本文關(guān)鍵詞：小鼠核糖體蛋白基因中的組合轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件分析

  更多相關(guān)文章： 小鼠核糖體蛋白基因 內(nèi)含子 組合調(diào)控 區(qū)域偏好 協(xié)同作用

【摘要】：研究表明,第一內(nèi)含子可能參與基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控。利用Markov鏈方法在小鼠核糖體蛋白(ribosomal protein)基因上游至第一內(nèi)含子序列中抽提出一批高頻出現(xiàn)模體(over-represented motifs),這些模體大部分與TRANSFAC中收集的小鼠基因轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)吻合,是潛在的調(diào)控元件。將這些模體兩兩組合,利用超幾何分布(hypergeometric distribution)和曼-惠特尼U檢驗(yàn)(Mann-Whitney U test)獲得了133對(duì)潛在轉(zhuǎn)錄調(diào)控模體對(duì),其中一些與已知具有相互作用的轉(zhuǎn)錄因子對(duì)吻合,且大部分為協(xié)同作用。對(duì)抽提的模體對(duì)在不同區(qū)域中的出現(xiàn)情況進(jìn)行分析,發(fā)現(xiàn)模體對(duì)主要出現(xiàn)在"上游-上游"(95.5%)和"上游-內(nèi)含子"(57.9%)區(qū)域。結(jié)果進(jìn)一步支持了內(nèi)含子參與轉(zhuǎn)錄調(diào)控的假設(shè),并且推測(cè)上游與內(nèi)含子之間具有轉(zhuǎn)錄協(xié)同作用。
【作者單位】： 云南民族大學(xué)數(shù)學(xué)與計(jì)算機(jī)科學(xué)學(xué)院;云南大學(xué)生物資源保護(hù)和利用重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;四川大學(xué)計(jì)算機(jī)學(xué)院;
【關(guān)鍵詞】： 小鼠核糖體蛋白基因 內(nèi)含子 組合調(diào)控 區(qū)域偏好 協(xié)同作用
【基金】：國(guó)家自然科學(xué)基金(31360277,31460297和11461083) 云南省教育廳基金重點(diǎn)項(xiàng)目(2013Z042)共同資助
【分類號(hào)】：Q78
【正文快照】： 明,650091Analysis of Combinatorial Transcriptional Regulatory Elements in MouseRibosomal Protein GenesLi Huimin1,3*Yang Zhigang2Jiang Shaoping11 School of Mathematics and Computer Science,Yunnan Minzu University,Kunming,650500;2 College of Computer Scien

【相似文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 邵斌;;核糖體蛋白基因上游轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件協(xié)同作用的分析[J];生物數(shù)學(xué)學(xué)報(bào);2010年03期

2 商璇,何焱,張雷,何春江,夏來新,高尚,郭一清,程漢華,周榮家;黃鱔性腺高表達(dá)的核糖體蛋白基因[J];遺傳;2005年02期

3 丁雪梅;;一類核糖體蛋白基因堿基出現(xiàn)頻率分析[J];科技信息;2009年10期

4 楊云杰;和燕;官曉莉;;核糖體蛋白基因轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)附近堿基信息分析[J];玉溪師范學(xué)院學(xué)報(bào);2007年08期

5 丁雪梅;;含內(nèi)含子的核糖體蛋白基因轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)情況分析[J];赤峰學(xué)院學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版);2013年04期

6 田瑞琴;張靜;胡俊;;酵母核糖體蛋白基因組合轉(zhuǎn)錄調(diào)控位點(diǎn)統(tǒng)計(jì)分析[J];生物信息學(xué);2010年02期

7 王寧,陳潤(rùn)生,王永雄;16個(gè)完整基因組中核糖體蛋白基因排列順序保守性的研究[J];中國(guó)科學(xué)C輯:生命科學(xué);2000年01期

8 李慧敏;陳丹;;人與小鼠核糖體蛋白基因內(nèi)含子中的轉(zhuǎn)錄調(diào)控位點(diǎn)分析[J];遺傳;2012年12期

9 顧志敏,王建飛,黃驥,張紅生;水稻胞質(zhì)核糖體蛋白基因OsRPS7的克隆與序列分析[J];遺傳;2004年02期

10 丁雪梅;;一類核糖體蛋白基因轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)與堿基情況分析[J];科技信息;2013年20期

中國(guó)重要會(huì)議論文全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 商璇;何焱;張雷;何春江;夏來新;高尚;郭一清;程漢華;周榮家;;高密點(diǎn)陣技術(shù)顯示的黃鱔性腺高表達(dá)的核糖體蛋白基因[A];湖北省遺傳學(xué)會(huì)第七次代表大會(huì)暨學(xué)術(shù)討論會(huì)論文摘要集[C];2004年

中國(guó)博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 陳忠科;青島文昌魚AmphiTCTP，，AmphiG10及核糖體蛋白基因的研究[D];山東大學(xué);2006年

中國(guó)碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前4條

1 卞樂芝;裂殖酵母核糖體蛋白基因rpl32-2的推測(cè)轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子RPS601的驗(yàn)證及其下游靶基因ace2的研究[D];南京師范大學(xué);2015年

2 李衛(wèi)華;家蠶核糖體蛋白基因的染色體定位研究[D];河南農(nóng)業(yè)大學(xué);2006年

3 謝麗霞;極端嗜鹽曲霉核糖體蛋白基因SpRPS3ae和SpRPL44的克隆及其抗逆功能研究[D];吉林大學(xué);2013年

4 鞏孝帝;水稻核糖體蛋白基因ASL1的圖位克隆與功能分析[D];上海師范大學(xué);2014年

本文編號(hào)：656883