本文關(guān)鍵詞：轉(zhuǎn)錄因子和組蛋白修飾的分布特征以及高低表達(dá)基因的識別

  更多相關(guān)文章： 轉(zhuǎn)錄因子 組蛋白修飾 重疊率 基因表達(dá)水平

【摘要】：轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合與組蛋白修飾的發(fā)生對于基因表達(dá)的精確調(diào)控是至關(guān)重要的,轉(zhuǎn)錄因子通過與基因的啟動子、增強子等調(diào)控區(qū)域特異的、短的序列模體相結(jié)合,激活或抑制基因的轉(zhuǎn)錄表達(dá)。調(diào)控基因的轉(zhuǎn)錄因子總是與包括組蛋白修飾在內(nèi)的其他因子相關(guān)聯(lián)。當(dāng)前,隨著高通量測序技術(shù)的廣泛應(yīng)用,基于染色質(zhì)免疫共沉淀的測序技術(shù)得到了大量的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合和組蛋白修飾的ChIP-Seq數(shù)據(jù),使得研究轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合和組蛋白修飾調(diào)控基因轉(zhuǎn)錄表達(dá)的相互作用模式成為可能。為了得到更顯著的結(jié)合位點富集信息,借助于信號峰搜索(peak finders)算法,ENCODE數(shù)據(jù)庫提供了轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合和組蛋白修飾信號峰(Peaks)數(shù)據(jù)。本文利用人類GM12878和K562兩類細(xì)胞系共有的55種轉(zhuǎn)錄因子與11種組蛋白修飾最新的結(jié)合信號峰數(shù)據(jù),統(tǒng)計了轉(zhuǎn)錄因子和組蛋白修飾在兩類細(xì)胞系中基因組范圍及TSS附近的分布,計算了轉(zhuǎn)錄因子和組蛋白修飾的重疊率和平均重疊率,討論了轉(zhuǎn)錄因子之間相互作用發(fā)揮調(diào)控功能的潛在組合模式,比較了轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合與組蛋白修飾的細(xì)胞系特異性�；赗NA-Seq轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),構(gòu)建了具有高、低表達(dá)水平的基因庫。根據(jù)TSS附近轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合和組蛋白修飾的分布信號,利用SVM(支持向量機)算法,對兩類基因進(jìn)行識別,發(fā)現(xiàn)了一些具有較高識別能力的轉(zhuǎn)錄因子與組蛋白修飾,最好的識別精度達(dá)到93%。通過分析發(fā)現(xiàn)分布差異大的轉(zhuǎn)錄因子或組蛋白修飾識別高低表達(dá)基因的能力也是相差很大的,并且分布差異的趨勢與識別差異的趨勢基本保持一致；最后,通過重疊率和平均重疊率的計算結(jié)果,來對識別的結(jié)果進(jìn)行了分析。
【關(guān)鍵詞】：轉(zhuǎn)錄因子 組蛋白修飾 重疊率 基因表達(dá)水平
【學(xué)位授予單位】：內(nèi)蒙古大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：Q78
【目錄】：

• 摘要4-6
• ABSTRACT6-10
• 第一章 緒論10-16
• 1.1 研究背景及意義10-13
• 1.1.1 轉(zhuǎn)錄因子及其研究進(jìn)展10-11
• 1.1.2 組蛋白修飾及其研究進(jìn)展11-12
• 1.1.3 轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合和組蛋白修飾與基因表達(dá)的關(guān)系12-13
• 1.2 相關(guān)數(shù)據(jù)的實驗測定13-15
• 1.2.1 轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合與組蛋白修飾的高通量實驗測定13
• 1.2.2 轉(zhuǎn)錄組高通量實驗測定13-15
• 1.3 論文結(jié)構(gòu)15-16
• 第二章 數(shù)據(jù)庫及材料的選用和處理方法16-24
• 2.1 ENCODE數(shù)據(jù)庫及數(shù)據(jù)類型介紹16-17
• 2.2 數(shù)據(jù)材料的選用17-18
• 2.3 方法介紹18-23
• 2.3.1 細(xì)胞系間的相對信號強度分布差異18-19
• 2.3.2 重疊率與平均重疊率19-20
• 2.3.3 高低表達(dá)基因分類及其識別模型20-21
• 2.3.4 識別算法與評價指標(biāo)21-22
• 2.3.5 轉(zhuǎn)錄因子相關(guān)性的計算22-23
• 2.4 討論與小結(jié)23-24
• 第三章 轉(zhuǎn)錄因子和組蛋白修飾信號分布的相關(guān)研究24-27
• 3.1 轉(zhuǎn)錄因子和組蛋白修飾調(diào)控基因表達(dá)的模式24
• 3.2 兩類細(xì)胞系間轉(zhuǎn)錄因子和組蛋白修飾信號的分布差異24-25
• 3.3 討論與小結(jié)25-27
• 第四章 轉(zhuǎn)錄因子和組蛋白修飾的重疊特征27-34
• 4.1 同一細(xì)胞系轉(zhuǎn)錄因子的重疊率分析27-28
• 4.2 轉(zhuǎn)錄因子重疊率的細(xì)胞系間差異分析28-29
• 4.3 轉(zhuǎn)錄因子和組蛋白修飾的重疊率29-30
• 4.4 轉(zhuǎn)錄因子和組蛋白修飾平均重疊率的分析30-32
• 4.5 轉(zhuǎn)錄因子之間的相關(guān)性分析32-33
• 4.6 討論與小結(jié)33-34
• 第五章 轉(zhuǎn)錄因子和組蛋白修飾的組合模式識別高低表達(dá)的基因34-39
• 5.1 高低表達(dá)基因的識別34-37
• 5.2 重疊率和平均重疊率與識別高低表達(dá)基因的關(guān)系37
• 5.3 討論與小結(jié)37-39
• 第六章 總結(jié)與展望39-41
• 6.1 全文總結(jié)39-40
• 6.2 后續(xù)工作展望40-41
• 參考文獻(xiàn)41-44
• 致謝44-45
• 碩士期間發(fā)表論文45

【相似文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 李潔;植物轉(zhuǎn)錄因子與基因調(diào)控[J];生物學(xué)通報;2004年03期

2 趙耀,吳珍齡,楊盛山;硒對轉(zhuǎn)錄因子的調(diào)控[J];生命的化學(xué);2004年03期

3 王傳琦;孔穩(wěn)穩(wěn);李晶;;植物轉(zhuǎn)錄因子最新研究方法[J];生物技術(shù)通訊;2013年01期

4 溫進(jìn)坤;;磷酸化作用對轉(zhuǎn)錄因子活性的調(diào)節(jié)[J];生命的化學(xué)(中國生物化學(xué)會通訊);1993年05期

5 蘇中啟;分子生物學(xué)研究的新焦點：轉(zhuǎn)錄因子[J];世界科學(xué);1995年08期

6 吳乃虎,刁豐秋;植物轉(zhuǎn)錄因子與發(fā)育調(diào)控[J];科學(xué)通報;1998年20期

7 鐘小林,周建新,楊衛(wèi)華,廖榮霞;轉(zhuǎn)錄因子與疾病[J];生命的化學(xué);2003年01期

8 王建國;宋喜娥;李潤植;;植物轉(zhuǎn)錄因子的胞間運動[J];細(xì)胞生物學(xué)雜志;2007年01期

9 黃吉祥;任麗平;曹明富;;植物抗脅迫類轉(zhuǎn)錄因子研究進(jìn)展[J];杭州師范學(xué)院學(xué)報(自然科學(xué)版);2008年01期

10 盧艷敏;李會芬;劉國榮;;植物逆境抗性相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子[J];河北農(nóng)業(yè)科學(xué);2010年01期

中國重要會議論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 吳秀麗;李揚秋;王震;楊力建;陳少華;張洹;朱康兒;韓忠朝;;轉(zhuǎn)錄因子GATA-1基因在白血病骨髓基質(zhì)細(xì)胞中的表達(dá)[A];第九屆全國實驗血液學(xué)會議論文摘要匯編[C];2003年

2 易可可;吳忠長;周潔;張麝龍;吳運榮;劉非燕;吳平;;植物磷饑餓調(diào)控轉(zhuǎn)錄因子研究[A];中國植物生理學(xué)會全國學(xué)術(shù)年會暨成立40周年慶祝大會學(xué)術(shù)論文摘要匯編[C];2003年

3 宗英;袁伯俊;陸國才;;活化轉(zhuǎn)錄因子4在輻射誘導(dǎo)的損傷中的作用及機制[A];中國藥理學(xué)與毒理學(xué)雜志(2013年6月第27卷第3期)[C];2013年

4 易可可;吳忠長;周潔;吳運榮;吳平;;植物耐低磷轉(zhuǎn)錄因子研究[A];中國植物生理學(xué)會全國學(xué)術(shù)年會暨成立40周年慶祝大會學(xué)術(shù)論文摘要匯編[C];2003年

5 胡明輝;胡令彥;周永明;陳海琳;;Th17/Treg相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子在非重型再生障礙性貧血中的意義及與中醫(yī)腎虛分型相關(guān)性[A];中華中醫(yī)藥學(xué)會第二屆岐黃論壇——血液病中醫(yī)藥防治分論壇論文集[C];2014年

6 何男男;王文潔;薛曉鋒;魏琦超;周巖;;HD-Zip轉(zhuǎn)錄因子研究進(jìn)展[A];河南省細(xì)胞生物學(xué)學(xué)會第二屆會員代表大會暨學(xué)術(shù)研討會論文摘要集[C];2009年

7 王黎芳;;轉(zhuǎn)錄因子FBI-1的研究進(jìn)展[A];華東六省一市生物化學(xué)與分子生物學(xué)學(xué)會2006年學(xué)術(shù)交流會論文集[C];2006年

8 魏海明;田志剛;;轉(zhuǎn)錄因子對Th1/Th2分化的調(diào)控作用[A];第七屆全國腫瘤生物治療學(xué)術(shù)會議論文集[C];2001年

9 呂彥霞;張海娟;張梅;余小林;;植物NAC轉(zhuǎn)錄因子的研究進(jìn)展[A];中國園藝學(xué)會十字花科蔬菜分會第十屆學(xué)術(shù)研討會論文集[C];2012年

10 金肆;;基于ELISA技術(shù)的轉(zhuǎn)錄因子檢測方法[A];新觀點新學(xué)說學(xué)術(shù)沙龍文集23：新藥發(fā)現(xiàn)——尋找維護(hù)人類健康的武器[C];2008年

中國重要報紙全文數(shù)據(jù)庫 前3條

1 郭洋;植物也會“抗洪”[N];大眾科技報;2011年

2 白毅;UXT蛋白可增強轉(zhuǎn)錄因子NF—κB活性[N];中國醫(yī)藥報;2007年

3 胡德榮;“轉(zhuǎn)錄蛋白”調(diào)控異�？杉せ钅[瘤細(xì)胞[N];健康報;2007年

中國博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 賴秘;多重組學(xué)手段研究蛋白UHRF2的生物學(xué)功能及其機制[D];中國人民解放軍軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院;2016年

2 徐冬玲;轉(zhuǎn)錄因子MEF2A、KLF2在血管性疾病中的臨床和基礎(chǔ)研究[D];山東大學(xué);2016年

3 韓曉敏;中間錦雞兒3個非生物脅迫相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子的克隆與功能分析[D];內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué);2015年

4 武正華;轉(zhuǎn)錄因子Sal-like protein 2調(diào)控p16~(INK4A)表達(dá)機制的研究[D];上海交通大學(xué);2015年

5 鄭廣勇;哺乳動物轉(zhuǎn)錄因子及其靶基因的挖掘分析[D];復(fù)旦大學(xué);2009年

6 剛毅;功能封閉性雙鏈RNA在胃癌耐藥相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子驗證中的應(yīng)用[D];第四軍醫(yī)大學(xué);2012年

7 李婧;小鼠bHLH轉(zhuǎn)錄因子家族預(yù)測及其大腦調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建[D];上海交通大學(xué);2007年

8 田云;轉(zhuǎn)錄因子JERFs功能的初步研究[D];湖南農(nóng)業(yè)大學(xué);2008年

9 張洪博;ERF轉(zhuǎn)錄因子TSRF1的功能分析[D];中國農(nóng)業(yè)大學(xué);2005年

10 王雪根;以轉(zhuǎn)錄因子為靶的抗腫瘤藥物DECOY寡聚核苷酸研究[D];南京工業(yè)大學(xué);2003年

中國碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 張永興;水稻MYB轉(zhuǎn)錄因子TF865調(diào)控株高的功能研究[D];中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院;2015年

2 牛芳芳;油菜NAC103與擬南芥WSK1轉(zhuǎn)錄因子分別調(diào)控ROS依賴的細(xì)胞死亡與低鉀應(yīng)答的分子機制解析[D];西北農(nóng)林科技大學(xué);2015年

3 陳為峰;黃瓜轉(zhuǎn)錄因子CsbZIP家族基因部分成員的克隆及表達(dá)分析[D];西北農(nóng)林科技大學(xué);2015年

4 周陽云;茉莉酸信號途徑關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子SmMYC2調(diào)控丹參有效成分生物合成的功能解析[D];福建中醫(yī)藥大學(xué);2015年

5 劉春華;玉米轉(zhuǎn)錄因子ZmPTF1基因的功能分析[D];四川農(nóng)業(yè)大學(xué);2014年

6 龍?zhí)锏?轉(zhuǎn)錄因子ZmNAM056調(diào)控玉米淀粉合成相關(guān)基因表達(dá)的初探[D];四川農(nóng)業(yè)大學(xué);2015年

7 仝顏麗;藍(lán)光誘導(dǎo)轉(zhuǎn)錄因子NgAUREO1對釀酒酵母細(xì)胞大小調(diào)控機理及轉(zhuǎn)基因酵母發(fā)酵能力的初步研究[D];中國海洋大學(xué);2015年

8 周燦;細(xì)胞抑癌因子p14ARF通過影響轉(zhuǎn)錄因子KLF6而負(fù)調(diào)控rRNA轉(zhuǎn)錄的研究[D];華東師范大學(xué);2013年

9 王利偉;益艾康膠囊對HIV感染者Th9細(xì)胞及其轉(zhuǎn)錄因子PU.1表達(dá)的影響[D];河南中醫(yī)學(xué)院;2015年

10 肖文貞;轉(zhuǎn)錄因子KLF15通過上調(diào)細(xì)胞周期調(diào)控因子p21抑制細(xì)胞生長[D];華東師范大學(xué);2013年

，

本文編號：575636