本文關(guān)鍵詞：硬骨魚類核糖體基因間隔區(qū)的序列特征分析，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：真核生物核糖體DNA(ribosomal DNA,簡稱r DNA)是由幾十個(gè)甚至上萬個(gè)高度串聯(lián)重復(fù)序列組成的多基因家族,每個(gè)重復(fù)單元都包括編碼區(qū)(18S、5.8S和28S)和非編碼區(qū)(ITS1和ITS2)。間隔區(qū)ITS1和ITS2常被用于屬級及以下階元水平的系統(tǒng)關(guān)系研究。然而,越來越多的研究發(fā)現(xiàn),這些串聯(lián)重復(fù)序列并非完全一致,有些甚至存在個(gè)體內(nèi)差異,這種基因組內(nèi)ITS多態(tài)性的發(fā)現(xiàn),使我們對ITS用于物種系統(tǒng)發(fā)育重建的適用性產(chǎn)生了質(zhì)疑。因此,我們對Gene Bank中硬骨魚類的10目ITS序列的長度和保守位點(diǎn)比例進(jìn)行了統(tǒng)計(jì)分析,結(jié)果顯示:ITS1長度范圍為272~918bp,保守位點(diǎn)比例在各分類單元之間具有明顯的區(qū)別,并且這種區(qū)別可以作為判斷物種之間關(guān)系的特征。當(dāng)序列之間保守位點(diǎn)比例為89.51%~100%時(shí),為種內(nèi)關(guān)系;在61.53%~81.36%范圍時(shí),為種間關(guān)系;在32.47%~58.87%范圍時(shí),為屬間關(guān)系;而在1.62%~30.46%時(shí),達(dá)到科間水平。而一些物種的保守位點(diǎn)比例超出此范圍時(shí),依據(jù)此標(biāo)準(zhǔn)判斷就會產(chǎn)生偏差。ITS2的長度范圍為128~694bp,保守位點(diǎn)比例在各分類階元之間互相重合,在各分類階元之間不存在明顯的差異,因此該特征不能用于區(qū)分各階元之間的關(guān)系。
【作者單位】： 中國科學(xué)院南海海洋研究所熱帶海洋生物資源與生態(tài)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;中國科學(xué)院大學(xué);
【關(guān)鍵詞】： 硬骨魚類 ITS ITS 序列長度 序列保守位點(diǎn)比例 系統(tǒng)發(fā)育
【基金】：國家自然科學(xué)基金項(xiàng)目(31272273)~~
【分類號】：S917.4
【正文快照】： 核糖體基因是所有生物都普遍含有的多基因家族基因,在大多數(shù)真核生物中有幾百個(gè)重復(fù)單元,這些重復(fù)單元位于一個(gè)或多個(gè)位點(diǎn),并分布于一條或多條染色體上(Long et al,1980;Eickbush et al,2007)。每個(gè)重復(fù)單元都包括編碼區(qū)與非編碼區(qū),其中編碼區(qū)包括18S、5.8S和28S r RNA基因,而

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1 吳琴琴;基于DNA序列的功能位點(diǎn)識別[D];蘇州大學(xué);2010年

2 樂小兵;細(xì)菌重組修復(fù)酶系進(jìn)化分析[D];南昌大學(xué);2012年

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本文編號：498460