本文關(guān)鍵詞：柑橘青霉菌CYP51B基因和上游調(diào)控區(qū)克隆及生物信息學(xué)分析

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【摘要】：【目的】克隆柑橘青霉菌(意大利青霉菌,Penicillium italicum)CYP51的同源基因,并對(duì)基因序列進(jìn)行生物信息學(xué)分析�！痉椒ā客ㄟ^PCR及染色體步移技術(shù)得到基因的完整序列及上下游調(diào)控序列。通過生物信息學(xué)手段對(duì)基因的結(jié)構(gòu)進(jìn)行分析:使用NNPP分析軟件預(yù)測(cè)轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn),并利用TFSEARCH1.3軟件分析轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)。利用SWISS-MODEL在線軟件對(duì)蛋白進(jìn)行同源模建�！窘Y(jié)果】克隆得到了意大利青霉菌CYP51的同源基因,命名為Pi CYP51B。獲得的Pi CYP51B及上下游調(diào)控區(qū)序列總長為3 496 bp,包括上游910 bp和下游834 bp的序列。Pi CYP51B基因的開放閱讀框全長1 575 bp,編碼524個(gè)氨基酸。該基因含有3個(gè)分別為74、51、52 bp的內(nèi)含子,分別位于247 bp與320 bp之間,519 bp與569 bp之間,1 635 bp與1 686 bp之間。Pi CYP51B 5′上游調(diào)控區(qū)序列的總長為579 bp。生物信息學(xué)分析結(jié)果顯示:轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)位于上游458 bp處;上游調(diào)控區(qū)不僅包含啟動(dòng)子的核心結(jié)構(gòu)序列TATA盒(位于-25 bp處),也包含多個(gè)轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn),如Abd-B、ADR1、AP-4、GATA-1、Cdx A、Clox和Oct-1等。在上游調(diào)控序列中嘌呤含量高,而且從+387 bp處開始存在4個(gè)連續(xù)高嘌呤含量的熱激轉(zhuǎn)錄因子特異性結(jié)合位點(diǎn)(HSF);在+106 bp處開始存在3個(gè)連續(xù)的Cdx A轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)。選用人CYP51晶體結(jié)構(gòu)(PDB ID:3LD6)為模板,利用SWISS-MODEL在線軟件構(gòu)建了意大利青霉菌CYP51B蛋白的結(jié)構(gòu)模型�！窘Y(jié)論】克隆了意大利青霉Pi CYP51B基因,其上游含有多個(gè)熱激應(yīng)答轉(zhuǎn)錄因子特異性結(jié)合位點(diǎn)(HSF)表明其參與逆境應(yīng)答。該基因作為意大利青霉菌CYP51的同源基因,可能與青霉菌對(duì)真菌藥物的抗藥性密切相關(guān)。
【作者單位】： 華中師范大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院湖北省遺傳與調(diào)控重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;
【關(guān)鍵詞】： 意大利青霉菌 Pi CYPB ′上游調(diào)控序列 同源模建
【基金】：國家自然科學(xué)基金項(xiàng)目(No.31371893,31071653,31101595)~~
【分類號(hào)】：S436.66;Q78
【正文快照】： 指狀青霉(Penicillium digitatum)和意大利青霉(Penicillium italicum)引起的柑橘綠霉病和青霉病是柑橘采后加工、運(yùn)輸和貯存階段的主要侵染性真菌病害,導(dǎo)致嚴(yán)重的經(jīng)濟(jì)損失[1-2]。甾醇14α-去甲基化酶(CYP51)是重要的藥物靶標(biāo)酶,該酶催化甾醇14α-去甲基化反應(yīng)。麥角甾醇的減

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本文編號(hào)：579614