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基于盾蚧科分子分類基因序列的篩選研究

發(fā)布時(shí)間:2017-06-11 07:01

  本文關(guān)鍵詞:基于盾蚧科分子分類基因序列的篩選研究,由筆耕文化傳播整理發(fā)布。


【摘要】:盾蚧科(Diaspididae)是蚧總科中種類最豐富的類群之一,據(jù)ScaleNet統(tǒng)計(jì),全球大約2429種,我國分布600余種,約占全世界分布總數(shù)的25%。該類群是重要的農(nóng)林害蟲。在昆蟲學(xué)研究中,盾蚧科昆蟲的鑒定,目前主要根據(jù)雌成蟲的特征進(jìn)行鑒定,但是由于蟲體小,相似度高,很多情況下用于鑒定的鑒別特征偏少,導(dǎo)致鑒定困難或者根本無法區(qū)分近緣種類。因此快速準(zhǔn)確的識(shí)別鑒定是防治盾蚧類害蟲的必要前提。該研究應(yīng)用分子技術(shù)探討在盾蚧類害蟲上鑒定分類技術(shù),為開展快速準(zhǔn)確的識(shí)別鑒定提供技術(shù)支撐。本試驗(yàn)在采集大量盾蚧科昆蟲標(biāo)本的基礎(chǔ)上,對(duì)COI、ITS2、2條28SrRNA以及18SrRNA基因進(jìn)行了評(píng)估。首先,對(duì)隸屬于盾蚧科白輪蚧屬的玫瑰白輪蚧Aulacaspis rosae、gg果白輪蚧Aulacaspis tubercularis、黃肉楠白輪蚧Aulacaspis actinocaphnes、大葉白輪蚧Aulacaspis megaloba以及福州白輪蚧Aulacaspis fuzhouensis 5種盾蚧的COI、ITS2、2條28SrRNA、18SrRNA序列進(jìn)行了PCR擴(kuò)增和測序,比較各序列的擴(kuò)增效率、測序成功率、種內(nèi)和種間的遺傳距離并用鄰接法建樹(NJ樹),評(píng)估不同序列的鑒定能力,進(jìn)而從這些候選序列中篩選出較適合鑒定盾蚧科昆蟲的候選基因序列。結(jié)果表明,28SrRNA和ITS2序列是所選片段中較適合鑒定盾蚧科昆蟲的候選基因序列。為了進(jìn)一步驗(yàn)證28SrRNA和ITS2對(duì)盾蚧科昆蟲的鑒定能力,我們擴(kuò)大了樣本范圍對(duì)其進(jìn)行評(píng)估。對(duì)于涵蓋14屬28種的180個(gè)樣本,采用Distance-based和Tree-based方法對(duì)28SrRNA和ITS2進(jìn)行了評(píng)估。實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明:基于Distance-based評(píng)估,28SrRNA和ITS2種內(nèi)種間不存在Barcoding gap。對(duì)ITS2來說,BM和BCM的物種鑒定成功率分別是91.8%和86.25%,而對(duì)28SrRNA來說,分別是91.9%和89.14%;赥ree-based評(píng)估,用鄰接法ITS2能正確識(shí)別66.67%的物種,28SrRNA能正確識(shí)別78.57%的物種。用似然法ITS2能正確識(shí)別55.56%的物種,28SrRNA能正確識(shí)別75%的物種。我們的研究為盾蚧科昆蟲分子分類的研究提供了有效的數(shù)據(jù)支持,實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明28SrRNA可以作為一個(gè)識(shí)別盾蚧科昆蟲的分子標(biāo)記,同時(shí)結(jié)合標(biāo)準(zhǔn)序列COI能夠?yàn)闇?zhǔn)確地鑒定盾蚧科昆蟲提供幫助。
【關(guān)鍵詞】:盾蚧科 白輪蚧屬 分子分類 28SrRNA
【學(xué)位授予單位】:西北農(nóng)林科技大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2016
【分類號(hào)】:S433
【目錄】:
  • 摘要5-6
  • ABSTRACT6-10
  • 第一章 文獻(xiàn)綜述10-16
  • 1.1 介殼蟲概述10-11
  • 1.2 介殼蟲的綜合防治方法11-12
  • 1.2.1 檢疫措施11
  • 1.2.2 農(nóng)業(yè)防治11
  • 1.2.3 化學(xué)防治11
  • 1.2.4 生物防治11-12
  • 1.3 盾蚧科形態(tài)特征及生物學(xué)習(xí)性研究現(xiàn)狀12
  • 1.4 盾蚧科昆蟲分類研究進(jìn)展12-13
  • 1.5 蚧總科分子系統(tǒng)發(fā)育的研究現(xiàn)況13-15
  • 1.6 研究目的及意義15-16
  • 第二章 材料與方法16-21
  • 2.1 分類單元選取16-18
  • 2.2 實(shí)驗(yàn)儀器、設(shè)備和試劑18
  • 2.3 基因組總DNA的提取18
  • 2.4 PCR擴(kuò)增及測序18-19
  • 2.5 序列組成及分析19-20
  • 2.6 基于Distance-based的評(píng)估20
  • 2.7 基于Tree-based的評(píng)估20-21
  • 第三章 結(jié)果與分析21-46
  • 3.1 以白輪蚧屬為研究對(duì)象的實(shí)驗(yàn)結(jié)果21-22
  • 3.1.1 PCR擴(kuò)增效率與測序成功率21
  • 3.1.2 DNA條形碼序列的GC含量21
  • 3.1.3 種內(nèi)與種間遺傳距離21-22
  • 3.1.4 系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建22
  • 3.2 基于 28SrRNA和ITS2候補(bǔ)基因序列的對(duì)比22-46
  • 3.2.1 基于Distance-based評(píng)估結(jié)果22-23
  • 3.2.2 基于Tree-based評(píng)估結(jié)果23-46
  • 第四章 結(jié)論與討論46-48
  • 4.1 結(jié)論46
  • 4.2 討論46-48
  • 附錄48-52
  • 參考文獻(xiàn)52-57
  • 致謝57-58
  • 作者簡介58

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本文編號(hào):440987

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