對案例-對照數(shù)據(jù)或者隨機(jī)人群數(shù)據(jù)進(jìn)行分析,篩選出與疾病相關(guān)的SNPs的有效方法。人類的復(fù)雜疾病主要受基因-基因交互作用(Gene-Gene Interaction,GGI)的影響。目前,全基因組關(guān)聯(lián)分析大多數(shù)使用疾病與單個(gè)SNP位點(diǎn)相關(guān)統(tǒng)計(jì)的方法,然而,僅限于單基因效應(yīng)的研究將使大部分復(fù)雜疾病遺傳和復(fù)雜性狀無法得到解釋,因此需要更多高效的算法探測與疾病相關(guān)的多基因交互作用。多因子降維(Multifactor Dimensionality Reduction,MDR)是一種非參數(shù)、無模型的用于揭示與常見復(fù)雜疾病有關(guān)的基因-基因交互作用和基因-環(huán)境交互作用的分析方法,適用于病例-對照數(shù)據(jù)(case-control)研究。K最鄰近算法是一種效率高和原理簡單的分類算法,多目標(biāo)優(yōu)化是一種解決多個(gè)相互影響或沖突的目標(biāo)組成的問題的機(jī)制。在此基礎(chǔ)上,針對MDR算法在某些情況下易出現(xiàn)假陽性錯(cuò)誤以及效率不理想等問題,本文提出了一種新的基于多目標(biāo)...
【文章來源】:湖南師范大學(xué)湖南省 211工程院校
【文章頁數(shù)】:66 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【部分圖文】:
堿基互補(bǔ)配對
圖 1-2 染色體的組成基因型態(tài)性(SNP):指染色體基因組上的單個(gè)核苷酸引起的 DNA 序列多態(tài)性(在某一群體中,這種低于 1%則稱為變異)。一般情況下,SNP 只含兩位基因(Biallelic)的變異。在圖 1-3[11]中,可以P 位點(diǎn)。通過研究表明,人類個(gè)體的大多數(shù)多態(tài),在基因組相關(guān)的研究中廣泛的使用 SNP 作為照或隨機(jī)樣本數(shù)據(jù)的 SNPs 進(jìn)行分析和預(yù)測,從而聯(lián)。
圖 1-2 染色體的組成因型態(tài)性(SNP):指染色體基因組上的單個(gè)核苷酸堿基引起的 DNA 序列多態(tài)性(在某一群體中,這種變化低于 1%則稱為變異)。一般情況下,SNP 只含兩類位基因(Biallelic)的變異。在圖 1-3[11]中,可以看 位點(diǎn)。通過研究表明,人類個(gè)體的大多數(shù)多態(tài)現(xiàn)象,在基因組相關(guān)的研究中廣泛的使用 SNP 作為遺傳或隨機(jī)樣本數(shù)據(jù)的 SNPs 進(jìn)行分析和預(yù)測,從而得聯(lián)。
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]基于目標(biāo)相對重要性的模糊多目標(biāo)進(jìn)化算法[J]. 易高明,蔣艷. 計(jì)算機(jī)應(yīng)用與軟件. 2018(06)
[2]機(jī)器學(xué)習(xí)方法在基因交互作用探測中的研究進(jìn)展[J]. 彭哲也,唐紫珺,謝民主. 遺傳. 2018(03)
[3]K最近鄰算法理論與應(yīng)用綜述[J]. 毋雪雁,王水花,張煜東. 計(jì)算機(jī)工程與應(yīng)用. 2017(21)
[4]“人類基因組計(jì)劃”回顧與展望:從基因組生物學(xué)到精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)[J]. 于軍. 自然雜志. 2013(05)
[5]基因組學(xué)和生命科學(xué)新世紀(jì)[J]. 楊煥明. 科學(xué). 2013(05)
[6]基于概率模型LVQ的改進(jìn)KNN分類新方法[J]. 劉仲民,徐炎,趙彥敏,胡文瑾. 蘭州理工大學(xué)學(xué)報(bào). 2013(03)
[7]全基因組關(guān)聯(lián)研究中的交互作用研究現(xiàn)狀[J]. 李放歌,王志鵬,戶國,李輝. 遺傳. 2011(09)
[8]多目標(biāo)優(yōu)化問題的研究概述[J]. 肖曉偉,肖迪,林錦國,肖玉峰. 計(jì)算機(jī)應(yīng)用研究. 2011(03)
[9]人類遺傳病與種類[J]. 木也沙爾·米吉提. 中國民族民間醫(yī)藥. 2010(16)
[10]個(gè)體單體型問題參數(shù)化算法研究[J]. 謝民主,陳建二,王建新. 計(jì)算機(jī)學(xué)報(bào). 2009(08)
博士論文
[1]單體型組裝問題參數(shù)化建模及算法研究[D]. 謝民主.中南大學(xué) 2008
[2]人類基因組計(jì)劃暨基因技術(shù)發(fā)展的科學(xué)與哲學(xué)解析[D]. 林俠.中國社會科學(xué)院研究生院 2002
碩士論文
[1]全基因組關(guān)聯(lián)分析中基因—基因交互作用檢測算法研究[D]. 彭哲也.湖南師范大學(xué) 2018
[2]數(shù)據(jù)挖掘中兩種典型分類算法的改進(jìn)研究及應(yīng)用[D]. 宋艷紅.華北水利水電大學(xué) 2018
[3]全基因組關(guān)聯(lián)研究中上位性檢測算法的研究[D]. 賀葉琴.湖南師范大學(xué) 2017
[4]高維數(shù)據(jù)的聚類分析研究及應(yīng)用[D]. 蘇飛.華北水利水電大學(xué) 2017
[5]解多目標(biāo)優(yōu)化問題的進(jìn)化算法[D]. 劉彤.西安電子科技大學(xué) 2010
[6]懲罰logistic回歸與多因子降維法交互作用分析及其應(yīng)用[D]. 駱常好.山西醫(yī)科大學(xué) 2009
[7]一種改進(jìn)的決策樹增量算法研究[D]. 劉云勝.華中科技大學(xué) 2007
本文編號:3338941
【文章來源】:湖南師范大學(xué)湖南省 211工程院校
【文章頁數(shù)】:66 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【部分圖文】:
堿基互補(bǔ)配對
圖 1-2 染色體的組成基因型態(tài)性(SNP):指染色體基因組上的單個(gè)核苷酸引起的 DNA 序列多態(tài)性(在某一群體中,這種低于 1%則稱為變異)。一般情況下,SNP 只含兩位基因(Biallelic)的變異。在圖 1-3[11]中,可以P 位點(diǎn)。通過研究表明,人類個(gè)體的大多數(shù)多態(tài),在基因組相關(guān)的研究中廣泛的使用 SNP 作為照或隨機(jī)樣本數(shù)據(jù)的 SNPs 進(jìn)行分析和預(yù)測,從而聯(lián)。
圖 1-2 染色體的組成因型態(tài)性(SNP):指染色體基因組上的單個(gè)核苷酸堿基引起的 DNA 序列多態(tài)性(在某一群體中,這種變化低于 1%則稱為變異)。一般情況下,SNP 只含兩類位基因(Biallelic)的變異。在圖 1-3[11]中,可以看 位點(diǎn)。通過研究表明,人類個(gè)體的大多數(shù)多態(tài)現(xiàn)象,在基因組相關(guān)的研究中廣泛的使用 SNP 作為遺傳或隨機(jī)樣本數(shù)據(jù)的 SNPs 進(jìn)行分析和預(yù)測,從而得聯(lián)。
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]基于目標(biāo)相對重要性的模糊多目標(biāo)進(jìn)化算法[J]. 易高明,蔣艷. 計(jì)算機(jī)應(yīng)用與軟件. 2018(06)
[2]機(jī)器學(xué)習(xí)方法在基因交互作用探測中的研究進(jìn)展[J]. 彭哲也,唐紫珺,謝民主. 遺傳. 2018(03)
[3]K最近鄰算法理論與應(yīng)用綜述[J]. 毋雪雁,王水花,張煜東. 計(jì)算機(jī)工程與應(yīng)用. 2017(21)
[4]“人類基因組計(jì)劃”回顧與展望:從基因組生物學(xué)到精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)[J]. 于軍. 自然雜志. 2013(05)
[5]基因組學(xué)和生命科學(xué)新世紀(jì)[J]. 楊煥明. 科學(xué). 2013(05)
[6]基于概率模型LVQ的改進(jìn)KNN分類新方法[J]. 劉仲民,徐炎,趙彥敏,胡文瑾. 蘭州理工大學(xué)學(xué)報(bào). 2013(03)
[7]全基因組關(guān)聯(lián)研究中的交互作用研究現(xiàn)狀[J]. 李放歌,王志鵬,戶國,李輝. 遺傳. 2011(09)
[8]多目標(biāo)優(yōu)化問題的研究概述[J]. 肖曉偉,肖迪,林錦國,肖玉峰. 計(jì)算機(jī)應(yīng)用研究. 2011(03)
[9]人類遺傳病與種類[J]. 木也沙爾·米吉提. 中國民族民間醫(yī)藥. 2010(16)
[10]個(gè)體單體型問題參數(shù)化算法研究[J]. 謝民主,陳建二,王建新. 計(jì)算機(jī)學(xué)報(bào). 2009(08)
博士論文
[1]單體型組裝問題參數(shù)化建模及算法研究[D]. 謝民主.中南大學(xué) 2008
[2]人類基因組計(jì)劃暨基因技術(shù)發(fā)展的科學(xué)與哲學(xué)解析[D]. 林俠.中國社會科學(xué)院研究生院 2002
碩士論文
[1]全基因組關(guān)聯(lián)分析中基因—基因交互作用檢測算法研究[D]. 彭哲也.湖南師范大學(xué) 2018
[2]數(shù)據(jù)挖掘中兩種典型分類算法的改進(jìn)研究及應(yīng)用[D]. 宋艷紅.華北水利水電大學(xué) 2018
[3]全基因組關(guān)聯(lián)研究中上位性檢測算法的研究[D]. 賀葉琴.湖南師范大學(xué) 2017
[4]高維數(shù)據(jù)的聚類分析研究及應(yīng)用[D]. 蘇飛.華北水利水電大學(xué) 2017
[5]解多目標(biāo)優(yōu)化問題的進(jìn)化算法[D]. 劉彤.西安電子科技大學(xué) 2010
[6]懲罰logistic回歸與多因子降維法交互作用分析及其應(yīng)用[D]. 駱常好.山西醫(yī)科大學(xué) 2009
[7]一種改進(jìn)的決策樹增量算法研究[D]. 劉云勝.華中科技大學(xué) 2007
本文編號:3338941
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