目的:胰腺癌是一種發(fā)病隱匿、預(yù)后極差的惡性消化系統(tǒng)腫瘤。占全部惡性腫瘤的1-2%,在我國(guó)發(fā)病率大幅度上升,死亡率上升到第5位。雖然醫(yī)療水平快速發(fā)展,癌癥的診斷和治療有了很大的進(jìn)步,但早診率低,發(fā)現(xiàn)時(shí)多已屬晚期,而且胰腺癌手術(shù)率低,手術(shù)切除范圍受限,術(shù)后復(fù)發(fā)率高達(dá)80%以上,使得胰腺癌患者的5年生存率仍處于非常低的狀態(tài)。生物信息學(xué)是生命科學(xué)和計(jì)算機(jī)科學(xué)相結(jié)合形成的一門(mén)交叉學(xué)科。本研究利用生物信息學(xué)方法對(duì)高通量測(cè)序結(jié)果進(jìn)行收集、分析胰腺癌發(fā)病的差異表達(dá)基因,篩選出胰腺癌關(guān)鍵的差異表達(dá)基因?qū)σ认侔┌l(fā)生及發(fā)展的分子機(jī)制深入研究。方法:第一步在NCBI的GEO基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫(kù)搜集并下載m RNA芯片GSE16515、GSE28735和GSE41368,使用R語(yǔ)言對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行整齊化處理并鑒定胰腺癌組織和正常組織之間的差異表達(dá)基因（DEGs）,并通過(guò)火山圖將三個(gè)數(shù)據(jù)集的DEGs表達(dá)情況反應(yīng)出來(lái),并用upset圖對(duì)三個(gè)數(shù)據(jù)集取交集。第二步利用R語(yǔ)言取交集得到的DEGs進(jìn)行GO（Gene Ontology）功能富集分析和KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes... 

【文章來(lái)源】：青島大學(xué)山東省

【文章頁(yè)數(shù)】：48 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

GSE16515、GSE28735和GSE41368的PAAD和癌旁組織中所有基因表達(dá)譜的火山圖

結(jié)果9結(jié)果1PAAD中的DEGs識(shí)別從GSE16515數(shù)據(jù)集中篩選出1874個(gè)DEG(包含36例患者的胰腺癌組織和16例正常組織)。此外，從GSE28735(包含45例患者的胰腺癌組織和對(duì)應(yīng)匹配45例正常組織)和GSE41368數(shù)據(jù)集(包含6例患者的胰腺癌組織和與之對(duì)應(yīng)的6例非癌癥的胰腺組織)中分別選擇了603和1837個(gè)DEGs。圖1繪制了火山圖，以顯示每個(gè)數(shù)據(jù)集中PAAD和正常樣本之間的DEG分布。使用R語(yǔ)言繪制UpSet圖來(lái)表示三組基因表達(dá)數(shù)據(jù)集的交集，如圖2所示。并且使用R語(yǔ)言Circos圖將DEGs的所在染色體位置表示出來(lái)，如圖3所示。圖1GSE16515、GSE28735和GSE41368的PAAD和癌旁組織中所有基因表達(dá)譜的火山圖。紅色點(diǎn)代表高表達(dá)的mRNA，P＜0.05，logFC＞1；綠色點(diǎn)代表低表達(dá)的mRNA，P＜0.05，logFC＞1。黑色代表被排除的沒(méi)有研究意義的mRNA。橫坐標(biāo)是指每個(gè)基因的調(diào)整P值的log10�？v坐標(biāo)顯示了腫瘤和癌旁組織之間基因表達(dá)差異倍數(shù)值。圖2在GSE16515、GSE28735和GSE41368中篩選出差異表達(dá)基因，交集后共篩選出三個(gè)數(shù)據(jù)集中的391個(gè)基因。

青島大學(xué)碩士學(xué)位論文10圖3Circos圖顯示了DEGs在染色體上的位置。2PAAD中DEGs的功能富集分析通過(guò)GO富集分析，對(duì)各DEGs的生物學(xué)功能進(jìn)行了分析，結(jié)果表明DEGs的生物過(guò)程顯著富集了細(xì)胞過(guò)程和生物學(xué)功能。例如，這些基因主要富集于細(xì)胞外基質(zhì)和細(xì)胞外結(jié)構(gòu)組織、細(xì)胞-基質(zhì)粘附、內(nèi)胚層細(xì)胞分化和生成、癌癥轉(zhuǎn)移等過(guò)程有關(guān)，(圖4A)。KEGG途徑分析證明，這些基因明顯富集于蛋白質(zhì)消化和吸收相關(guān)的途徑、癌癥中的轉(zhuǎn)錄調(diào)控失調(diào)、腫瘤的PI3K-Akt信號(hào)通路(圖4B)。這些結(jié)果提示這些基因在PAAD的發(fā)病和發(fā)展過(guò)程中具有重要意義。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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本文編號(hào)：3281109