本文關(guān)鍵詞：柑橘青霉菌CYP51B基因和上游調(diào)控區(qū)克隆及生物信息學分析

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【摘要】：【目的】克隆柑橘青霉菌(意大利青霉菌,Penicillium italicum)CYP51的同源基因,并對基因序列進行生物信息學分析�！痉椒ā客ㄟ^PCR及染色體步移技術(shù)得到基因的完整序列及上下游調(diào)控序列。通過生物信息學手段對基因的結(jié)構(gòu)進行分析:使用NNPP分析軟件預測轉(zhuǎn)錄起始位點,并利用TFSEARCH1.3軟件分析轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點。利用SWISS-MODEL在線軟件對蛋白進行同源模建�！窘Y(jié)果】克隆得到了意大利青霉菌CYP51的同源基因,命名為Pi CYP51B。獲得的Pi CYP51B及上下游調(diào)控區(qū)序列總長為3 496 bp,包括上游910 bp和下游834 bp的序列。Pi CYP51B基因的開放閱讀框全長1 575 bp,編碼524個氨基酸。該基因含有3個分別為74、51、52 bp的內(nèi)含子,分別位于247 bp與320 bp之間,519 bp與569 bp之間,1 635 bp與1 686 bp之間。Pi CYP51B 5′上游調(diào)控區(qū)序列的總長為579 bp。生物信息學分析結(jié)果顯示:轉(zhuǎn)錄起始位點位于上游458 bp處;上游調(diào)控區(qū)不僅包含啟動子的核心結(jié)構(gòu)序列TATA盒(位于-25 bp處),也包含多個轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點,如Abd-B、ADR1、AP-4、GATA-1、Cdx A、Clox和Oct-1等。在上游調(diào)控序列中嘌呤含量高,而且從+387 bp處開始存在4個連續(xù)高嘌呤含量的熱激轉(zhuǎn)錄因子特異性結(jié)合位點(HSF);在+106 bp處開始存在3個連續(xù)的Cdx A轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點。選用人CYP51晶體結(jié)構(gòu)(PDB ID:3LD6)為模板,利用SWISS-MODEL在線軟件構(gòu)建了意大利青霉菌CYP51B蛋白的結(jié)構(gòu)模型�！窘Y(jié)論】克隆了意大利青霉Pi CYP51B基因,其上游含有多個熱激應答轉(zhuǎn)錄因子特異性結(jié)合位點(HSF)表明其參與逆境應答。該基因作為意大利青霉菌CYP51的同源基因,可能與青霉菌對真菌藥物的抗藥性密切相關(guān)。
【作者單位】： 華中師范大學生命科學學院湖北省遺傳與調(diào)控重點實驗室;
【關(guān)鍵詞】： 意大利青霉菌 Pi CYPB ′上游調(diào)控序列 同源模建
【基金】：國家自然科學基金項目(No.31371893,31071653,31101595)~~
【分類號】：S436.66;Q78
【正文快照】： 指狀青霉(Penicillium digitatum)和意大利青霉(Penicillium italicum)引起的柑橘綠霉病和青霉病是柑橘采后加工、運輸和貯存階段的主要侵染性真菌病害,導致嚴重的經(jīng)濟損失[1-2]。甾醇14α-去甲基化酶(CYP51)是重要的藥物靶標酶,該酶催化甾醇14α-去甲基化反應。麥角甾醇的減

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本文編號：579614