本文關(guān)鍵詞：應(yīng)用表達(dá)譜芯片和熒光素酶報(bào)告系統(tǒng)篩選并鑒定大腸癌FOXQ1基因的潛在下游靶基因

  更多相關(guān)文章： 基因芯片 叉頭框蛋白Q1 癌基因 雙熒光素酶報(bào)告系統(tǒng)

【摘要】：第一部分利用基因芯片探究FOXQ1在結(jié)腸癌中的作用目的：探究人結(jié)腸癌細(xì)胞DLD1在敲低FOXQ1基因前后m RNA和microRNA的表達(dá)改變。方法：提取DLD1-shFOXQ1 和 DLD1-shControl兩組細(xì)胞的RNA,分別與Whole Human Genome Oligo Microarray (4×44 K, Agilent Technologies)全基因組表達(dá)譜芯片和miRCURYTM LNA Array (v.18.0, Agilent Technologies) MicroRNA芯片進(jìn)行雜交,應(yīng)用GeneSpring、Genepix軟件對芯片結(jié)果進(jìn)行統(tǒng)計(jì),對全基因組表達(dá)譜芯片進(jìn)行GO、Pathway分析,對全基因組表達(dá)譜芯片和microRNA芯片結(jié)果進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析,并應(yīng)用qRT-PCR對部分結(jié)果進(jìn)行驗(yàn)證。應(yīng)用Microsoft Excel 和 SPSS17.0軟件進(jìn)行統(tǒng)計(jì)學(xué)分析。結(jié)果：全基因組表達(dá)譜的檢測結(jié)果表明,敲低FOXQ1基因后,在芯片所涵蓋的41093個基因中,以|FC|≥2作為具有顯著性差異標(biāo)準(zhǔn),共有255個基因上調(diào),176個基因下調(diào)。QRT-PCR的驗(yàn)證結(jié)果與全基因組表達(dá)譜芯片的結(jié)果基本相符。MicroRNA芯片的檢測結(jié)果表明,經(jīng)敲低FOXQ1基因后,以|FC|≥2作為具有顯著性差異標(biāo)準(zhǔn),共有31個microRNA上調(diào),12個microRNA下調(diào)。表明FOXQ1在結(jié)腸癌的發(fā)生和發(fā)展過程中,與細(xì)胞因子-細(xì)胞因子受體等途徑存在密切關(guān)系。同時(shí)發(fā)現(xiàn)在結(jié)腸癌細(xì)胞系DLD1中,microRNA-208b-3p、microRNA-320d可能作為FOXQ1的上游,負(fù)向調(diào)控了FOXQ1的表達(dá)。結(jié)論：本研究了解了FOXQ1基因敲低前后mRNA和MicroRNA的表達(dá)改變,為后續(xù)FOXQ1在結(jié)腸癌的發(fā)生發(fā)展中的作用機(jī)制研究提供了重要的線索和實(shí)驗(yàn)依據(jù)。第二部分利用雙熒光素酶報(bào)告系統(tǒng)探究FOXQ1在結(jié)腸癌中直接轉(zhuǎn)錄激活的靶基因目的：檢測人結(jié)腸癌細(xì)胞DLD1中,FOXQ1直接轉(zhuǎn)錄激活的靶基因。方法：利用信息生物學(xué)JASPAR等工具進(jìn)行FOXQ1靶位點(diǎn)的預(yù)測,構(gòu)建含HBEGF、PDGFβ、PDGFRβ、PLAT、IL1β5個基因啟動子區(qū)域的螢火蟲熒光質(zhì)粒PGL3-enchancer,與 PRL-TK共轉(zhuǎn)染shFOXQ1-DLD1 和 shcontrol-DLD1細(xì)胞,檢測熒光強(qiáng)度改變以確定FOXQ1是否直接轉(zhuǎn)錄激活這五個基因。結(jié)果：分別成功構(gòu)建了含HBEGF、PDGFβ、PDGFRβ、PLAT、IL1β 5個基因啟動子區(qū)域的螢火蟲熒光質(zhì)粒,證明在大腸癌細(xì)胞DLD1 中 FOXQ1并未直接靶向激活HBEGF、PDGFβ、PDGFRβ、PLAT、IL1β基因的轉(zhuǎn)錄。結(jié)論：FOXQ1未直接轉(zhuǎn)錄激活HBEGF、PDGFβ、PDGFRβ、PLAT、IL1β 5個基因。
【關(guān)鍵詞】：基因芯片 叉頭框蛋白Q1 癌基因 雙熒光素酶報(bào)告系統(tǒng)
【學(xué)位授予單位】：昆明理工大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：R735.35
【目錄】：

• 摘要6-8
• ABSTRACT8-13
• 第一章 緒論13-21
• 1.1 結(jié)腸癌的流行病學(xué)知識13-14
• 1.2 FOX轉(zhuǎn)錄因子基因家族14-15
• 1.3 FOXQ1基因研究現(xiàn)狀15-16
• 1.4 上皮間質(zhì)轉(zhuǎn)化和FOXQ116-18
• 1.5 大腸癌中的FOXQ1基因研究18-19
• 1.6 本實(shí)驗(yàn)總體設(shè)計(jì)思路19
• 1.7 實(shí)驗(yàn)流程19-21
• 第二章 實(shí)驗(yàn)材料和儀器21-23
• 材料21-22
• 儀器22-23
• 第三章 實(shí)驗(yàn)內(nèi)容23-100
• 第一部分 利用基因芯片探究FOXQ1在結(jié)腸癌中的作用23-72
• 1.1 實(shí)驗(yàn)過程23-35
• 1.1.1 RNA的獲取23
• 1.1.2 QRT-PCR進(jìn)行驗(yàn)證FOXQ1敲低效率23-25
• 1.1.3 Western blot驗(yàn)證FOXQ1蛋白表達(dá)量差異25-30
• 1.1.4 芯片樣本準(zhǔn)備與芯片雜交30-32
• 1.1.5 芯片掃描與結(jié)果分析32
• 1.1.6 芯片結(jié)果的驗(yàn)證32-35
• 1.2 結(jié)果35-69
• 1.2.1 FOXQ1敲低效率驗(yàn)證35
• 1.2.2 RNA質(zhì)量驗(yàn)證35-36
• 1.2.3 mRNA芯片測定的基因表達(dá)量差異原始數(shù)據(jù)36-39
• 1.2.4 mRNA芯片GO分析39-51
• 1.2.5 mRNA芯片Pathway分析51-54
• 1.2.6 伴隨FOXQ1敲低,microRNA的表達(dá)改變54-55
• 1.2.7 MicroRNA芯片的GO分析55-66
• 1.2.8 MicroRNA下調(diào),mRNA上調(diào)結(jié)果關(guān)聯(lián)分析66-67
• 1.2.9 MicroRNA上調(diào),mRNA下調(diào)結(jié)果交聯(lián)分析67-68
• 1.2.10 芯片結(jié)果qRT-PCR驗(yàn)證結(jié)果68-69
• 1.3 討論69-72
• 1.3.1 片技術(shù)討論69-70
• 1.3.2 FOXQ1相關(guān)基因的聚類分析和功能探究70-71
• 1.3.3 FOXQ1相關(guān)microRNA功能分析71-72
• 第二部分 利用雙熒光素酶報(bào)告系統(tǒng)探究FOXQ1在結(jié)腸癌中直接轉(zhuǎn)錄激活的靶基因72-100
• 2.1 實(shí)驗(yàn)過程72-82
• 2.1.1 啟動子結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測72
• 2.1.2 螢火蟲熒光素酶質(zhì)粒的構(gòu)建72-80
• 2.1.3 細(xì)胞轉(zhuǎn)染和熒光檢測80-82
• 2.2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果82-93
• 2.2.1 獲取啟動子區(qū)域序列信息82
• 2.2.2 利用JASPAR預(yù)測結(jié)果82-84
• 2.2.3 五個基因PCR擴(kuò)增結(jié)果84-86
• 2.2.4 五個基因測序的結(jié)果86-92
• 2.2.5 熒光素酶報(bào)告系統(tǒng)檢測熒光強(qiáng)度92-93
• 2.3 討論93-100
• 2.3.1 轉(zhuǎn)錄機(jī)制研究的重要意義93
• 2.3.2 JASPAR數(shù)據(jù)庫93-94
• 2.3.3 雙熒光素酶報(bào)告系統(tǒng)94-98
• 2.3.4 五個基因的選取依據(jù)98-99
• 2.3.5 實(shí)驗(yàn)失敗原因分析99-100
• 第四章 結(jié)論100-101
• 參考文獻(xiàn)101-106
• 附錄106-108
• 附錄A：攻讀學(xué)位其間發(fā)表論文目錄106
• 附錄B：攻讀學(xué)位其間參與科研項(xiàng)目106-107
• 附錄C：部分詞匯縮寫中英文對照表107-108
• 附件108-119
• 致謝119

【相似文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 白璇;唐慧;郎豐超;郭強(qiáng);;慢病毒表達(dá)載體的構(gòu)建及沉默F(xiàn)OXQ1基因在大腸癌細(xì)胞系DLD-1中的表達(dá)[J];世界華人消化雜志;2014年19期

中國碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前2條

1 彭旭東;FOXQ1基因在大腸癌SW480細(xì)胞的EMT中的作用[D];重慶醫(yī)科大學(xué);2015年

2 鄭極;應(yīng)用表達(dá)譜芯片和熒光素酶報(bào)告系統(tǒng)篩選并鑒定大腸癌FOXQ1基因的潛在下游靶基因[D];昆明理工大學(xué);2016年

，

本文編號：758567