本文關(guān)鍵詞：基于時間序列的基因表達數(shù)據(jù)分析與基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)建模方法研究

  更多相關(guān)文章： 時間序列 基因差異表達 基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò) HMM模型 動態(tài)貝葉斯模型

【摘要】：由于大多數(shù)生物過程是動態(tài)的,基于時間序列的實驗可以幫助人們理解這些過程并進行建模。有一些基因數(shù)據(jù)是可以隨著時間來測量的,在這之中最豐富可用的數(shù)據(jù)就是基于時間序列的基因表達數(shù)據(jù)。這種數(shù)據(jù)可以用來描述特定基因的功能、這些基因之間的關(guān)系、它們的調(diào)控和協(xié)調(diào)信息以及其臨床意義等,基于時間序列的基因表達數(shù)據(jù)已經(jīng)成為研究生物過程的最基本的方法之一。本文使用Ethanoligenens harbinense YUAN-3細菌在特定條件下的6個時間點分別測量得到的基于時間序列的RNA-Seq數(shù)據(jù),在靜態(tài)基因表達數(shù)據(jù)分析方法的基礎(chǔ)上,充分利用了時序數(shù)據(jù)的動態(tài)特性,使用基于時序差異以及LRT的方法對細菌的基因進行表達差異分析,識別了在整個時間序列上差異表達的基因;使用基于時序軌跡以及HMM模型的聚類算法為細菌表達數(shù)據(jù)進行聚類,可以有效地識別細菌基因表達的動態(tài)變化;并使用動態(tài)貝葉斯網(wǎng)絡(luò)為細菌基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)建模,可以有效地分析轉(zhuǎn)錄時間延遲,建立正確的基因調(diào)控關(guān)系。
【關(guān)鍵詞】：時間序列 基因差異表達 基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò) HMM模型 動態(tài)貝葉斯模型
【學(xué)位授予單位】：哈爾濱工業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：Q811.4;TP311.13
【目錄】：

• 摘要4-5
• Abstract5-8
• 第1章 緒論8-14
• 1.1 課題背景及研究意義8-10
• 1.1.1 課題背景8-9
• 1.1.2 研究目的與意義9-10
• 1.2 國內(nèi)外研究現(xiàn)狀10-12
• 1.3 本文的研究內(nèi)容12-14
• 第2章 基因差異表達分析14-25
• 2.1 靜態(tài)實驗與Time-series實驗14-15
• 2.2 基因差異表達分析的基本原理15-18
• 2.3 識別差異表達基因的過程18-24
• 2.3.1 序列比對19-21
• 2.3.2 計算Read的原始數(shù)量信息21-22
• 2.3.3 基因差異表達分析22-24
• 2.4 本章小結(jié)24-25
• 第3章 基因表達的時序模式分析25-39
• 3.1 基因表達的時序模式25-26
• 3.2 靜態(tài)聚類方法26-28
• 3.3 基于時間序列的聚類方法28-37
• 3.3.1 基于時序軌跡相似度的方法29-31
• 3.3.2 基于HMM的聚類方法31-33
• 3.3.3 使用HMM模型對細菌表達數(shù)據(jù)進行聚類33-37
• 3.4 本章小結(jié)37-39
• 第4章 基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)建模39-48
• 4.1 常用的基因表達建模方法39-40
• 4.2 動態(tài)貝葉斯網(wǎng)絡(luò)的基本原理40-41
• 4.3 使用動態(tài)貝葉斯網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)41-46
• 4.4 本章小結(jié)46-48
• 結(jié)論48-49
• 參考文獻49-53
• 攻讀碩士學(xué)位期間發(fā)表的論文53-55
• 致謝55

【相似文獻】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 施久玉,杜金觀;有限個狀態(tài)時間序列的某些結(jié)果[J];應(yīng)用數(shù)學(xué)學(xué)報;1990年01期

2 馮希杰;長江三峽及其鄰區(qū)斷裂活動時間序列[J];華南地震;1991年02期

3 王霞,郭嗣琮,劉淑娟;時間序列模糊滑動預(yù)測[J];遼寧工程技術(shù)大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)版);1999年03期

4 溫品人;時間序列預(yù)測法的實際應(yīng)用分析[J];江蘇廣播電視大學(xué)學(xué)報;2001年06期

5 許清海;混沌投資時間序列的嬗變[J];漳州師范學(xué)院學(xué)報(自然科學(xué)版);2003年01期

6 程毛林;時間序列系統(tǒng)建模預(yù)測的一種新方法[J];數(shù)學(xué)的實踐與認識;2004年08期

7 高潔;長記憶時間序列適應(yīng)性預(yù)測的應(yīng)用[J];江南大學(xué)學(xué)報;2004年05期

8 高潔;孫立新;;長記憶時間序列的適應(yīng)性預(yù)測誤差的譜密度[J];統(tǒng)計與決策;2006年13期

9 楊鐘瑾;;淺談時間序列的分析預(yù)測[J];中國科技信息;2006年14期

10 李健;孫廣中;許胤龍;;基于時間序列的預(yù)測模型應(yīng)用與異常檢測[J];計算機輔助工程;2006年02期

中國重要會議論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 周家斌;張海福;楊桂英;;多維多步時間序列預(yù)報方法及其應(yīng)用[A];中國現(xiàn)場統(tǒng)計研究會第九屆學(xué)術(shù)年會論文集[C];1999年

2 馬培蓓;紀(jì)軍;;基于時間序列的航空備件消耗預(yù)測[A];中國系統(tǒng)工程學(xué)會決策科學(xué)專業(yè)委員會第六屆學(xué)術(shù)年會論文集[C];2005年

3 盧世坤;李夕海;牛超;陳蛟;;時間序列的非線性非平穩(wěn)特性研究綜述[A];國家安全地球物理叢書（八）——遙感地球物理與國家安全[C];2012年

4 李強;;基于線性模型方法對時間序列中異常值的檢測及證券實證分析[A];加入WTO和中國科技與可持續(xù)發(fā)展——挑戰(zhàn)與機遇、責(zé)任和對策（上冊）[C];2002年

5 戴麗金;何振峰;;基于云模型的時間序列相似性度量方法[A];第八屆中國不確定系統(tǒng)年會論文集[C];2010年

6 謝美萍;趙希人;莊秀龍;;多維非線性時間序列的投影尋蹤學(xué)習(xí)逼近[A];'99系統(tǒng)仿真技術(shù)及其應(yīng)用學(xué)術(shù)交流會論文集[C];1999年

7 張大斌;李紅燕;劉肖;張文生;;非線性時問序列的小波-模糊神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)集成預(yù)測方法[A];第十五屆中國管理科學(xué)學(xué)術(shù)年會論文集（下）[C];2013年

8 黃云貴;;基于時間序列的電網(wǎng)固定資產(chǎn)投資規(guī)模研究[A];2012年云南電力技術(shù)論壇論文集（文摘部分）[C];2012年

9 李松臣;張世英;;時間序列高階矩持續(xù)和協(xié)同持續(xù)性研究[A];21世紀(jì)數(shù)量經(jīng)濟學(xué)（第8卷）[C];2007年

10 陳赫;羅聲求;;歷史橫斷面數(shù)據(jù)的時間序列化[A];科學(xué)決策與系統(tǒng)工程——中國系統(tǒng)工程學(xué)會第六次年會論文集[C];1990年

中國重要報紙全文數(shù)據(jù)庫 前6條

1 ;《時間序列與金融數(shù)據(jù)分析》[N];中國信息報;2004年

2 何德旭 王朝陽;時間序列計量經(jīng)濟學(xué)：協(xié)整與有條件的異方差自回歸[N];中國社會科學(xué)院院報;2003年

3 劉俏;讓數(shù)據(jù)坦白真相[N];21世紀(jì)經(jīng)濟報道;2003年

4 西南證券高級研究員 董先安邋德圣基金研究中心 郭奔宇;預(yù)計6月CPI同比上漲7.2%[N];證券時報;2008年

5 東證期貨 王愛華　楊衛(wèi)東;兩年漲跌輪回 秋季普遍下跌[N];期貨日報;2009年

6 任勇邋鄭重;中國對世界鋼材價格的影響實證分析[N];現(xiàn)代物流報;2007年

中國博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 張墨謙;遙感時間序列數(shù)據(jù)的特征挖掘：在生態(tài)學(xué)中的應(yīng)用[D];復(fù)旦大學(xué);2014年

2 張德成;滑坡預(yù)測預(yù)報研究[D];昆明理工大學(xué);2015年

3 苗圣法;時間序列的模式檢測[D];蘭州大學(xué);2015年

4 翁同峰;時間序列與復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)之間等價性問題及表征應(yīng)用研究[D];哈爾濱工業(yè)大學(xué);2015年

5 楊婷婷;用Argo浮標(biāo)結(jié)合衛(wèi)星觀測估算北太平洋經(jīng)向熱輸運[D];中國科學(xué)院研究生院(海洋研究所);2015年

6 史文彬;時間序列的相關(guān)性及信息熵分析[D];北京交通大學(xué);2016年

7 原繼東;時間序列分類算法研究[D];北京交通大學(xué);2016年

8 王曉曄;時間序列數(shù)據(jù)挖掘中相似性和趨勢預(yù)測的研究[D];天津大學(xué);2003年

9 李桂玲;時間序列的分割及不一致發(fā)現(xiàn)研究[D];華中科技大學(xué);2012年

10 周勇;時間序列時序關(guān)聯(lián)規(guī)則挖掘研究[D];西南財經(jīng)大學(xué);2008年

中國碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 張鳴敏;基于支持向量回歸的PM_(2.5)濃度預(yù)測研究[D];南京信息工程大學(xué);2015年

2 林健;基于改進小世界回聲狀態(tài)網(wǎng)的時間序列預(yù)測[D];渤海大學(xué);2015年

3 曹智麗;日氣溫和干旱指數(shù)支持向量回歸預(yù)測方法[D];南京信息工程大學(xué);2015年

4 高雄飛;基于分形理論的土壤含水量時間序列特性分析[D];長安大學(xué);2015年

5 姚茜;城市安全生產(chǎn)發(fā)展目標(biāo)研究[D];中國地質(zhì)大學(xué)(北京);2015年

6 郭博;余額寶用戶特征分析和申贖行為研究[D];電子科技大學(xué);2015年

7 王偉;基于時間序列的噪聲監(jiān)測點異常發(fā)現(xiàn)[D];南京航空航天大學(xué);2015年

8 鄭平;支持向量回歸在金融時間序列預(yù)測中的應(yīng)用[D];遼寧師范大學(xué);2015年

9 李鴻利;時間序列的行為匹配與評估技術(shù)研究[D];解放軍信息工程大學(xué);2014年

10 王珂;基于時間序列法的不良數(shù)據(jù)的辨識與修正研究[D];東南大學(xué);2015年

，

本文編號：672558