現(xiàn)代社會(huì),人類癌癥發(fā)病率不斷增加。乳腺癌作為一種高發(fā)癌癥,表現(xiàn)出明顯的異質(zhì)性,不同亞型之間的治療方案及預(yù)后效果差別巨大。同時(shí)研究表明,癌癥發(fā)生的過程中往往伴隨著大量的基因發(fā)生突變,這些基因被稱為致病基因,在這些致病基因中起主導(dǎo)作用的部分基因被稱為“驅(qū)動(dòng)基因”或“司機(jī)基因”（driver gene）,其余功能中性的基因被稱為“乘客基因”（passage gene）。驅(qū)動(dòng)基因被認(rèn)為是“可藥物”靶點(diǎn),使用分子靶向療法能夠?qū)Π┌Y的治療事半功倍。目前的研究大多是在泛癌或特定的一種癌癥數(shù)據(jù)中識(shí)別驅(qū)動(dòng)基因,在癌癥亞型水平上的驅(qū)動(dòng)基因研究相對(duì)較少。對(duì)于乳腺癌這類亞型分界明顯、治療方案和預(yù)后效果差別較大的癌癥,急需一種能夠識(shí)別屬于不同亞型的獨(dú)特驅(qū)動(dòng)基因的方法,將驅(qū)動(dòng)基因的識(shí)別粒度提升到亞型水平,即識(shí)別乳腺癌亞型驅(qū)動(dòng)基因。通過研究特有的亞型驅(qū)動(dòng)基因,能夠給出合理的靶向治療方案,對(duì)乳腺癌的亞型判斷和精確治療提供指導(dǎo)。在此背景下,本文提出基于雙向聚類和擴(kuò)增依賴性過表達(dá)的乳腺癌亞型驅(qū)動(dòng)基因識(shí)別方法。通過雙向聚類算法,可以獲得與乳腺癌各個(gè)亞型有關(guān)的基因,在此基礎(chǔ)上對(duì)各個(gè)亞型相關(guān)基因進(jìn)行擴(kuò)增依賴性過表達(dá)分析,篩選出... 

【文章來源】：西安電子科技大學(xué)陜西省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁(yè)數(shù)】：70 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
符號(hào)對(duì)照表
縮略語(yǔ)對(duì)照表
第一章 緒論
    1.1 研究背景
    1.2 國(guó)內(nèi)外研究現(xiàn)狀
    1.3 研究?jī)?nèi)容和意義
    1.4 章節(jié)安排
第二章 相關(guān)理論和技術(shù)
    2.1 ISA雙向聚類算法
        2.1.1 ISA雙向聚類算法原理
        2.1.2 ISA雙向聚類算法種子的作用
    2.2 基因表達(dá)差異分析方法
    2.3 常見的驅(qū)動(dòng)基因識(shí)別方法
        2.3.1 背景突變率法
        2.3.2 錯(cuò)義突變分類
        2.3.3 基于現(xiàn)有生物網(wǎng)絡(luò)分類
        2.3.4 結(jié)合網(wǎng)絡(luò)功能鄰居的影響
        2.3.5 其他方法及總結(jié)
    2.4 常見的特征選擇和分類算法
        2.4.1 特征選擇
        2.4.2 常見的分類算法
    2.5 本章小結(jié)
第三章 篩選乳腺癌亞型驅(qū)動(dòng)基因
    3.1 基于雙向聚類和擴(kuò)增依賴性的亞型驅(qū)動(dòng)基因識(shí)別新方法
        3.1.1 方法的提出
        3.1.2 方法步驟
        3.1.3 方法的優(yōu)勢(shì)
    3.2 數(shù)據(jù)集預(yù)處理
        3.2.1 基因表達(dá)數(shù)據(jù)預(yù)處理
        3.2.2 拷貝數(shù)數(shù)據(jù)預(yù)處理
    3.3 篩選乳腺癌亞型驅(qū)動(dòng)基因新方法的應(yīng)用
        3.3.1 雙向聚類先驗(yàn)種子的生成
        3.3.2 ISA雙向聚類獲取乳腺癌亞型相關(guān)基因
        3.3.3 區(qū)分LuminalA和 LuminalB亞型
        3.3.4 擴(kuò)增依賴性過表達(dá)篩選乳腺癌亞型驅(qū)動(dòng)基因
    3.4 篩選乳腺癌亞型驅(qū)動(dòng)基因新方法的驗(yàn)證
        3.4.1 分類驗(yàn)證乳腺癌亞型驅(qū)動(dòng)基因的亞型相關(guān)性
        3.4.2 與驅(qū)動(dòng)基因黃金標(biāo)準(zhǔn)對(duì)比分析
    3.5 本章小結(jié)
第四章 實(shí)驗(yàn)結(jié)果生物意義解釋
    4.1 乳腺癌不同亞型驅(qū)動(dòng)基因分析
        4.1.1 Lumnial亞型有關(guān)的驅(qū)動(dòng)基因
        4.1.2 Basal-like亞型相關(guān)的驅(qū)動(dòng)基因
        4.1.3 HER2+亞型相關(guān)的驅(qū)動(dòng)基因
        4.1.4 Normal-like亞型相關(guān)的驅(qū)動(dòng)基因
        4.1.5 新發(fā)現(xiàn)的乳腺癌亞型驅(qū)動(dòng)基因
    4.2 GO功能分析和KEGG通路分析
    4.3 本章小結(jié)
第五章 總結(jié)和展望
    5.1 研究總結(jié)
    5.2 研究展望
參考文獻(xiàn)
致謝
作者簡(jiǎn)介


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]乳腺癌發(fā)生的特征基因篩選及模式識(shí)別[J]. 溫建鑫,王學(xué)棟,李曉琴,常宇.  生物化學(xué)與生物物理進(jìn)展. 2017(11)
[2]雄激素受體在乳腺癌中的表達(dá)及其預(yù)后意義[J]. 費(fèi)曉春,徐海燕,閆寧寧,徐迎春,張鳳春.  上海交通大學(xué)學(xué)報(bào)(醫(yī)學(xué)版). 2017(05)
[3]基底細(xì)胞樣乳腺癌相關(guān)信號(hào)通路研究進(jìn)展[J]. 顧蕾,應(yīng)明真,王雅杰.  醫(yī)學(xué)研究雜志. 2013(12)
[4]GATA3在乳腺癌組織中的表達(dá)及其與ER表達(dá)的關(guān)系[J]. 謝軼群,施俊義,李曦洲,隋金珂,裔海鷹.  中國(guó)腫瘤生物治療雜志. 2011(01)
[5]雌激素受體和孕激素受體與乳腺癌關(guān)系的研究進(jìn)展[J]. 王艷,霍翔,沈洪兵.  中國(guó)腫瘤. 2007(12)

博士論文
[1]基因表達(dá)數(shù)據(jù)的相似性度量和特征提取研究[D]. 王文俊.西安電子科技大學(xué) 2011

碩士論文
[1]基于關(guān)聯(lián)規(guī)則挖掘的乳腺癌致病基因篩選[D]. 張粉利.西安電子科技大學(xué) 2018
[2]雙向聚類算法研究及其在乳腺癌亞型分析上的應(yīng)用[D]. 申云燕.西安電子科技大學(xué) 2017
[3]基于高通量組學(xué)數(shù)據(jù)的癌癥驅(qū)動(dòng)基因和信號(hào)通路識(shí)別[D]. 楊武.安徽大學(xué) 2016



本文編號(hào)：3187990