本文關(guān)鍵詞：應(yīng)用RNA-Seq技術(shù)篩選不同濃度葉酸培養(yǎng)的QSG-7701細(xì)胞中的差異表達(dá)基因

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【摘要】：目的在驗(yàn)證不同濃度葉酸培養(yǎng)影響人正常肝細(xì)胞系增殖、周期和遷移能力的基礎(chǔ)上,應(yīng)用轉(zhuǎn)錄組測序(RNASeq)技術(shù)篩選差異表達(dá)基因,為進(jìn)一步探討葉酸缺乏與基因差異表達(dá)以及正常肝細(xì)胞惡性轉(zhuǎn)化之間的相關(guān)性打下基礎(chǔ)。方法不同濃度葉酸培養(yǎng)(無葉酸組0 mg/L,正常葉酸組40 mg/L)的人正常肝細(xì)胞系QSG-7701 6個(gè)月,應(yīng)用CCK-8實(shí)驗(yàn)檢測細(xì)胞增殖、流式細(xì)胞技術(shù)檢測細(xì)胞周期、細(xì)胞凋亡、Transwell小室檢測細(xì)胞遷移;利用RNA-Seq技術(shù)對兩組細(xì)胞中的mRNA進(jìn)行檢測,篩選差異mRNA;通過用實(shí)時(shí)定量PCR對RNA-Seq的結(jié)果進(jìn)行驗(yàn)證,并結(jié)合統(tǒng)計(jì)學(xué)和生物信息學(xué)方法分析差異mRNA。結(jié)果無葉酸培養(yǎng)顯著提高QSG-7701細(xì)胞的增殖能力,促進(jìn)細(xì)胞由靜止期進(jìn)入分裂期,促進(jìn)細(xì)胞的遷移能力;RNA-Seq檢測得到含有16 774條差異mRNA的數(shù)據(jù)集,初步分析顯示其中391條差異mRNA可能與不同濃度葉酸培養(yǎng)相關(guān),其中上調(diào)的115條,下調(diào)的276條;隨機(jī)對其中11條進(jìn)行實(shí)時(shí)定量PCR驗(yàn)證,72.73%的結(jié)果與RNA-Seq一致;分析顯示,差異mRNA相對應(yīng)的基因與細(xì)胞周期等生理過程以及多種腫瘤的發(fā)生、發(fā)展密切相關(guān)。結(jié)論最終篩選出參與葉酸調(diào)控正常肝細(xì)胞惡性轉(zhuǎn)化相關(guān)的基因,RNA-Seq技術(shù)能有效地用于差異基因地篩選。
【作者單位】： 第二軍醫(yī)大學(xué)醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)教研室;
【關(guān)鍵詞】： 葉酸 QSG-細(xì)胞 轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù) 基因表達(dá)
【基金】：國家自然科學(xué)基金資助項(xiàng)目(81272331)
【分類號(hào)】：R151
【正文快照】： 葉酸(Folate,FA)是水溶性B族維生素,因在綠葉蔬菜中含量豐富而得名。葉酸參與了人體眾多重要物質(zhì)的合成和代謝,尤其是DNA的合成和甲基化修飾,然而人體自身只能合成少量葉酸,各種生理過程中所需要的葉酸主要由食物中攝取。近年來大量的流行病學(xué)調(diào)查資料及動(dòng)物模型實(shí)驗(yàn)皆表明,葉

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本文編號(hào)：564086