發(fā)布時間：2018-07-29 16:28

【摘要】：系統(tǒng)發(fā)生網(wǎng)絡(luò)是用來描述生物之間進(jìn)化關(guān)系的一種網(wǎng)狀結(jié)構(gòu)。衡量兩個網(wǎng)絡(luò)之間的距離是系統(tǒng)發(fā)生網(wǎng)絡(luò)研究中非常重要的一部分,但是到目前為止,仍然沒有一個統(tǒng)一有效的平臺用來計算系統(tǒng)發(fā)生網(wǎng)絡(luò)之間的距離。本文重點(diǎn)研究了系統(tǒng)發(fā)生網(wǎng)絡(luò)距離計算算法,并搭建了應(yīng)用平臺,具體工作如下:(1)設(shè)計并實現(xiàn)了系統(tǒng)發(fā)生樹距離計算的在線系統(tǒng)CDRPT,其中實現(xiàn)了簇算法、分割算法、三倍數(shù)算法和等價算法;(2)設(shè)計并實現(xiàn)了系統(tǒng)發(fā)生網(wǎng)絡(luò)距離計算的在線系統(tǒng)CDRPN,其中實現(xiàn)了半等價算法、等價算法、向量算法和三分割算法;(3)設(shè)計并實現(xiàn)了構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生網(wǎng)絡(luò)的在線系統(tǒng)IGNET。(4)通過實驗分析了算法之間的關(guān)系,并得到如下結(jié)論:系統(tǒng)發(fā)生樹距離計算算法中簇算法和等價算法相關(guān)性較大,而三倍數(shù)算法和等價算法的相關(guān)性較小;系統(tǒng)發(fā)生網(wǎng)絡(luò)距離計算算法中半等價算法與三分割算法的相關(guān)性較大,而等價算法與向量算法和三分割算法的相關(guān)性較小;對于相同的數(shù)據(jù)集,等價算法得到距離最大,其次是半等價算法,然后是向量算法和三分割算法;每個算法計算的距離值并不是均勻分布在最大值與最小值之間。
[Abstract]:Phylogenetic network is a network structure used to describe the evolutionary relationship between organisms. Measuring the distance between two networks is a very important part in the research of system generation network, but up to now, there is still no unified and effective platform to calculate the distance between system generation networks. This paper focuses on the network distance calculation algorithm of system generation, and builds an application platform. The main work is as follows: (1) the online system CDRPTs are designed and implemented, in which cluster algorithm and segmentation algorithm are implemented. Third multiple algorithm and equivalent algorithm. (2) the on-line system CDRPN is designed and implemented, in which the semi-equivalent algorithm is implemented. Vector algorithm and triple-partition algorithm. (3) Design and implement the on-line system IGNET4. (4) analyze the relationship between the algorithms through experiments. The conclusions are as follows: the cluster algorithm and the equivalent algorithm have great correlation in the algorithm of generating tree distance, but the correlation between the triple multiple algorithm and the equivalent algorithm is small; In the distance calculation algorithm of generating network, the correlation between the semi-equivalent algorithm and the three-partition algorithm is great, but the correlation between the equivalent algorithm and the vector algorithm and the three-partition algorithm is less, for the same data set, the equivalent algorithm obtains the maximum distance. The second is semi-equivalent algorithm, then the vector algorithm and the three-partition algorithm; the distance value calculated by each algorithm is not uniformly distributed between the maximum value and the minimum value.
【學(xué)位授予單位】：內(nèi)蒙古大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2017
【分類號】：Q811.4;TP311.52

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本文編號：2153289