本文關(guān)鍵詞：人類微小RNA-208a的靶基因預(yù)測(cè)及生物學(xué)過程和信號(hào)通路的生物信息學(xué)分析

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【摘要】：目的采用生物信息學(xué)技術(shù)預(yù)測(cè)人類微小RNA-208a(hsa-miRNA-208a)靶基因及分析其可能參與的生物學(xué)過程及信號(hào)通路。方法應(yīng)用miRbase數(shù)據(jù)庫(kù)和UCSC Genome Browser分析工具獲取hsa-miRNA-208a的染色體定位、堿基序列和物種保守性等基本信息,利用miRanda、miRDB、Target Scan和miRwalk進(jìn)行靶基因預(yù)測(cè),采用miRwalk網(wǎng)站對(duì)靶基因取交集,合并有文獻(xiàn)支持和經(jīng)實(shí)驗(yàn)證實(shí)的靶基因作為基因集,對(duì)基因集進(jìn)行功能富集分析(GO分析)和信號(hào)通路分析。結(jié)果hsa-miRNA-208a序列在各物種間高度保守。對(duì)Target Scan、miRDB、miRanda和miRwalk預(yù)測(cè)的靶基因進(jìn)行交集后共得到16個(gè)靶基因(CPEB2、CSNK2A2、DLD、MTF2、FBXO28、LEP、SMAD4、NLK、GPR88、VPS13D、ZNF215、CHD9、SLC7A5、C19orf44、SLC45A3、MAP4K4),miRwalk、DIANA Lab Tar Base檢索到已驗(yàn)證的靶基因分別為12個(gè)(CASP3、MRGPRX3、FPRL1、MED13、IL10、GATA4、HSH2D、MYH6、MYH7、TNNI3、CDKN1A、PAK3)和3個(gè)(SOX6、MTM1、TAB3)。GO分析結(jié)果顯示靶基因富集于心室肌組織發(fā)育、心室形態(tài)發(fā)育、心腔發(fā)育、心肌發(fā)育、心臟發(fā)育以及細(xì)胞發(fā)育等生物學(xué)過程(P0.05);信號(hào)通路分析結(jié)果顯示靶基因富集于黏附連接、緊密連接、心肌收縮、Wnt信號(hào)通路以及病毒性心肌炎、肥厚型心肌病和擴(kuò)張型心肌病的相關(guān)信號(hào)通路中(P0.05)。結(jié)論 hsa-miRNA-208a參與心臟生長(zhǎng)發(fā)育的生物學(xué)過程,與心肌疾病的發(fā)生密切相關(guān)。
【作者單位】： 廣西醫(yī)科大學(xué)第一附屬醫(yī)院心血管內(nèi)科;
【關(guān)鍵詞】： 微小RNA-a 人類 生物信息學(xué) 靶基因 心臟生長(zhǎng)發(fā)育 心肌疾病
【分類號(hào)】：R54;Q811.4
【正文快照】： 微小RNA(microRNA,miRNA)是一類長(zhǎng)度約20~24個(gè)核苷酸的內(nèi)源性、非編碼RNA,它通過影響mRNA的穩(wěn)定性和翻譯,參與多細(xì)胞生物表達(dá)基因的轉(zhuǎn)錄后調(diào)控。成熟miRNA整合入RNA誘導(dǎo)的沉默復(fù)合體(RNA-inducedsilencing complex,RISC),miRNA 5'端第2~8個(gè)核苷酸(種子序列)通過與靶基因mRNA 3

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1 吳小萍;陳曉萍;斯f亮;;絲裂原活化蛋白激酶信號(hào)通路相關(guān)研究[J];生物學(xué)通報(bào);2006年06期

2 劉紅標(biāo);劉娟;;蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)中信號(hào)通路的識(shí)別算法[J];武漢大學(xué)學(xué)報(bào)(理學(xué)版);2008年03期

3 黎增輝;廖愛軍;;JNK信號(hào)通路[J];國(guó)際病理科學(xué)與臨床雜志;2010年03期

4 郭陳智;范華驊;;Wnt信號(hào)通路參與外周免疫調(diào)節(jié)的研究進(jìn)展[J];生命科學(xué);2010年04期

5 孫小妹;毛萌;;腦源性神經(jīng)營(yíng)養(yǎng)因子誘導(dǎo)的絲裂原活化蛋白激酶信號(hào)通路[J];生物醫(yī)學(xué)工程學(xué)雜志;2006年04期

6 尹力,柳惠圖,王端順;微絲重組對(duì)DG-PKC信號(hào)通路的作用[J];科學(xué)通報(bào);1994年16期

7 過倩萍;邢欣榮;伍會(huì)健;;蛋白質(zhì)修飾對(duì)Wnt信號(hào)通路的調(diào)控[J];中國(guó)生物化學(xué)與分子生物學(xué)報(bào);2009年02期

8 羅肖;李惠俠;楊公社;;Wnt信號(hào)通路與前體脂肪細(xì)胞[J];中國(guó)生物化學(xué)與分子生物學(xué)報(bào);2007年10期

9 吳影懿;邢昌贏;張波;;Wnt信號(hào)通路在足細(xì)胞中的作用和調(diào)節(jié)機(jī)制[J];中華臨床醫(yī)師雜志(電子版);2014年04期

10 白艷;劉云章;;受體酪氨酸激酶Ror在Wnt信號(hào)通路中的功能研究進(jìn)展[J];河北農(nóng)業(yè)科學(xué);2012年07期

中國(guó)重要會(huì)議論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前9條

1 李艷菲;艾厚喜;孫芳玲;張麗;蔣瑩;王文;;Wnt信號(hào)通路研究新進(jìn)展[A];2013年全國(guó)老年性癡呆與相關(guān)疾病學(xué)術(shù)會(huì)議論文匯編[C];2013年

2 李艷菲;艾厚喜;孫芳玲;張麗;蔣瑩;王文;;Wnt信號(hào)通路研究新進(jìn)展[A];第三屆中國(guó)藥理學(xué)會(huì)補(bǔ)益藥藥理專業(yè)委員會(huì)學(xué)術(shù)研討會(huì)論文集[C];2013年

3 周柔麗;李莉;楊華;魏渲輝;單毅;熊富霞;潘艷平;李灝辰;劉歆榮;;PI3K/Akt信號(hào)通路活化的一條新途徑及其意義[A];第三屆細(xì)胞結(jié)構(gòu)與功能的信號(hào)基礎(chǔ)研討會(huì)論文摘要[C];2010年

4 王志鋼;鄭旭;王彥鳳;鮑文蕾;劉明濤;;Rheb和FKBP38之間具有相互作用關(guān)系的新證據(jù)[A];細(xì)胞—生命的基礎(chǔ)——中國(guó)細(xì)胞生物學(xué)學(xué)會(huì)2013年全國(guó)學(xué)術(shù)大會(huì)·武漢論文摘要集[C];2013年

5 胡江;柳惠圖;;PKC信號(hào)通路調(diào)控HeLa細(xì)胞G1／S期進(jìn)程的研究[A];中國(guó)細(xì)胞生物學(xué)學(xué)會(huì)第七次會(huì)議論文摘要匯編[C];1999年

6 王桂玲;李豐;;EGF引起PAK1激酶定位及信號(hào)通路的變化[A];中國(guó)細(xì)胞生物學(xué)學(xué)會(huì)2005年學(xué)術(shù)大會(huì)、青年學(xué)術(shù)研討會(huì)論文摘要集[C];2005年

7 蔣艷萍;葉鈴;王羽;李益洲;李夢(mèng)龍;;基于機(jī)器學(xué)習(xí)方法的信號(hào)通路挖掘[A];中國(guó)化學(xué)會(huì)第28屆學(xué)術(shù)年會(huì)第14分會(huì)場(chǎng)摘要集[C];2012年

8 劉婷婷;艾厚喜;孫芳玲;張麗;蔣瑩;王文;;Eph/ephrin信號(hào)通路對(duì)大腦神經(jīng)發(fā)生的影響研究進(jìn)展[A];2013年中國(guó)藥學(xué)大會(huì)暨第十三屆中國(guó)藥師周論文集[C];2013年

9 封爽;王洋;王曦;王兆一;崔玉影;鄒偉;;Caveolin-1基因沉默促進(jìn)乳腺上皮細(xì)胞新型雌激素受體ERα36介導(dǎo)的P13K/AKT信號(hào)通路的激活[A];“基因、進(jìn)化與生理功能多樣性”海內(nèi)外學(xué)術(shù)研討會(huì)暨中國(guó)生理學(xué)會(huì)第七屆比較生理學(xué)學(xué)術(shù)會(huì)議論文摘要[C];2009年

中國(guó)博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

1 白秀峰;新基因Gsdma3對(duì)小鼠毛囊周期及Wnt/β-catenin信號(hào)通路作用的研究[D];第三軍醫(yī)大學(xué);2015年

2 張贊;昆蟲轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)質(zhì)量評(píng)估及信號(hào)通路的構(gòu)建[D];南京農(nóng)業(yè)大學(xué);2014年

3 黃琛;豬繁殖與呼吸綜合征病毒逃逸Ⅰ型干擾素反應(yīng)機(jī)制的研究[D];中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué);2016年

4 牛萬寶;JNK信號(hào)通路調(diào)控小鼠卵母細(xì)胞黏連和原始卵泡形成[D];中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué);2016年

5 戴白云;整合素αⅡbβ3介導(dǎo)的信號(hào)通路負(fù)反饋抑制血小板激活[D];浙江大學(xué);2016年

6 張玲玲;Wnt信號(hào)通路在腹壁形成和骨髓間充質(zhì)干細(xì)胞分化過程中的作用研究[D];上海交通大學(xué);2015年

7 康銀峰;NDV調(diào)控PI3K介導(dǎo)的信號(hào)通路研究[D];華南農(nóng)業(yè)大學(xué);2016年

8 陸誠(chéng);Wnt信號(hào)通路在軟骨發(fā)育中的功能研究[D];上海交通大學(xué);2013年

9 劉素寧;信號(hào)通路調(diào)控昆蟲翅發(fā)育的作用機(jī)理[D];中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué);2014年

10 林正紅;BAMBI蛋白在TGF-β和Wnt信號(hào)通路中的作用[D];清華大學(xué);2008年

中國(guó)碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

1 陳丹丹;Neurexin通過Gbb信號(hào)通路調(diào)控果蠅神經(jīng)肌肉接頭突觸生長(zhǎng)[D];東南大學(xué);2015年

2 段欣;Ryk通過調(diào)控PCP信號(hào)通路介導(dǎo)神經(jīng)元軸突導(dǎo)向作用[D];蘇州大學(xué);2016年

3 董振國(guó);ILK信號(hào)通路對(duì)小鼠骨骼肌細(xì)胞增殖影響的研究[D];內(nèi)蒙古大學(xué);2016年

4 馬雨楠;干預(yù)Noggin對(duì)BMP和Wnt信號(hào)通路作用的初步研究[D];中國(guó)人民解放軍軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院;2016年

5 王筱涵;Let-7對(duì)wnt信號(hào)通路的表達(dá)調(diào)控研究[D];鄭州大學(xué);2016年

6 華虎;Sufu在細(xì)胞核中調(diào)控Sonic Hedgehog信號(hào)通路活性研究[D];南京醫(yī)科大學(xué);2014年

7 翟亞軍;鴨坦布蘇病毒激活NF-κB并誘導(dǎo)IFN-β的信號(hào)通路的分子機(jī)制研究[D];華中農(nóng)業(yè)大學(xué);2016年

8 邢延奕;Wnt信號(hào)通路相關(guān)基因功能初步研究[D];山東大學(xué);2014年

9 王文杰;Pygo2通過Wnt信號(hào)通路抑制脂肪分化的分子機(jī)制[D];廈門大學(xué);2014年

10 何周;FAM134C調(diào)控BMP信號(hào)通路的分子機(jī)制研究[D];浙江大學(xué);2015年

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本文編號(hào)：673820