在世界范圍內(nèi)都具有高發(fā)病率和死亡率的乳腺癌是女性中最常見的癌癥。長(zhǎng)鏈非編碼RNA（long non-coding RNA,lncRNA）是指一種長(zhǎng)度大于200個(gè)核苷酸且不編碼蛋白質(zhì)的非編碼RNA。越來越多的研究證實(shí),lncRNA在乳腺癌中扮演著重要的角色。本文整合了TCGA（The Cancer Genome Atlas Project）數(shù)據(jù)庫(kù)中乳腺癌lncRNA和mRNA的表達(dá)譜數(shù)據(jù)和乳腺癌臨床患者的樣本信息,旨在通過生物信息學(xué)的方法,篩選出乳腺癌預(yù)后lncRNA標(biāo)志物,并通過對(duì)lncRNA和mRNA的相關(guān)性分析,推斷l(xiāng)ncRNA在乳腺癌中的調(diào)控作用。首先,本研究收集了1052例乳腺癌臨床患者樣本和13159個(gè)lncRNA表達(dá)譜,并將所有這些臨床患者樣本隨機(jī)分成訓(xùn)練集和測(cè)試集。在訓(xùn)練集中,本研究對(duì)初步篩選后的lncRNA進(jìn)行了單變量Cox回歸分析。使用Robust似然生存模型對(duì)得到的lncRNA進(jìn)行建模分析,并將模型迭代1000次。最終,選擇在所有模型中出現(xiàn)頻率超過600次的11個(gè)lncRNA作為乳腺癌關(guān)鍵預(yù)后lncRNA。通過多變量Cox回歸分析建立11個(gè)lncRNA的風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分公式... 

【文章來源】：華南理工大學(xué)廣東省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁(yè)數(shù)】：78 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

研究思路流程圖

華南理工大學(xué)碩士學(xué)位論文28注：a.11個(gè)lncRNA的風(fēng)險(xiǎn)分?jǐn)?shù)在總樣本中的分布；b.11個(gè)lncRNA表達(dá)譜的熱圖；c.患者生存狀態(tài)分布；d.以風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分中位數(shù)作為臨界值的高危組和低危組乳腺癌患者總生存期的Kaplan-Meier曲線。圖2-111個(gè)lncRNA表達(dá)水平與訓(xùn)練組總生存期的關(guān)系Fig2-1Relationshipsbetweenthe11lncRNAexpressionsignatureandoverallsurvivalinthetrainingset(N=526).

華南理工大學(xué)碩士學(xué)位論文30注：a.測(cè)試集中乳腺癌患者的Kaplan-Meier曲線分析；b.總數(shù)據(jù)集中乳腺癌患者的Kaplan-Meier曲線。圖2-311個(gè)關(guān)鍵預(yù)后lncRNA的預(yù)后能力在測(cè)試集和總數(shù)據(jù)集中的驗(yàn)證Fig2-3Thevalidationof11lncRNAexpressionsignatureinthetestingsetandthecompleteset.2.3.611個(gè)預(yù)后長(zhǎng)鏈非編碼RNA在乳腺癌分期中的驗(yàn)證本文根據(jù)乳腺癌臨床患者的分期數(shù)據(jù)，將處于StageI和StageII的乳腺癌臨床患者作為階段一組（N=789），StageIII和StageIV的乳腺癌患者作為階段二組（N=263），比較11個(gè)關(guān)鍵預(yù)后lncRNA在較為早期的癌癥階段和晚期癌癥階段中預(yù)后能力是否有差異。在兩個(gè)階段組中，計(jì)算每個(gè)乳腺癌患者的風(fēng)險(xiǎn)分?jǐn)?shù)，并進(jìn)行Kaplan-Meier分析。在階段一，乳腺癌患者樣本被分為高風(fēng)險(xiǎn)組（n=121）和低風(fēng)險(xiǎn)組（n=668），而低風(fēng)險(xiǎn)組的總生存期與高風(fēng)險(xiǎn)組相比，生存時(shí)間明顯延長(zhǎng)（p=4e-07）（圖2-4a）。同時(shí)，本文將Kaplan-Meier分析應(yīng)用于階段二組，高風(fēng)險(xiǎn)組（n=49）的乳腺癌患者的總生存期低于低風(fēng)險(xiǎn)組（n=214），對(duì)數(shù)秩檢驗(yàn)的p值等于2e-8（圖2-4b）。由于TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中收集的數(shù)據(jù)是尚未治療的原發(fā)性腫瘤，根據(jù)NCCN（TheNationalComprehensiveCancerNetwork）腫瘤學(xué)臨床實(shí)踐指南：乳腺癌（版本3.2018）[75]，處在StageI和StageII的乳腺癌患者在手術(shù)后不太可能以其他方式治療。因此，本文分別對(duì)I期（N=180），II期（N=609）和階段一（StageI和StageII）（N=789）的乳腺癌患者樣本進(jìn)行了生存分析。結(jié)果（圖2-5a，2-5b，2-4a）表明，11個(gè)lncRNA可以有效區(qū)分臨床患者的高低風(fēng)險(xiǎn)，而I期（p=1e-02），II期（p=3e-05）和階段一患者（p=4e-07），在其組內(nèi)預(yù)后均有顯著差異。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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