本文關(guān)鍵詞：轉(zhuǎn)錄因子和組蛋白修飾的分布特征以及高低表達(dá)基因的識(shí)別

  更多相關(guān)文章： 轉(zhuǎn)錄因子 組蛋白修飾 重疊率 基因表達(dá)水平

【摘要】：轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合與組蛋白修飾的發(fā)生對(duì)于基因表達(dá)的精確調(diào)控是至關(guān)重要的,轉(zhuǎn)錄因子通過(guò)與基因的啟動(dòng)子、增強(qiáng)子等調(diào)控區(qū)域特異的、短的序列模體相結(jié)合,激活或抑制基因的轉(zhuǎn)錄表達(dá)。調(diào)控基因的轉(zhuǎn)錄因子總是與包括組蛋白修飾在內(nèi)的其他因子相關(guān)聯(lián)。當(dāng)前,隨著高通量測(cè)序技術(shù)的廣泛應(yīng)用,基于染色質(zhì)免疫共沉淀的測(cè)序技術(shù)得到了大量的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合和組蛋白修飾的ChIP-Seq數(shù)據(jù),使得研究轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合和組蛋白修飾調(diào)控基因轉(zhuǎn)錄表達(dá)的相互作用模式成為可能。為了得到更顯著的結(jié)合位點(diǎn)富集信息,借助于信號(hào)峰搜索(peak finders)算法,ENCODE數(shù)據(jù)庫(kù)提供了轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合和組蛋白修飾信號(hào)峰(Peaks)數(shù)據(jù)。本文利用人類GM12878和K562兩類細(xì)胞系共有的55種轉(zhuǎn)錄因子與11種組蛋白修飾最新的結(jié)合信號(hào)峰數(shù)據(jù),統(tǒng)計(jì)了轉(zhuǎn)錄因子和組蛋白修飾在兩類細(xì)胞系中基因組范圍及TSS附近的分布,計(jì)算了轉(zhuǎn)錄因子和組蛋白修飾的重疊率和平均重疊率,討論了轉(zhuǎn)錄因子之間相互作用發(fā)揮調(diào)控功能的潛在組合模式,比較了轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合與組蛋白修飾的細(xì)胞系特異性�；赗NA-Seq轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),構(gòu)建了具有高、低表達(dá)水平的基因庫(kù)。根據(jù)TSS附近轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合和組蛋白修飾的分布信號(hào),利用SVM(支持向量機(jī))算法,對(duì)兩類基因進(jìn)行識(shí)別,發(fā)現(xiàn)了一些具有較高識(shí)別能力的轉(zhuǎn)錄因子與組蛋白修飾,最好的識(shí)別精度達(dá)到93%。通過(guò)分析發(fā)現(xiàn)分布差異大的轉(zhuǎn)錄因子或組蛋白修飾識(shí)別高低表達(dá)基因的能力也是相差很大的,并且分布差異的趨勢(shì)與識(shí)別差異的趨勢(shì)基本保持一致；最后,通過(guò)重疊率和平均重疊率的計(jì)算結(jié)果,來(lái)對(duì)識(shí)別的結(jié)果進(jìn)行了分析。
【關(guān)鍵詞】：轉(zhuǎn)錄因子 組蛋白修飾 重疊率 基因表達(dá)水平
【學(xué)位授予單位】：內(nèi)蒙古大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號(hào)】：Q78
【目錄】：

• 摘要4-6
• ABSTRACT6-10
• 第一章 緒論10-16
• 1.1 研究背景及意義10-13
• 1.1.1 轉(zhuǎn)錄因子及其研究進(jìn)展10-11
• 1.1.2 組蛋白修飾及其研究進(jìn)展11-12
• 1.1.3 轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合和組蛋白修飾與基因表達(dá)的關(guān)系12-13
• 1.2 相關(guān)數(shù)據(jù)的實(shí)驗(yàn)測(cè)定13-15
• 1.2.1 轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合與組蛋白修飾的高通量實(shí)驗(yàn)測(cè)定13
• 1.2.2 轉(zhuǎn)錄組高通量實(shí)驗(yàn)測(cè)定13-15
• 1.3 論文結(jié)構(gòu)15-16
• 第二章 數(shù)據(jù)庫(kù)及材料的選用和處理方法16-24
• 2.1 ENCODE數(shù)據(jù)庫(kù)及數(shù)據(jù)類型介紹16-17
• 2.2 數(shù)據(jù)材料的選用17-18
• 2.3 方法介紹18-23
• 2.3.1 細(xì)胞系間的相對(duì)信號(hào)強(qiáng)度分布差異18-19
• 2.3.2 重疊率與平均重疊率19-20
• 2.3.3 高低表達(dá)基因分類及其識(shí)別模型20-21
• 2.3.4 識(shí)別算法與評(píng)價(jià)指標(biāo)21-22
• 2.3.5 轉(zhuǎn)錄因子相關(guān)性的計(jì)算22-23
• 2.4 討論與小結(jié)23-24
• 第三章 轉(zhuǎn)錄因子和組蛋白修飾信號(hào)分布的相關(guān)研究24-27
• 3.1 轉(zhuǎn)錄因子和組蛋白修飾調(diào)控基因表達(dá)的模式24
• 3.2 兩類細(xì)胞系間轉(zhuǎn)錄因子和組蛋白修飾信號(hào)的分布差異24-25
• 3.3 討論與小結(jié)25-27
• 第四章 轉(zhuǎn)錄因子和組蛋白修飾的重疊特征27-34
• 4.1 同一細(xì)胞系轉(zhuǎn)錄因子的重疊率分析27-28
• 4.2 轉(zhuǎn)錄因子重疊率的細(xì)胞系間差異分析28-29
• 4.3 轉(zhuǎn)錄因子和組蛋白修飾的重疊率29-30
• 4.4 轉(zhuǎn)錄因子和組蛋白修飾平均重疊率的分析30-32
• 4.5 轉(zhuǎn)錄因子之間的相關(guān)性分析32-33
• 4.6 討論與小結(jié)33-34
• 第五章 轉(zhuǎn)錄因子和組蛋白修飾的組合模式識(shí)別高低表達(dá)的基因34-39
• 5.1 高低表達(dá)基因的識(shí)別34-37
• 5.2 重疊率和平均重疊率與識(shí)別高低表達(dá)基因的關(guān)系37
• 5.3 討論與小結(jié)37-39
• 第六章 總結(jié)與展望39-41
• 6.1 全文總結(jié)39-40
• 6.2 后續(xù)工作展望40-41
• 參考文獻(xiàn)41-44
• 致謝44-45
• 碩士期間發(fā)表論文45

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