本文關(guān)鍵詞：葡萄OVATE基因家族生物信息學(xué)及表達(dá)

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【摘要】：【目的】OVATE是一類(lèi)調(diào)控植物生長(zhǎng)發(fā)育的轉(zhuǎn)錄抑制因子,對(duì)葡萄OVATE基因家族(Vv OFPs)進(jìn)行生物信息學(xué)和組織特異性表達(dá)分析,為該類(lèi)基因的功能研究奠定基礎(chǔ)�！痉椒ā扛鶕�(jù)OVATE保守域蛋白序列(PF04844)對(duì)葡萄OVATE基因家族進(jìn)行鑒定,利用生物信息學(xué)方法對(duì)葡萄OVATE基因家族染色體定位、基因結(jié)構(gòu)、保守結(jié)構(gòu)域、亞細(xì)胞定位等方面進(jìn)行預(yù)測(cè)和分析,并分析葡萄和擬南芥OVATE基因家族的進(jìn)化關(guān)系。采用實(shí)時(shí)熒光定量PCR技術(shù)檢測(cè)Vv OFPs組織表達(dá)特性�！窘Y(jié)果】葡萄OVATE基因家族包含17個(gè)成員,不均勻地分布在11條染色體上,均沒(méi)有內(nèi)含子結(jié)構(gòu),編碼115—444個(gè)氨基酸,等電點(diǎn)4.55—9.69,均為親水蛋白;所有蛋白均包含完整的OVATE保守結(jié)構(gòu)域,亞細(xì)胞定位主要在細(xì)胞核中。根據(jù)進(jìn)化樹(shù)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu),將葡萄和擬南芥OVATE蛋白家族聚為六類(lèi)(Ⅰ—Ⅵ),其中,Ⅱ、Ⅲ、Ⅴ類(lèi)僅包含兩個(gè)基因,Ⅰ、Ⅳ、Ⅵ類(lèi)中Vv OFPs和At OFPs相互交錯(cuò)地聚類(lèi)在一起;Vv OFPs和At OFPs共包含10個(gè)未知基序,保守元件1和2位于OVATE結(jié)構(gòu)域區(qū)域,此外,在OVATE結(jié)構(gòu)域外每個(gè)類(lèi)別均包含特有基序。Vv OFPs具有組織表達(dá)特異性,12個(gè)基因在根、莖、葉、花和果實(shí)中均可以檢測(cè)到表達(dá),其余5個(gè)基因僅在特定組織中表達(dá)。多數(shù)Vv OFPs在根、嫩莖和花中表達(dá)量較高,在嫩葉和果實(shí)中僅檢測(cè)到少數(shù)基因表達(dá);Vv OFPs在不同發(fā)育期表達(dá)量存在差異,通常在開(kāi)花前1周和開(kāi)花期表達(dá)量較高,而花后4周果實(shí)中表達(dá)量較低。1對(duì)旁系同源基因表達(dá)模式相似,3對(duì)旁系同源基因產(chǎn)生了新的表達(dá)模式。【結(jié)論】葡萄OVATE結(jié)構(gòu)域序列比較保守,其在不同組織中呈現(xiàn)出多種表達(dá)模式,推測(cè)其可能參與了葡萄生長(zhǎng)發(fā)育的調(diào)控。
【作者單位】： 南京農(nóng)業(yè)大學(xué)園藝學(xué)院;
【關(guān)鍵詞】： 葡萄 OVATE基因家族 生物信息學(xué) 表達(dá)
【基金】：國(guó)家現(xiàn)代農(nóng)業(yè)葡萄產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系項(xiàng)目(CARS-30) 國(guó)家“948”重點(diǎn)項(xiàng)目(2016-X19) 淮安科技局葡萄新品種引進(jìn)及設(shè)施栽培技術(shù)研究與應(yīng)用項(xiàng)目(HAC2014019) 江蘇省科技廳設(shè)施條件下葡萄高效栽培新技術(shù)研究與應(yīng)用項(xiàng)目(SBE2014030811)
【分類(lèi)號(hào)】：S663.1
【正文快照】： 0引言 【研究意義】OVATE是一類(lèi)植物轉(zhuǎn)錄因子[1-5],調(diào)控植物生長(zhǎng)發(fā)育的多個(gè)方面,包括胚囊和花粉發(fā)育[1]、次生細(xì)胞壁合成[5]以及果實(shí)形狀[6-7]等。葡萄(Vitis L.)具有5 000多年的栽培歷史[8],其保留著古老的開(kāi)花植物的基因組結(jié)構(gòu),是非常有用的模式植物[9]。對(duì)葡萄OVATE基因家

【相似文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

1 安新民,張上隆,徐昌杰;柑桔轉(zhuǎn)化酶基因家族新成員的克隆和序列分析[J];上海交通大學(xué)學(xué)報(bào)(農(nóng)業(yè)科學(xué)版);2003年01期

2 牛艷梅;沈文濤;周鵬;;Expansin超級(jí)家族的進(jìn)化與命名[J];廣東農(nóng)業(yè)科學(xué);2007年08期

3 魏云虎;張煜s，

本文編號(hào)：610625