本文關(guān)鍵詞：牦牛CAPN1基因多態(tài)性及與胴體和肉質(zhì)性狀關(guān)聯(lián)研究

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【摘要】：鈣蛋白酶(CAPN)是一種依賴于鈣離子的中性半胱氨酸內(nèi)肽酶,存在于幾乎所有真核生物中。CAPN1屬鈣蛋白酶家族,在動物宰后肌肉成熟嫩化過程中起主要作用。本研究以牦牛CAPN1基因作為候選基因,運用PCR-SSCP技術(shù)檢測甘南牦牛、大通牦牛及天祝白牦牛CAPN1基因第1、13和14內(nèi)含子區(qū)突變,分析檢測區(qū)域遺傳多態(tài)性及其與甘南牦牛的胴體及肉質(zhì)性狀的關(guān)聯(lián)性。主要研究結(jié)果為:(1)甘南牦牛、大通牦牛及天祝白牦牛CAPN1基因第1內(nèi)含子區(qū)存在g.100+606GT的SNP,檢測到M、N兩種等位基因;第13內(nèi)含子區(qū)存在g.22229+28GA和g.22229+52CA的SNPs位點,發(fā)現(xiàn)E、F、G 3種等位基因;第14含子區(qū)檢測到g.22369+24CT、g.22369+80TC和g.22369+103TC的3個SNPs位點,形成4種等位基因A、B、C和D。3牦牛類群CAPN1基因檢測區(qū)域表現(xiàn)為中度多態(tài)。(2)牦牛CAPN1基因“第1內(nèi)含子-第13內(nèi)含子”、“第1內(nèi)含子-第14內(nèi)含子”及“第13內(nèi)含子-第14內(nèi)含子”區(qū)域分別構(gòu)建6種、8種和11種單倍型。各類型單倍型的D?為0.031-0.165,r2為0.001-0.020,即處于連鎖不平衡狀態(tài)。(3)CAPN1基因第1內(nèi)含子突變影響部分年齡段甘南牦牛的肌肉嫩度、眼肌面積和失水率。MM基因型個體肌肉嫩度剪切力值較低而眼肌面積較高,其中3歲牦牛MM型個體嫩度剪切力值顯著低于NN和MN型(P0.05),5歲甘南牦牛MM和NN型個體嫩度顯著低于MN型(P0.05)。4~5歲牦牛MM型個體眼肌面積顯著大于NN型,攜帶等位基因N的個體其眼肌面積均較低,其中4歲牦牛攜帶等位基因N的個體眼肌面積顯著低于未攜帶者(P0.05)。3~6歲牦牛MM型個體肌肉失水率均較高,其中6歲牦牛MM型個體失水率顯著高于NN和MN型(P0.05);攜帶等位基因N的個體失水率均較低,即等位基因N能增加牦牛屠宰后的肌肉保水性。(4)CAPN1基因第13內(nèi)含子突變影響甘南牦牛眼肌面積和熟肉率。4歲牦牛EE型個體眼肌面積顯著大于FF和EF型(P0.05),6歲牦牛EF型個體顯著大于EG型(P0.05);攜帶等位基因E或缺失等位基因F均能在一定程度增加甘南牦牛眼肌面積。6歲牦牛EE和EF型個體熟肉率顯著低于FF和EG型(P0.05),而攜帶等位基因E的個體熟肉率顯著低于未攜帶個體(P0.05)。(5)CAPN1基因第14內(nèi)含子突變影響甘南牦牛肌肉嫩度和胴體重。3歲牦牛AA型個體嫩度剪切力值顯著低于CC型(P0.05),6歲牦牛AA、BB和AB型個體嫩度顯著低于CC型(P0.05),5歲牦牛AB型個體顯著高于CC型(P0.05)。4歲牦牛CC型個體胴體重顯著高于其他基因型(P0.05),5歲牦牛CC型個體胴體重顯著高于AB型和AC型個體(P0.05);等位基因C有增加牦牛胴體重的趨勢,其中5歲牦牛攜帶等位基因C的個體胴體重顯著高于未攜帶個體(P0.05)。
【關(guān)鍵詞】：牦牛 CAPN1基因 多態(tài)性 胴體性狀 肉質(zhì)性狀
【學(xué)位授予單位】：甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：S823.85
【目錄】：

• 摘要4-6
• Summary6-11
• 第一章 文獻綜述11-19
• 1 普通牛及牦牛胴體和肉質(zhì)性狀分子遺傳研究11-14
• 1.1 胴體性狀候選基因12-13
• 1.2 肉質(zhì)性狀候選基因13-14
• 2 本研究檢測的候選基因14-18
• 2.1 鈣蛋白酶系統(tǒng)14
• 2.2 Calpain的作用機理14-16
• 2.3 CAPN1基因研究進展16-18
• 3 本研究的目的和意義18-19
• 第二章 材料與方法19-26
• 1 試驗材料19-20
• 1.1 試驗牦牛樣品19
• 1.2 主要儀器設(shè)備19
• 1.3 主要試劑19-20
• 1.4 主要溶液的配制20
• 2 試驗方法20-24
• 2.1 牦牛胴體及肉質(zhì)性狀測定20-21
• 2.2 基因組DNA的提取21
• 2.3 引物設(shè)計與PCR擴增21-22
• 2.4 SSCP電泳條件優(yōu)化22-24
• 3 數(shù)據(jù)統(tǒng)計分析24-26
• 3.1 統(tǒng)計分析軟件24
• 3.2 基因多態(tài)性數(shù)據(jù)分析方法24-25
• 3.3 候選基因突變與胴體及肉質(zhì)性狀測定值的相關(guān)分析25-26
• 第三章 結(jié)果與分析26-41
• 1 牦牛CAPN1基因PCR擴增26-27
• 2 牦牛CAPN1基因SSCP檢測27-28
• 3 牦牛CAPN1基因等位基因序列比對28-30
• 3.1 牦牛CAPN1基因P1引物等位基因序列比對28
• 3.2 牦牛CAPN1基因P5引物等位基因序列比對28-29
• 3.3 牦牛CAPN1基因P6引物等位基因序列比對29-30
• 4 各類群牦牛CAPN1基因遺傳多態(tài)性30-31
• 4.1 牦牛CAPN1基因第1內(nèi)含子多態(tài)性30
• 4.2 牦牛CAPN1基因第13外顯子-第13內(nèi)含子多態(tài)性分析30-31
• 4.3 牦牛CAPN1基因第14外顯子-第14內(nèi)含子多態(tài)性分析31
• 5 牦牛CAPN1基因單倍型分析31-33
• 6 牦牛CAPN1基因突變與胴體及肉質(zhì)性狀關(guān)聯(lián)分析33-41
• 6.1 甘南牦牛CAPN1基因第1內(nèi)含子突變與胴體及肉質(zhì)性狀相關(guān)性分析33-36
• 6.2 甘南牦牛CAPN1基因第13內(nèi)含子突變與胴體及肉質(zhì)性狀相關(guān)性分析36-38
• 6.3 甘南牦牛CAPN1基因第14內(nèi)含子突變與胴體及肉質(zhì)性狀相關(guān)性分析38-41
• 第四章 討論41-45
• 1 牦牛CAPN1基因第 1、13、14內(nèi)含子區(qū)多態(tài)性較豐富41-42
• 2 牦牛CAPN1基因單倍型豐富且連鎖不平衡42
• 3 CAPN1基因突變影響甘南牦牛部分肉質(zhì)性狀及胴體性狀42-45
• 3.1 CAPN1基因影響甘南牦牛肌肉嫩度42-43
• 3.2 CAPN1基因突變與部分年齡段甘南牦牛肌肉保水性關(guān)聯(lián)43
• 3.3 CAPN1基因影響甘南牦牛熟肉率43
• 3.4 CAPN1基因與甘南牦牛眼肌面積和胴體重的關(guān)系43-45
• 第五章 結(jié)論45-46
• 參考文獻46-53
• 附錄53-56
• 1 主要溶液的配制53-54
• 2 苯酚-氯仿法提取基因組DNA54-55
• 3 切膠測序55-56
• 致謝56-57
• 作者簡介57-58
• 導(dǎo)師簡介58-59

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本文編號：528501