本文關(guān)鍵詞：2014年中國(guó)麻疹的流行病學(xué)和四種麻疹病毒基因型H基因特征分析

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【摘要】：目的對(duì)2014年全國(guó)麻疹報(bào)告確診病例流行病學(xué)數(shù)據(jù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析,了解全國(guó)麻疹流行病學(xué)特征,對(duì)2014年全國(guó)麻疹報(bào)告確診病例進(jìn)行空間分析,了解麻疹發(fā)病的空間分布特點(diǎn)及空間面積單元(省為基本單元)間疹發(fā)病的空間自相關(guān)關(guān)系和探索熱點(diǎn)；分析2014年全國(guó)麻疹病毒野毒株基因型特征分布及分子流行病學(xué)特征；研究2013-2014年引起中國(guó)大陸4起麻疹暴發(fā)疫情的四種基因型(包括H1, B3, D8, D9)麻疹野毒株的血凝素蛋白(H)基因核苷酸和氨基酸變異特征,為預(yù)防控制本土和輸入性麻疹疫情提供科學(xué)依據(jù)。方法分析中國(guó)2014年中國(guó)疾病預(yù)防控制中心信息系統(tǒng)麻疹監(jiān)測(cè)信息報(bào)告管理系統(tǒng)的流行病學(xué)數(shù)據(jù)。ArcGis軟件導(dǎo)入省基本單元的shp地理數(shù)據(jù),屬性表通過(guò)地理行政編碼連接相關(guān)外部excel數(shù)據(jù)表,導(dǎo)入病例數(shù),發(fā)病率等分析指標(biāo),再導(dǎo)出該圖層所有要素；使用Geoda軟件創(chuàng)建權(quán)重矩陣,利用單變量分析指標(biāo)分析面積單元的的空間自相關(guān)關(guān)系。使用SatScan軟件以市為地理單位,天為時(shí)間單位,進(jìn)行時(shí)空掃描,探索熱點(diǎn)區(qū)域。麻疹病原學(xué)常規(guī)監(jiān)測(cè)數(shù)據(jù)分析方法,按照用于基因型鑒定的450bpN羧基末端模板目的片段,使用sequencher軟件對(duì)測(cè)序的麻疹野毒株原始序列進(jìn)行剪切。再用WHO推薦的26株A-G基因型毒株序列和Shanghai-191及4株中國(guó)H1基因型共31株作為參照株,再用Mega5.0軟件對(duì)2014年全國(guó)31省分離到的麻疹毒株構(gòu)建親緣性關(guān)系樹進(jìn)行基因型鑒定和挑選2014年毒株庫(kù)中具有時(shí)間和空間代表性的29株Hla基因亞型代表株及輸入基因型(B3、D8、D9和G3)的N基因羧基末端450bp核苷酸序列進(jìn)行同源性分析,了解全國(guó)麻疹毒株2014年分子流行病學(xué)特征。選擇2013-2014年中國(guó)大陸本土麻疹病毒流行株H1基因型和三株輸入性基因型麻疹病毒株D8,D9和B3各一株,提取核酸,用逆轉(zhuǎn)錄-聚合酶鏈反應(yīng)(RT-PCR)擴(kuò)增出H基因編碼區(qū)全長(zhǎng)基因片段(1854bp),并對(duì)擴(kuò)增出的產(chǎn)物進(jìn)行序列測(cè)定和分析。以GenBank收錄的H1四株,B3及D8各8株和D9兩株及中國(guó)麻疹疫苗株滬191(S191)和長(zhǎng)47(C 47)共25株H基因序列作為參照,構(gòu)建親緣性關(guān)系樹和分析H基因核苷酸和氨基酸的遺傳距離和變異特征。結(jié)果2014年全國(guó)麻疹報(bào)告病例數(shù)52637例,全國(guó)麻疹報(bào)告發(fā)病率3.88/10萬(wàn),較2013年(27646例,發(fā)病率2.04/10萬(wàn))上升明顯,上升幅度90.4%。2014年麻疹成人病例構(gòu)成比較往年上升,而小年齡組的(0-15歲)相應(yīng)降低。2014年較2013年12省發(fā)病率降低,病例數(shù)減少,其中湖南省,安徽省,云南省發(fā)病率降低最明顯,依次下降了4.28/10萬(wàn),2.89/10萬(wàn),2.11/10萬(wàn)；21省發(fā)病率上升,病例數(shù)增加,其中遼寧省,天津市,內(nèi)蒙古自治區(qū)發(fā)病率上升最高,依次較13年上升了19.26/10萬(wàn),16.35/10萬(wàn),12.39/10萬(wàn)。②免疫史監(jiān)測(cè)2014年全國(guó)麻疹麻疹確診病例52637例,含麻疹成分疫苗接種史包括接種0劑,1劑,2劑,≥3劑,不詳五種情況,病例數(shù)依次為25766例,3814例,1777例,21242例,有含麻疹成分疫苗明確接種史(包括1劑,2劑,≥3劑)5629例,占麻疹報(bào)告病例數(shù)10.1%。小年齡組(8月齡-歲)麻疹報(bào)告病例數(shù)20553,其中有含麻疹疫苗成分明確接種史的2693例,占該年齡組病例數(shù)的13.1%。面積單元空間自相關(guān)分析結(jié)果,2014年全國(guó)麻疹報(bào)告病例數(shù)與成人麻疹報(bào)告病例數(shù)全域Moran'I值及統(tǒng)計(jì)學(xué)檢驗(yàn)P值分別為0.1493和0.0212及0.2853和0.000021,在α=0.5水平上具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義；而小于8月齡的嬰兒全域Moran's I值為0.1012,p值為0.5725,全國(guó)小于8月齡嬰兒報(bào)告病例數(shù)在中國(guó)區(qū)域內(nèi)無(wú)空間自相關(guān)性,但局域Moran's I分析,遼寧省與臨省間存在高-高空間自相性,而浙江省與臨省存在低-低空間自相關(guān)。對(duì)全國(guó)所有病例報(bào)告發(fā)病率進(jìn)行空間自相關(guān)分析,其結(jié)果為全域Moran's I值為0.2848,P值為0.000069,報(bào)告發(fā)病率在全局上存在正相關(guān)關(guān)系。熱點(diǎn)探索結(jié)果為,第一類聚集區(qū)在北京,天津,吉林、遼寧和內(nèi)蒙古五省,其他西南地區(qū)和西北地區(qū),湖南局部存在發(fā)病熱點(diǎn)。麻疹病原學(xué)監(jiān)測(cè)結(jié)果,2014年全國(guó)監(jiān)測(cè)到麻疹毒株且有N羧基末端450bp核苷酸序列毒株4938株,其中Hla基因亞型4891株,占99.03%,10株B3基因型,3株D8,9株D9,和1株G3。北京市監(jiān)測(cè)麻疹毒株1279株,其中Hla1271株,2株D8,1株B3,和5株VAC。從4891株H1a毒株中挑選了29株代表株進(jìn)行同源性分析,基于N基因羧基末端450bp序列,結(jié)果顯示,29株核苷酸序列同源性為96.1%-99.8%,核苷酸差異個(gè)數(shù)在1-18個(gè),氨基酸同源性為99.0%-99.8,氨基酸差異為1～2個(gè)。29株序列同S191相比,核苷酸同源性89.2%-91.9%(36～48),氨基酸同源性為98.5%-98.7%(2-3)。與Chin9322/H1a核苷酸同源性為97.3%-98.9%(5-12),氨基酸同源性為99.2%-99.5%(1～2)；與Chin9475/H1b相比核苷酸同源性為95.1%-96.8%(14～22),氨基酸同源性為98.8%-99.1%(2)。4株不同基因型野毒株與A基因型疫苗株H基因核苷酸和氨基酸同源性為94.2%-96.7%,95.4%-96.7%,氨基酸差異數(shù)為20-28,其中Beijingl4-1 (Hla)與A基因型疫苗株H基因同源性最低。Hla毒株與1993-1994年分離的毒株核苷酸同源性較高為97.7%-98.2%。 Beijingl4-1(H1a)和Shanghail4-1(B3)第240位點(diǎn)氨基酸位點(diǎn)由S→N,導(dǎo)致HA蛋白的1個(gè)N-糖基化位點(diǎn)丟失。結(jié)論2014年全國(guó)麻疹報(bào)告病例數(shù)及發(fā)病率較2013年增加明顯,成人麻疹病例比例上升,小年齡組相對(duì)降低。需加強(qiáng)常規(guī)免疫接種及在高發(fā)病率地區(qū)加強(qiáng)麻疹強(qiáng)化免疫。2014年麻疹發(fā)病存在多個(gè)聚集區(qū),華北,東北,西南,西北等地區(qū)。麻疹報(bào)告病例數(shù)、成人麻疹報(bào)告病例數(shù)及報(bào)告發(fā)病率在全局上具有正相關(guān)作用,小于8月齡嬰兒報(bào)告病例數(shù)全局空間自相關(guān)性無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義；局域空間自相關(guān)分析各項(xiàng)指標(biāo)(總報(bào)告病例數(shù),成人報(bào)告病例數(shù)和報(bào)告發(fā)病率)高-高空間自相關(guān)主要在河北省、遼寧省和吉林省,低-低空間自相關(guān)關(guān)系主要在浙江及四川省。4株野毒株與中國(guó)A基因型疫苗株H基因核苷酸和氨基酸同源性較高,且重要中和抗原位點(diǎn)未出現(xiàn)明顯突變。A基因型疫苗株對(duì)我國(guó)流行的H1a亞型及B3、D8和D9輸入性基因型野毒株感染仍具有保護(hù)作用。
【關(guān)鍵詞】：麻疹 流行病學(xué) 空間自相關(guān) 血凝素蛋白 麻疹病毒 基因特征 輸入性聯(lián)防聯(lián)控
【學(xué)位授予單位】：中國(guó)疾病預(yù)防控制中心
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號(hào)】：R511.1;R181.3
【目錄】：

• 英文縮略詞表6-7
• 摘要7-9
• Abstract9-12
• 前言12-15
• 一、麻疹12
• 二、麻疹病毒12-13
• 三、麻疹全球及我國(guó)流行趨勢(shì)13
• 四、麻疹疫苗及免疫進(jìn)展13
• 五、我國(guó)麻疹病原學(xué)監(jiān)測(cè)進(jìn)展13-14
• 六、空間統(tǒng)計(jì)分析與空間決策14
• 七、我國(guó)麻疹消除課題14-15
• 材料與方法15-30
• 一、數(shù)據(jù)來(lái)源15-16
• 1.1 流行病學(xué)調(diào)查信息15
• 1.2 核酸檢測(cè)結(jié)果15-16
• 1.3 病毒分離結(jié)果16
• 1.4 基因型鑒定結(jié)果16
• 二、實(shí)驗(yàn)耗材與實(shí)驗(yàn)方法16-17
• 2.1 毒株來(lái)源與病毒分離16
• 2.2 細(xì)胞來(lái)源16-17
• 三、實(shí)驗(yàn)試劑及主要儀器17-19
• 3.1 實(shí)驗(yàn)試劑17
• 3.2 主要實(shí)驗(yàn)儀器及作用17-19
• 四、實(shí)驗(yàn)方法19-27
• 4.1 Vero/hSLAM細(xì)胞培養(yǎng)相關(guān)技術(shù)19-21
• 4.2 病毒分離與增殖21
• 4.3 病毒RNA提取21-22
• 4.4 RT-PCR22-24
• 4.5 PCR產(chǎn)物的檢測(cè)和鑒定24-25
• 4.6 N基因COOH末端片斷測(cè)序25-26
• 4.7 H基因全長(zhǎng)測(cè)序26-27
• 五、數(shù)據(jù)分析方法27-29
• 5.1 序列整理和其他相關(guān)分析軟件27
• 5.2 流行病學(xué)分析方法27-29
• 六、技術(shù)路線29-30
• 結(jié)果30-54
• 一、麻疹傳統(tǒng)流行病學(xué)分析30-37
• 1.1 流行病學(xué)特征30
• 1.2 時(shí)間分布30-31
• 1.3 人群分布31-33
• 1.4 地區(qū)分布33-35
• 1.5 暴發(fā)分析35
• 1.6 含麻疹成分疫苗接種史35-36
• 1.7 臨床癥狀36-37
• 二、空間流行病學(xué)分析37-41
• 2.1 空間自相關(guān)分析37-40
• 2.2 時(shí)空模型40-41
• 三、麻疹病毒分子流行病學(xué)分析(基于N基因羧基末端450bp)41-49
• 3.1 麻疹病毒的分離和RT-PCR鑒定41-42
• 3.2 各省麻疹野毒株代表株及其標(biāo)準(zhǔn)命名42
• 3.3 麻疹野毒株基因型鑒定結(jié)果分析42-45
• 3.4 麻疹野毒株基因序列同源性分析45-49
• 四、麻疹病毒四種基因型分離株H基因全長(zhǎng)核苷酸和氨基酸特征分析49-54
• 4.1 分離毒株來(lái)源及基因定型49
• 4.2 RT-PCR結(jié)果49
• 4.3 序列分析49-54
• 總結(jié)與討論54-57
• 1 流行病學(xué)部分54-55
• 1.1 傳統(tǒng)流行病學(xué)54
• 1.2 空間統(tǒng)計(jì)分析54-55
• 2 基因特征分析55-56
• 2.1 分子流行病學(xué)55
• 2.2 H基因特征分析55-56
• 3 總結(jié)56-57
• 參考文獻(xiàn)57-62
• 文獻(xiàn)綜述62-67
• 一、麻疹新特點(diǎn)62
• 二、0～8月齡嬰兒麻疹抗體水平與感染危險(xiǎn)因素62-63
• 三、成人麻疹抗體水平與感染危險(xiǎn)因素63
• 綜述參考文獻(xiàn)63-67
• 攻讀學(xué)位期間發(fā)表論文情況67
• 致謝67

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本文編號(hào)：527180